162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1203 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  100 
 
 		 332 aa  653    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1030  peptidyl-arginine deiminase  59.15 
 
 		 327 aa  375  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.497197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  49.27 
 
 		 358 aa  322  7e-87  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3153  peptidyl-arginine deiminase  53.17 
 
 		 330 aa  315  6e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4697  agmatine deiminase  54.68 
 
 		 336 aa  314  9.999999999999999e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.399563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0369  peptidyl-arginine deiminase  45.81 
 
 		 339 aa  262  6e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6353  Agmatine deiminase  47.26 
 
 		 383 aa  255  9e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.512442 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  42.09 
 
 		 348 aa  249  6e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  42.15 
 
 		 348 aa  240  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  41.57 
 
 		 348 aa  239  6.999999999999999e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  41.4 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  39.46 
 
 		 334 aa  236  6e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  41.64 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  41.38 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  39.36 
 
 		 624 aa  227  2e-58  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  34.01 
 
 		 339 aa  226  4e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  39.32 
 
 		 350 aa  221  9.999999999999999e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  38.68 
 
 		 639 aa  219  3.9999999999999997e-56  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  38.9 
 
 		 352 aa  216  2.9999999999999998e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  39.09 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1144  agmatine deiminase  40.11 
 
 		 369 aa  214  1.9999999999999998e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.84564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  36.06 
 
 		 369 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  38.4 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  39.16 
 
 		 346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  36 
 
 		 346 aa  212  7e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  37.72 
 
 		 349 aa  211  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  37.43 
 
 		 348 aa  211  2e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  38.6 
 
 		 370 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  35.82 
 
 		 349 aa  209  5e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  37.97 
 
 		 352 aa  208  9e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0652  agmatine deiminase  33.62 
 
 		 364 aa  206  3e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  37.5 
 
 		 372 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  38.28 
 
 		 355 aa  204  1e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  40 
 
 		 344 aa  205  1e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  38.35 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  36.9 
 
 		 368 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0168  agmatine deiminase  37.33 
 
 		 367 aa  202  7e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.52163  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  36.31 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  37.08 
 
 		 365 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  37.24 
 
 		 347 aa  201  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  38.6 
 
 		 640 aa  201  9.999999999999999e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  37.25 
 
 		 351 aa  201  9.999999999999999e-51  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  34.75 
 
 		 365 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  34.75 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0834  agmatine deiminase  34.75 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.048656  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  38.51 
 
 		 350 aa  199  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  34.93 
 
 		 368 aa  199  5e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4219  Agmatine deiminase  41.07 
 
 		 340 aa  197  2.0000000000000003e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.292037 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0153  agmatine deiminase  36.21 
 
 		 367 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  38.1 
 
 		 346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0172  Agmatine deiminase  37.72 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.141893  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2962  agmatine deiminase  36.41 
 
 		 374 aa  196  4.0000000000000005e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  35.41 
 
 		 375 aa  195  1e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  35.26 
 
 		 631 aa  194  2e-48  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2405  agmatine deiminase  33.62 
 
 		 365 aa  194  2e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.761895  normal  0.0406266 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48490  putative peptidylarginine deiminase  41.18 
 
 		 346 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000276698  normal  0.151139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  34.83 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  36.31 
 
 		 368 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3810  agmatine deiminase  35.85 
 
 		 365 aa  192  8e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.387298  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0005  hypothetical protein  34.2 
 
 		 346 aa  192  1e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0005  hypothetical protein  34.2 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4017  agmatine deiminase  36.41 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1202  agmatine deiminase  33.05 
 
 		 368 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  34.83 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  35.21 
 
 		 368 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  34.83 
 
 		 368 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4756  peptidyl-arginine deiminase  37.72 
 
 		 345 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.322594  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  34.54 
 
 		 371 aa  190  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  36.34 
 
 		 368 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1018  hypothetical protein  34.51 
 
 		 341 aa  188  1e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1861  hypothetical protein  36.89 
 
 		 367 aa  187  2e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.114437  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0659  agmatine deiminase  33.99 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.598319 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3288  agmatine deiminase  33.99 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  33.99 
 
 		 370 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  36.95 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  35.18 
 
 		 368 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  33.43 
 
 		 370 aa  186  6e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3413  agmatine deiminase  33.43 
 
 		 346 aa  186  6e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  34.29 
 
 		 349 aa  185  8e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36398  predicted protein  33.59 
 
 		 386 aa  185  9e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  36.15 
 
 		 356 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  37.65 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  32.02 
 
 		 322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  33.72 
 
 		 353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  32.87 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  33.89 
 
 		 370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  34.27 
 
 		 370 aa  183  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  32.87 
 
 		 370 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1443  peptidyl-arginine deiminase  39.94 
 
 		 365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0971798 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  32.87 
 
 		 370 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1028  peptidylarginine deiminase-related protein  38.44 
 
 		 344 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442505  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  32.02 
 
 		 370 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2447  peptidyl-arginine deiminase  35.53 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1746  Agmatine deiminase  37.54 
 
 		 342 aa  181  2e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0822  peptidyl-arginine deiminase  33.62 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2471  peptidyl-arginine deiminase  36.81 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4759  peptidyl-arginine deiminase  35 
 
 		 370 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.675137  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2597  Agmatine deiminase  34.69 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0204527  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  32.31 
 
 		 366 aa  178  1e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  33.8 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>