More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3324 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  466  9.999999999999999e-131  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  61.26 
 
 		 222 aa  276  2e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 223 aa  177  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 223 aa  175  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 223 aa  171  9e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 233 aa  171  1e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  39.01 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  39.37 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 206 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  39.91 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  36.36 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  37.85 
 
 		 227 aa  159  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  40.4 
 
 		 222 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  39.9 
 
 		 222 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  37.81 
 
 		 226 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  40.2 
 
 		 225 aa  148  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 268 aa  148  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  35.81 
 
 		 224 aa  146  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 217 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 214 aa  142  6e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 245 aa  141  7e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 222 aa  141  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 226 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 226 aa  134  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 240 aa  131  6.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 229 aa  128  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 		 242 aa  124  1e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  36.92 
 
 		 232 aa  123  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 225 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 239 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 230 aa  118  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 236 aa  118  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 267 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 247 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 230 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  33.49 
 
 		 245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  33.01 
 
 		 245 aa  107  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 215 aa  105  6e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 213 aa  102  6e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 219 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 219 aa  101  8e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 213 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 213 aa  98.6  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 257 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 229 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 223 aa  95.9  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 257 aa  95.9  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  31.48 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 234 aa  95.5  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 209 aa  95.1  7e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 232 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  27.45 
 
 		 219 aa  93.6  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 241 aa  93.2  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  30.99 
 
 		 222 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8640  transcriptional regulator, GntR family  33.48 
 
 		 230 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.395019  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6303  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 221 aa  92.4  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 230 aa  92  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 221 aa  92  7e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  29.19 
 
 		 231 aa  91.7  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  32.08 
 
 		 241 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1061  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 227 aa  90.1  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  31.68 
 
 		 223 aa  89.4  4e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 241 aa  89.4  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3051  GntR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 231 aa  89.4  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.487001  normal  0.14634 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1030  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 237 aa  89.4  5e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.48599  normal  0.150605 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3219  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 257 aa  89  6e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0764465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3459  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 		 245 aa  88.6  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  28.57 
 
 		 221 aa  88.6  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.7 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  30.7 
 
 		 228 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  27.45 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 245 aa  87.4  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  87.8  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  27.94 
 
 		 217 aa  87.4  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 234 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2023  transcriptional regulator, GntR family  31.46 
 
 		 251 aa  87  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  30.52 
 
 		 231 aa  86.7  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>