More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3116 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 		 145 aa  286  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.87 
 
 		 139 aa  165  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.87 
 
 		 139 aa  165  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.84 
 
 		 156 aa  162  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  63.76 
 
 		 144 aa  161  3e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  51.72 
 
 		 142 aa  147  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4795  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 140 aa  135  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.1813  normal  0.0719487 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.28 
 
 		 141 aa  133  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.94 
 
 		 146 aa  133  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.123958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 		 141 aa  132  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2262  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.59 
 
 		 141 aa  130  9e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2772  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.59 
 
 		 141 aa  128  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0305  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.8 
 
 		 139 aa  120  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.199404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.26 
 
 		 139 aa  118  3e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2716  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.28 
 
 		 138 aa  115  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0557943  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0696  protein TolR  46.27 
 
 		 149 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.219875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0679  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 		 149 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.57915  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2585  protein TolR  46.27 
 
 		 149 aa  110  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0771  protein TolR  46.27 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1375  tolR protein  44.12 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.103721  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0319  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.586711  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0802  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 		 149 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 		 149 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2079  tolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2663  tolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3254  tolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0829  TolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1947  TolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3239  TolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0826525  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3201  TolR protein  43.38 
 
 		 149 aa  107  8.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367282  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.54 
 
 		 136 aa  106  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0761  protein TolR  49.23 
 
 		 148 aa  104  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.156142  normal  0.243025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3918  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.61 
 
 		 148 aa  104  4e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.833668  normal  0.0813936 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2453  protein TolR  45.24 
 
 		 148 aa  102  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 		 135 aa  100  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0726  protein TolR  46.62 
 
 		 144 aa  100  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.784758  normal  0.0760523 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2341  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.42 
 
 		 128 aa  98.2  3e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0374372  normal  0.103616 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0682  protein TolR  45.86 
 
 		 144 aa  98.2  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794848  normal  0.657971 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0733  putative TOLR-related transport transmembrane protein  45.38 
 
 		 144 aa  97.4  6e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.670063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0793  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 		 145 aa  96.3  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2677  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.97 
 
 		 145 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  40.48 
 
 		 139 aa  92.8  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  42.06 
 
 		 141 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  42.06 
 
 		 141 aa  90.5  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  42.06 
 
 		 141 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  42.06 
 
 		 141 aa  90.5  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  88.6  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  41.27 
 
 		 141 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  43.65 
 
 		 141 aa  87  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  36.81 
 
 		 142 aa  85.9  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  35.61 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 		 144 aa  85.1  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0825  TonB system transport protein ExbD  40.8 
 
 		 153 aa  84.3  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.027584 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 		 142 aa  84.3  6e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00381179  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  37.3 
 
 		 142 aa  83.6  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  36.51 
 
 		 139 aa  83.2  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  40 
 
 		 141 aa  82.8  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  40.8 
 
 		 164 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  40.8 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.69 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  38.28 
 
 		 145 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.69 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  37.86 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  37.86 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.86 
 
 		 144 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0173  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.82 
 
 		 136 aa  81.6  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.311198  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.28 
 
 		 144 aa  82  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  37.31 
 
 		 142 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  36.76 
 
 		 150 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  36.51 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.76 
 
 		 150 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 		 146 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  36.51 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  36.76 
 
 		 150 aa  81.3  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  36.51 
 
 		 143 aa  81.3  0.000000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  37.24 
 
 		 148 aa  81.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  38.4 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  36.64 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  35.71 
 
 		 141 aa  80.9  0.000000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1783  protein TolR  37.14 
 
 		 144 aa  80.9  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000043737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  36.84 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  36.84 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  39.1 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  36.84 
 
 		 142 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  36.72 
 
 		 139 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  35.94 
 
 		 139 aa  80.5  0.000000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 		 142 aa  80.1  0.000000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  37.41 
 
 		 144 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.69 
 
 		 144 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2229  inner membrane protein  38.89 
 
 		 141 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243191  normal  0.205918 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2566  biopolymer transport TolR  37.5 
 
 		 145 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000208666  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.41 
 
 		 144 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>