157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2471 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2471  peptidyl-arginine deiminase  100 
 
 
343 aa  699    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1746  Agmatine deiminase  94.15 
 
 
342 aa  657    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1447  agmatine deiminase  71.98 
 
 
342 aa  490  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.994739  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1028  peptidylarginine deiminase-related protein  69.14 
 
 
344 aa  474  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.442505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0711  peptidyl-arginine deiminase  68.55 
 
 
351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1018  hypothetical protein  64.6 
 
 
341 aa  465  9.999999999999999e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0737  peptidyl-arginine deiminase  61.72 
 
 
341 aa  426  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00770089  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2597  Agmatine deiminase  59.23 
 
 
340 aa  422  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0204527  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2402  hypothetical protein  55.81 
 
 
376 aa  398  9.999999999999999e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00162245  decreased coverage  0.000927611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1362  Agmatine deiminase  57.89 
 
 
344 aa  379  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1197  Agmatine deiminase  55.98 
 
 
356 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.614919  normal  0.114571 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2176  peptidyl-arginine deiminase  51.6 
 
 
343 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1834  Agmatine deiminase  51.6 
 
 
343 aa  365  1e-100  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.519602  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1581  peptidyl-arginine deiminase  52.35 
 
 
355 aa  356  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1750  peptidyl-arginine deiminase  52.6 
 
 
350 aa  352  4e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2447  peptidyl-arginine deiminase  50.14 
 
 
357 aa  341  9e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1601  hypothetical protein  46.33 
 
 
363 aa  322  5e-87  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1013  Agmatine deiminase  46.63 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0984  Agmatine deiminase  46.63 
 
 
345 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0144  hypothetical protein  49.85 
 
 
341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1544  agmatine deiminase  46.04 
 
 
363 aa  318  9e-86  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1861  hypothetical protein  47.04 
 
 
367 aa  309  4e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.114437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1642  Agmatine deiminase  46.97 
 
 
345 aa  309  4e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.638362 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1254  peptidyl-arginine deiminase  48.68 
 
 
386 aa  304  1.0000000000000001e-81  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.145775  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0378  peptidyl-arginine deiminase  45.37 
 
 
331 aa  301  7.000000000000001e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.521894  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1443  peptidyl-arginine deiminase  50.15 
 
 
365 aa  300  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0971798 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00887  peptidyl-arginine deiminase  48.33 
 
 
328 aa  292  7e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0609278  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0085  peptidyl-arginine deiminase family protein  44.85 
 
 
348 aa  291  1e-77  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.360574  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0659  orotidine 5'-phosphate decarboxylase  42.94 
 
 
322 aa  284  1.0000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0842  peptidyl-arginine deiminase family protein  44.14 
 
 
322 aa  280  2e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.00603168  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0897  peptidyl-arginine deiminase family protein  43.32 
 
 
325 aa  276  3e-73  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.138379  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1581  Agmatine deiminase  43.11 
 
 
330 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.715324  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1172  peptidyl-arginine deiminase family protein  39.58 
 
 
325 aa  270  2.9999999999999997e-71  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1027  peptidyl-arginine deiminase family protein  39.58 
 
 
325 aa  263  3e-69  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0973  peptidyl-arginine deiminase family protein  39.27 
 
 
325 aa  261  2e-68  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0531  peptidyl-arginine deiminase  41.74 
 
 
323 aa  254  2.0000000000000002e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.709217  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2038  peptidyl-arginine deiminase  40.82 
 
 
639 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2742  agmatine deiminase  41.89 
 
 
348 aa  249  7e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.337578  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1512  hypothetical protein  40.64 
 
 
350 aa  246  3e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.26981  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1823  agmatine deiminase  41.12 
 
 
348 aa  243  3.9999999999999997e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0117  Agmatine deiminase  40.18 
 
 
351 aa  241  2e-62  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0706  Agmatine deiminase  38.82 
 
 
347 aa  239  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1604  Agmatine deiminase  40.23 
 
 
348 aa  239  5e-62  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3964  peptidyl-arginine deiminase  36.99 
 
 
350 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1596  Agmatine deiminase  37.69 
 
 
339 aa  238  8e-62  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000239655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1901  peptidyl-arginine deiminase  39.94 
 
 
352 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.459054  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1715  Agmatine deiminase  39.37 
 
 
349 aa  236  3e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.712045  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0940  hypothetical protein  37.07 
 
 
346 aa  236  3e-61  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3413  agmatine deiminase  37.25 
 
 
346 aa  231  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0612  peptidyl-arginine deiminase  37.57 
 
 
640 aa  231  2e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.778419 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0694  Agmatine deiminase  35.52 
 
 
349 aa  230  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0827  peptidyl-arginyl deiminase  35.5 
 
 
347 aa  229  4e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2858  agmatine deiminase  40.23 
 
 
334 aa  229  5e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.420489  normal  0.182607 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00673  peptidyl-arginine deiminase  36.81 
 
 
354 aa  229  6e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.027225  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1028  Agmatine deiminase  37.43 
 
 
349 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.262442  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1511  Agmatine deiminase  39.71 
 
 
342 aa  228  2e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.940428  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2455  Agmatine deiminase  38.3 
 
 
334 aa  227  2e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.164164 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0810  Agmatine deiminase  35.8 
 
 
353 aa  226  6e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.360404 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1727  Agmatine deiminase  36.29 
 
 
347 aa  224  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0078  peptidyl-arginine deiminase  39.88 
 
 
624 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0071  Agmatine deiminase  38.84 
 
 
348 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.73105  normal  0.685593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3937  Agmatine deiminase  34.02 
 
 
349 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0591935  normal  0.116304 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2630  Agmatine deiminase  35.5 
 
 
352 aa  207  2e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0034  peptidyl-arginine deiminase  36.09 
 
 
631 aa  206  7e-52  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.137362  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1939  peptidyl-arginine deiminase  36.96 
 
 
365 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.860811  normal  0.826102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48900  agmatine deiminase  33.61 
 
 
372 aa  203  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0724155  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2804  agmatine deiminase  37.35 
 
 
346 aa  202  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.341254 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0034  peptidyl-arginine deiminase  35.45 
 
 
343 aa  200  3.9999999999999996e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.714281  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5393  hypothetical protein  33.8 
 
 
368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0383  agmatine deiminase  33.06 
 
 
368 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1873  GGDEF  32.55 
 
 
339 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0147389  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4942  agmatine deiminase  32.22 
 
 
368 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.470202  hitchhiker  0.00000068337 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2586  Agmatine deiminase  34.02 
 
 
358 aa  189  5e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.729677  normal  0.275773 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4932  agmatine deiminase  33.15 
 
 
368 aa  188  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.803102  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3445  agmatine deiminase  31.42 
 
 
366 aa  188  1e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.371633  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0337  agmatine deiminase  32.13 
 
 
368 aa  188  1e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1203  agmatine deiminase  36.92 
 
 
332 aa  187  3e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.111825  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03810  agmatine deiminase  32.68 
 
 
368 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0267336  normal  0.571257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0266  agmatine deiminase  31.94 
 
 
368 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0169338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1030  peptidyl-arginine deiminase  36.87 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.497197  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2760  agmatine deiminase  32.33 
 
 
370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.679274  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1489  agmatine deiminase  31.52 
 
 
369 aa  184  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.138528  hitchhiker  0.00047454 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0291  agmatine deiminase  31.56 
 
 
368 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0291  agmatine deiminase  32.49 
 
 
368 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3130  agmatine deiminase  31.51 
 
 
370 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0887  agmatine deiminase  31.32 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1234  agmatine deiminase  31.23 
 
 
370 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.792008  hitchhiker  0.00000000182454 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1615  agmatine deiminase  32.33 
 
 
370 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0281  agmatine deiminase  31.56 
 
 
368 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0672  agmatine deiminase  30.3 
 
 
371 aa  179  7e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.915937  decreased coverage  0.00000489111 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3282  agmatine deiminase  31.23 
 
 
370 aa  179  8e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3139  agmatine deiminase  31.51 
 
 
370 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0136309  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2370  peptidyl-arginine deiminase  32.84 
 
 
350 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0192949 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0652  Agmatine deiminase  33.05 
 
 
370 aa  176  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3465  agmatine deiminase  32.05 
 
 
370 aa  176  5e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1183  peptidyl-arginine deiminase  31.48 
 
 
370 aa  176  7e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.460045  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2521  agmatine deiminase  30.03 
 
 
375 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.415458 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0832  agmatine deiminase  32.23 
 
 
365 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3338  agmatine deiminase  32.23 
 
 
371 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4623  agmatine deiminase  33.91 
 
 
346 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.202175  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>