More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0563 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0563  major facilitator transporter  100 
 
 
425 aa  835  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4329  major facilitator superfamily MFS_1  56.25 
 
 
420 aa  447  1e-124  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.699497  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6584  major facilitator superfamily MFS_1  54.95 
 
 
420 aa  422  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1407  major facilitator transporter  51.76 
 
 
447 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2947  major facilitator superfamily MFS_1  51.76 
 
 
432 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1434  major facilitator transporter  51.99 
 
 
432 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1398  major facilitator transporter  51.99 
 
 
432 aa  406  1e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2076  major facilitator superfamily MFS_1  53.21 
 
 
419 aa  404  1e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0005  major facilitator transporter  51.09 
 
 
421 aa  404  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0753564  normal  0.228788 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2822  major facilitator superfamily MFS_1  50.49 
 
 
415 aa  385  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  28.1 
 
 
417 aa  125  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  30 
 
 
424 aa  121  2e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  28.24 
 
 
435 aa  120  4e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  26.9 
 
 
425 aa  114  2e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  28.38 
 
 
424 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  28.15 
 
 
436 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  29.13 
 
 
423 aa  113  8e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  27.66 
 
 
435 aa  113  8e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  29.13 
 
 
423 aa  113  8e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  29.13 
 
 
423 aa  113  8e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  29.13 
 
 
423 aa  113  8e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  29.13 
 
 
423 aa  111  2e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  27.61 
 
 
403 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  27.85 
 
 
423 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  28.68 
 
 
415 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  27.59 
 
 
423 aa  110  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  28.8 
 
 
423 aa  110  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  28.69 
 
 
431 aa  109  8e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  28.69 
 
 
431 aa  109  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  8.54879e-05  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  27.23 
 
 
410 aa  109  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  27.1 
 
 
415 aa  108  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  25.78 
 
 
426 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  27.1 
 
 
415 aa  108  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  25.54 
 
 
426 aa  108  2e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  28.8 
 
 
420 aa  108  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  27.15 
 
 
407 aa  108  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  27.88 
 
 
428 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  28.98 
 
 
431 aa  107  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  27.08 
 
 
389 aa  106  9e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  26.08 
 
 
431 aa  106  9e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2986  glucose/galactose transporter  26.05 
 
 
412 aa  106  1e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  25.06 
 
 
440 aa  105  1e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0872  major facilitator transporter  27.72 
 
 
426 aa  104  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.224242  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  25.85 
 
 
427 aa  104  3e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  29.27 
 
 
428 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  27.2 
 
 
428 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  27.4 
 
 
435 aa  102  1e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  24.87 
 
 
432 aa  102  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  27.81 
 
 
421 aa  101  3e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1218  Fucose permease-like protein  50.85 
 
 
158 aa  101  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  28.2 
 
 
437 aa  100  5e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  25 
 
 
438 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  25 
 
 
438 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  25 
 
 
438 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  25 
 
 
438 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  25 
 
 
438 aa  99.8  8e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  27.36 
 
 
428 aa  99.4  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  29.49 
 
 
421 aa  99.4  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  24.74 
 
 
438 aa  98.2  2e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  27.05 
 
 
413 aa  97.8  3e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1199  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  26.29 
 
 
438 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.985389  normal  0.598645 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  24.36 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  24.36 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  24.36 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1104  glucose/galactose transporter  25.54 
 
 
437 aa  94.7  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0045785  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  24.36 
 
 
438 aa  94.7  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  25.68 
 
 
431 aa  94.4  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  24.36 
 
 
438 aa  94  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0222  major facilitator superfamily MFS_1  24.44 
 
 
388 aa  93.6  6e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.153836  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  25.67 
 
 
406 aa  92.4  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1656  glucose/galactose transporter  25.5 
 
 
458 aa  92.4  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2077  glucose/galactose transporter  26.16 
 
 
426 aa  91.3  3e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  24.68 
 
 
417 aa  91.3  3e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0948  multiple antibiotic resistance (MarC)-related protein  25.97 
 
 
441 aa  91.3  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000625246  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  26.6 
 
 
412 aa  90.9  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  24.35 
 
 
417 aa  90.9  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  23.97 
 
 
418 aa  88.6  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0962  major facilitator transporter  22.74 
 
 
415 aa  88.2  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  24.27 
 
 
399 aa  88.2  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  23.97 
 
 
418 aa  87.4  4e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5334  glucose/galactose transporter  27.3 
 
 
405 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.120939  normal  0.764594 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6560  glucose/galactose transporter  25.27 
 
 
438 aa  86.7  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.13532  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1827  glucose/galactose transporter  24.34 
 
 
408 aa  85.1  2e-15  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04321  glucose-galactose transporter  26.85 
 
 
407 aa  85.1  2e-15  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  24.37 
 
 
429 aa  85.5  2e-15  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0364  glucose/galactose transporter family protein  23.53 
 
 
408 aa  84.3  3e-15  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  4.42276e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1447  L-fucose permease  23.27 
 
 
430 aa  84.3  4e-15  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300963  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  25.97 
 
 
419 aa  83.6  6e-15  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1420  major facilitator transporter  26.29 
 
 
467 aa  83.6  6e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0065  major facilitator transporter  24.68 
 
 
406 aa  83.6  6e-15  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.596651  decreased coverage  7.29069e-08 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2597  major facilitator transporter  23.65 
 
 
452 aa  83.2  8e-15  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.802084  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2530  major facilitator transporter  23.57 
 
 
452 aa  82.4  1e-14  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0063  major facilitator transporter  24.42 
 
 
406 aa  82.8  1e-14  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0580428  unclonable  3.12687e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0067  major facilitator transporter  24.42 
 
 
406 aa  82.8  1e-14  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.700351  unclonable  8.55622e-11 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1052  L-fucose permease  20.05 
 
 
444 aa  81.6  2e-14  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.682471  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3989  major facilitator transporter  22.16 
 
 
406 aa  81.6  2e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0137476  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2170  sugar transporter  24.57 
 
 
429 aa  82  2e-14  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  23.88 
 
 
409 aa  80.9  4e-14  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3038  multiple antibiotic resistance (MarC)-related proteins  24.74 
 
 
443 aa  80.5  5e-14  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000693301 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0960  fucose permease  24.27 
 
 
421 aa  80.5  6e-14  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.608891  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>