More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2452 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  623  1e-178  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  70.33 
 
 		 300 aa  459  9.999999999999999e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 301 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  54 
 
 		 301 aa  344  1e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  54.67 
 
 		 301 aa  342  2.9999999999999997e-93  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 304 aa  325  7e-88  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 316 aa  258  6e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  41.72 
 
 		 307 aa  253  3e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 304 aa  249  3e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  41.64 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  41.04 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.28 
 
 		 308 aa  246  3e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 303 aa  243  3e-63  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  40.54 
 
 		 297 aa  242  7e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 306 aa  237  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.69 
 
 		 293 aa  237  2e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 302 aa  235  8e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  38.82 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.68 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 294 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 299 aa  229  4e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 313 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  227  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 305 aa  227  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 294 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 303 aa  225  8e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  225  9e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 299 aa  224  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 298 aa  224  9e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 296 aa  224  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 298 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 299 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 		 301 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 298 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 299 aa  219  6e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 305 aa  218  7e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 322 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1560  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.987371  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.66 
 
 		 309 aa  217  2e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3351  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  35.62 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.545822  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 309 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  215  8e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 301 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.48 
 
 		 304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 313 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  37.87 
 
 		 298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 297 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  210  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 399 aa  211  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  36.48 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 293 aa  210  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 300 aa  209  5e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  208  7e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  207  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  34.58 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>