More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0113 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  50.86 
 
 		 651 aa  657    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  57.05 
 
 		 655 aa  755    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  54.5 
 
 		 652 aa  724    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  71.19 
 
 		 653 aa  1005    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  54.06 
 
 		 654 aa  718    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  72.57 
 
 		 653 aa  1018    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  72.1 
 
 		 657 aa  988    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  50.93 
 
 		 648 aa  679    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  50.62 
 
 		 648 aa  682    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  71.34 
 
 		 653 aa  1007    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  54.01 
 
 		 654 aa  703    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 661 aa  1379    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  53.58 
 
 		 661 aa  724    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  52.39 
 
 		 659 aa  688    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  72.56 
 
 		 656 aa  986    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  51.33 
 
 		 645 aa  677    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  73.15 
 
 		 658 aa  1016    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  52.45 
 
 		 644 aa  681    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  52.43 
 
 		 648 aa  694    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  52.64 
 
 		 648 aa  675    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 		 648 aa  674    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  52.1 
 
 		 682 aa  685    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  42.09 
 
 		 649 aa  540  9.999999999999999e-153  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.4 
 
 		 633 aa  536  1e-151  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  41.95 
 
 		 647 aa  538  1e-151  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  42.26 
 
 		 649 aa  534  1e-150  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  39.97 
 
 		 646 aa  500  1e-140  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  41.56 
 
 		 648 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  40.53 
 
 		 651 aa  492  9.999999999999999e-139  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  38.18 
 
 		 631 aa  473  1e-132  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  40.12 
 
 		 657 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  37.77 
 
 		 650 aa  458  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  38.31 
 
 		 642 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  38.28 
 
 		 643 aa  452  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  38.39 
 
 		 656 aa  448  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  38.73 
 
 		 643 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  38.38 
 
 		 642 aa  448  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  37.58 
 
 		 643 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  37.46 
 
 		 642 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 655 aa  437  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  36.21 
 
 		 654 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 655 aa  435  1e-120  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.99 
 
 		 650 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 655 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  36.44 
 
 		 630 aa  413  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  36.55 
 
 		 630 aa  415  1e-114  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.55 
 
 		 630 aa  409  1e-113  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 636 aa  391  1e-107  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  34.86 
 
 		 634 aa  380  1e-104  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  33.28 
 
 		 607 aa  368  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 609 aa  339  9e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  33.55 
 
 		 610 aa  339  9.999999999999999e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 626 aa  333  6e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 623 aa  321  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 601 aa  319  1e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 603 aa  317  5e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.57 
 
 		 618 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 611 aa  299  9e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  30.45 
 
 		 612 aa  290  5.0000000000000004e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 617 aa  277  4e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.2 
 
 		 616 aa  265  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  29.05 
 
 		 649 aa  259  1e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 635 aa  257  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 635 aa  257  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 596 aa  257  5e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  28.79 
 
 		 622 aa  254  4.0000000000000004e-66  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  29.59 
 
 		 605 aa  253  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 635 aa  252  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.07 
 
 		 633 aa  250  5e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  28.81 
 
 		 602 aa  249  1e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 603 aa  249  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 616 aa  249  1e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 546 aa  249  1e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  28.3 
 
 		 633 aa  249  2e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  27.96 
 
 		 606 aa  248  3e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 613 aa  248  3e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 604 aa  248  3e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  29.17 
 
 		 604 aa  247  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  29.5 
 
 		 604 aa  248  4e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  27.72 
 
 		 607 aa  247  6e-64  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 606 aa  246  9e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3282  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 597 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3293  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 597 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236935 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3344  AMP-dependent synthetase and ligase  31.54 
 
 		 597 aa  246  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.260522  normal  0.185703 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.8 
 
 		 595 aa  244  3e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4869  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 		 600 aa  244  3.9999999999999997e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.424656  normal  0.600956 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  27.8 
 
 		 606 aa  243  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2962  AMP-dependent synthetase and ligase  31.39 
 
 		 601 aa  244  5e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.746636  normal  0.609279 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  31.22 
 
 		 600 aa  243  6e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.52 
 
 		 597 aa  243  7e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.4 
 
 		 653 aa  242  2e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.33 
 
 		 602 aa  241  4e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.83 
 
 		 612 aa  241  4e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 602 aa  241  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 602 aa  241  4e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14230  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  30.09 
 
 		 602 aa  241  4e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  29.15 
 
 		 602 aa  241  4e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  27.12 
 
 		 609 aa  241  5e-62  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  29.52 
 
 		 602 aa  240  5.999999999999999e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 604 aa  239  9e-62  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>