More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3203 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3203  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 		 213 aa  437  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3929  16S rRNA methyltransferase GidB  70.3 
 
 		 205 aa  291  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.441954 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4255  16S rRNA methyltransferase GidB  68.32 
 
 		 205 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.412528  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4387  16S rRNA methyltransferase GidB  62.09 
 
 		 211 aa  269  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1980  16S rRNA methyltransferase GidB  50.25 
 
 		 213 aa  196  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2060  16S rRNA methyltransferase GidB  50.25 
 
 		 213 aa  194  6e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.774916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0860  16S rRNA methyltransferase GidB  48.99 
 
 		 213 aa  188  5e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3470  16S rRNA methyltransferase GidB  48.22 
 
 		 210 aa  185  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0012  16S rRNA methyltransferase GidB  43.08 
 
 		 215 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.017889  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2866  methyltransferase GidB  44.5 
 
 		 205 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0426802  normal  0.092936 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1835  16S rRNA methyltransferase GidB  45.77 
 
 		 245 aa  159  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0884797  normal  0.317572 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0431  16S rRNA methyltransferase GidB  42.93 
 
 		 233 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0390  16S rRNA methyltransferase GidB  42.93 
 
 		 237 aa  153  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.477358 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1275  methyltransferase GidB  43.88 
 
 		 226 aa  152  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1286  methyltransferase GidB  46.29 
 
 		 221 aa  149  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2589  methyltransferase GidB  45.66 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.103455 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2889  methyltransferase GidB  42.45 
 
 		 206 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1228  putative GidB, glucose inhibited division protein  42.45 
 
 		 206 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0201  methyltransferase GidB  43.15 
 
 		 211 aa  144  1e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0289  16S rRNA methyltransferase GidB  40.72 
 
 		 234 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0166  16S rRNA methyltransferase GidB  45.45 
 
 		 222 aa  142  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.851437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2665  methyltransferase GidB  43.07 
 
 		 208 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102332  normal  0.865597 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0104  16S rRNA methyltransferase GidB  39.3 
 
 		 260 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3626  glucose inhibited division protein  41.92 
 
 		 201 aa  141  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0295  16S rRNA methyltransferase GidB  41.45 
 
 		 223 aa  141  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.408188  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0096  16S rRNA methyltransferase GidB  40.8 
 
 		 277 aa  138  6e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.118813 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1655  methyltransferase GidB  39.44 
 
 		 211 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.145416  normal  0.36216 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1863  methyltransferase GidB  39.91 
 
 		 211 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0828096 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0005  methyltransferase GidB  41.79 
 
 		 193 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1584  methyltransferase GidB  39.91 
 
 		 211 aa  135  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.047924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1409  methyltransferase GidB  42.08 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.302587  normal  0.126108 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1027  methyltransferase GidB  38.54 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.707991  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4092  methyltransferase GidB  41.94 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.295538  normal  0.0121134 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1938  methyltransferase GidB  37.89 
 
 		 209 aa  123  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.599081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5025  methyltransferase GidB  35.29 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.692099 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3456  methyltransferase GidB  39.06 
 
 		 195 aa  117  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2962  methyltransferase GidB  36.5 
 
 		 207 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2405  methyltransferase GidB  33.18 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.897894  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0180  16S rRNA methyltransferase GidB  36.71 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.235371  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2847  methyltransferase GidB  33.17 
 
 		 217 aa  92.4  5e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.165278 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2216  16S rRNA methyltransferase GidB  34.76 
 
 		 234 aa  81.6  0.000000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  29.84 
 
 		 209 aa  76.3  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2667  16S rRNA methyltransferase GidB  27.67 
 
 		 239 aa  75.1  0.0000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0895  methyltransferase GidB  28.47 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2855  methyltransferase GidB  36.69 
 
 		 233 aa  73.9  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.223767 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2989  16S rRNA methyltransferase GidB  27.04 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4955  methyltransferase GidB  31.65 
 
 		 239 aa  72.4  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000894491  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  34.72 
 
 		 214 aa  72.4  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0001  methyltransferase GidB  34.56 
 
 		 209 aa  72  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0073145  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  35.77 
 
 		 214 aa  72  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0051  16S rRNA methyltransferase GidB  30.73 
 
 		 255 aa  71.6  0.000000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3754  methyltransferase GidB  29.19 
 
 		 219 aa  71.6  0.000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0139272 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  32.34 
 
 		 216 aa  70.9  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  34.48 
 
 		 214 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4056  methyltransferase GidB  29.94 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2553  methyltransferase GidB  30.41 
 
 		 210 aa  69.7  0.00000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000314957  normal  0.233739 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3365  16S rRNA methyltransferase GidB  31.82 
 
 		 234 aa  69.3  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.653683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2336  methyltransferase GidB  32.62 
 
 		 217 aa  68.9  0.00000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000208151  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2231  methyltransferase GidB  33.33 
 
 		 240 aa  68.9  0.00000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7094  methyltransferase GidB  29.26 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1077  methyltransferase GidB  33.89 
 
 		 188 aa  68.9  0.00000000006  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.471113  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0693  methyltransferase GidB  26.63 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.108298  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  30.57 
 
 		 206 aa  68.6  0.00000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4146  methyltransferase GidB  29.38 
 
 		 217 aa  68.2  0.00000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  35.04 
 
 		 214 aa  68.2  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26990  glucose-inhibited division protein B  29.94 
 
 		 241 aa  67.8  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  31.58 
 
 		 219 aa  67.8  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4220  methyltransferase GidB  27.84 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.113234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  29.45 
 
 		 223 aa  67.8  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2363  methyltransferase GidB  29.75 
 
 		 242 aa  67.8  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.720797  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  33.58 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  28.48 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  28.07 
 
 		 206 aa  67  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3985  methyltransferase GidB  28.93 
 
 		 206 aa  66.6  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2517  methyltransferase GidB  27.84 
 
 		 240 aa  67  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00460923  hitchhiker  0.00173513 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  26.42 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2156  methyltransferase GidB  30.07 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0882  methyltransferase GidB (glucose-inhibited divisionprotein B)  35.46 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.122979  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03243  16S rRNA methyltransferase GidB  34.44 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  31.03 
 
 		 216 aa  65.9  0.0000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0792  methyltransferase GidB  32.42 
 
 		 188 aa  65.9  0.0000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00321601  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0042  methyltransferase GidB  31.79 
 
 		 219 aa  65.9  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0135  methyltransferase GidB  33.72 
 
 		 230 aa  65.5  0.0000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1432  methyltransferase GidB  30.2 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.416586  normal  0.596678 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4363  methyltransferase GidB  30.52 
 
 		 236 aa  65.5  0.0000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4185  methyltransferase GidB  27.74 
 
 		 206 aa  65.1  0.0000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0282933  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1064  16S rRNA methyltransferase GidB  31.97 
 
 		 239 aa  65.1  0.0000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.482961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2293  methyltransferase GidB  29.25 
 
 		 229 aa  65.1  0.0000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  37.76 
 
 		 215 aa  65.1  0.0000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  35.57 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1812  glucose inhibited division protein  31.13 
 
 		 218 aa  65.1  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  28.08 
 
 		 208 aa  64.7  0.0000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0466  16S rRNA methyltransferase GidB  30.22 
 
 		 216 aa  64.7  0.0000000009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  28.19 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  28.19 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  28.19 
 
 		 207 aa  64.7  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1005  16S rRNA methyltransferase GidB  26.77 
 
 		 235 aa  64.3  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  31.72 
 
 		 216 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18741  16S rRNA methyltransferase GidB  28.76 
 
 		 248 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.947759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  28.19 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>