More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0002 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  86.33 
 
 		 372 aa  634    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  86.06 
 
 		 372 aa  635    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  86.06 
 
 		 372 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  85.79 
 
 		 372 aa  640    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 		 373 aa  750    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  82.31 
 
 		 372 aa  624  1e-177  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  81.5 
 
 		 372 aa  606  9.999999999999999e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  60.59 
 
 		 372 aa  446  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  55.35 
 
 		 372 aa  429  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  55.61 
 
 		 412 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.84 
 
 		 373 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  55.35 
 
 		 372 aa  424  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.42 
 
 		 372 aa  418  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.08 
 
 		 372 aa  414  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  56.27 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.42 
 
 		 372 aa  414  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.89 
 
 		 372 aa  413  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.89 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  54.16 
 
 		 372 aa  414  1e-114  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.84 
 
 		 372 aa  412  1e-114  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  54.28 
 
 		 372 aa  411  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  54.42 
 
 		 372 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  54.69 
 
 		 372 aa  404  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  55.35 
 
 		 371 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  53.35 
 
 		 385 aa  403  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  53.35 
 
 		 397 aa  403  1e-111  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.35 
 
 		 397 aa  404  1e-111  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  53.35 
 
 		 371 aa  400  9.999999999999999e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  53.6 
 
 		 370 aa  396  1e-109  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.67 
 
 		 373 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.14 
 
 		 373 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  52.41 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.89 
 
 		 372 aa  388  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.35 
 
 		 372 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  52.14 
 
 		 373 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  51.6 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  53.46 
 
 		 374 aa  381  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  48.8 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  51.98 
 
 		 375 aa  370  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  50.4 
 
 		 372 aa  362  5.0000000000000005e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  49.47 
 
 		 374 aa  359  5e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.3 
 
 		 367 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 		 366 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 		 366 aa  263  4e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 		 366 aa  263  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  39.04 
 
 		 367 aa  262  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 		 376 aa  261  1e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.3 
 
 		 366 aa  260  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 		 366 aa  260  3e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.77 
 
 		 366 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.3 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 366 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  37.27 
 
 		 375 aa  257  2e-67  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.2 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.42 
 
 		 366 aa  256  3e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  38.56 
 
 		 366 aa  256  5e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.2 
 
 		 367 aa  255  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.53 
 
 		 366 aa  255  8e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  38.3 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.2 
 
 		 367 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  37.3 
 
 		 366 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.04 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.8 
 
 		 372 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.04 
 
 		 366 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.24 
 
 		 367 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  37.53 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  38.67 
 
 		 367 aa  251  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  37.83 
 
 		 366 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  37.99 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 		 366 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.99 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 		 366 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.36 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 		 366 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.89 
 
 		 366 aa  251  2e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1067  DNA polymerase III, beta subunit  37.63 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0458358  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.46 
 
 		 365 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.1 
 
 		 367 aa  250  3e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  37.73 
 
 		 367 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.77 
 
 		 366 aa  248  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.6 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.1 
 
 		 366 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  37.67 
 
 		 366 aa  246  3e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  37.63 
 
 		 366 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  37.63 
 
 		 366 aa  246  4e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  37.83 
 
 		 366 aa  246  4e-64  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  36.87 
 
 		 366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  37.63 
 
 		 366 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>