More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5865 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5865  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  462  1e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4982  GntR domain protein  91.63 
 
 		 229 aa  421  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  42.03 
 
 		 257 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 251 aa  123  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 248 aa  122  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  39.52 
 
 		 242 aa  122  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 240 aa  121  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  37.31 
 
 		 254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 218 aa  87.8  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 218 aa  88.2  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  31.47 
 
 		 240 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 218 aa  85.9  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  30.46 
 
 		 218 aa  86.3  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  29.95 
 
 		 233 aa  85.9  5e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  31.47 
 
 		 215 aa  85.9  5e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 218 aa  85.5  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 218 aa  85.5  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 218 aa  85.5  7e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 218 aa  85.5  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  32.51 
 
 		 245 aa  85.1  8e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 240 aa  85.1  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  35.61 
 
 		 235 aa  85.1  8e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 218 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  30.46 
 
 		 218 aa  84.3  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30.15 
 
 		 258 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4111  regulatory protein GntR HTH  31.77 
 
 		 231 aa  82.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 245 aa  82  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 255 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  28.14 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  28.14 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  28.14 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  35.43 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3396  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 245 aa  80.1  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  33.67 
 
 		 243 aa  78.6  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  78.2  0.00000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  31.34 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  31.34 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.34 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.34 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.34 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  31.12 
 
 		 245 aa  78.2  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1255  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 234 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  29.08 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  31.34 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.34 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.34 
 
 		 257 aa  77.8  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.03 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  31.19 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.5 
 
 		 244 aa  77.4  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1229  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0929  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 232 aa  76.3  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0628731  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 255 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3340  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  33.16 
 
 		 240 aa  76.3  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.155868 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3628  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0316  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 262 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0346  GntR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 233 aa  75.9  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 255 aa  75.9  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  28.79 
 
 		 239 aa  75.9  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  31.03 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1270  GntR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  30.96 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  30.96 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  32.21 
 
 		 238 aa  75.5  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  31.03 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1362  GntR domain protein  29.79 
 
 		 231 aa  75.1  0.0000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.971171  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0294  GntR domain-containing protein  34.01 
 
 		 236 aa  75.1  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  34.16 
 
 		 233 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5316  GntR domain protein  33.17 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173644  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 255 aa  75.1  0.0000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  30.49 
 
 		 258 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  27.72 
 
 		 244 aa  74.7  0.000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30 
 
 		 249 aa  73.9  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3689  GntR domain-containing protein  34.16 
 
 		 247 aa  73.2  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3660  GntR-like  33.33 
 
 		 245 aa  73.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.596872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  32.02 
 
 		 239 aa  73.2  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0628  GntR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4721  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  34.36 
 
 		 258 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  29.03 
 
 		 239 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53920  transcriptional regulator  28.84 
 
 		 240 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.531171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  30.35 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2333  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.527944  hitchhiker  0.0000370874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3437  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 238 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00721447  normal  0.10278 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5136  transcriptional regulator GntR family  31.98 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.21364  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1597  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 252 aa  72  0.000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00340794  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1934  GntR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 238 aa  72.4  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.168362  hitchhiker  0.000000002523 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.8 
 
 		 255 aa  72  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  72  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 232 aa  71.6  0.000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>