More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2326 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2326  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 546 aa  1123    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.294702  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4180  extracellular solute-binding protein family 5  81.32 
 
 		 547 aa  924    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3852  extracellular solute-binding protein family 5  81.32 
 
 		 547 aa  922    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.479782 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3888  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  67.45 
 
 		 550 aa  780    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.799639  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1906  extracellular solute-binding protein  74.36 
 
 		 543 aa  821    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0377443  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3829  extracellular solute-binding protein  64.25 
 
 		 569 aa  703    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.847313 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2465  extracellular solute-binding protein  58.96 
 
 		 529 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.352303 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0372  extracellular solute-binding protein  58.77 
 
 		 529 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.132597  normal  0.149219 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0807  ABC dipeptide transporter, substrate-binding subunit DdpA  58.57 
 
 		 538 aa  621  1e-177  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123514  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3528  extracellular solute-binding protein  55.41 
 
 		 564 aa  616  1e-175  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.61993  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1253  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  52.41 
 
 		 533 aa  528  1e-149  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1917  extracellular solute-binding protein  50.47 
 
 		 518 aa  530  1e-149  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4004  extracellular solute-binding protein  52.53 
 
 		 535 aa  530  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4479  extracellular solute-binding protein  52.12 
 
 		 533 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.027731  normal  0.668994 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3777  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 		 533 aa  528  1e-148  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4017  extracellular solute-binding protein  52.32 
 
 		 533 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0465332  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6301  extracellular solute-binding protein family 5  53.48 
 
 		 535 aa  526  1e-148  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4591  extracellular solute-binding protein  52.65 
 
 		 533 aa  528  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0140228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5714  extracellular solute-binding protein  52.46 
 
 		 533 aa  523  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1050  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1274  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.834925  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1392  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  520  1e-146  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00928392  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2562  periplasmic solute-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1311  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251362  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0197  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  52.68 
 
 		 535 aa  518  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.415604  normal  0.0839796 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0247  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.279993  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0518  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.06 
 
 		 533 aa  519  1e-146  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.886694  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7644  extracellular solute-binding protein  50.1 
 
 		 528 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.938913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4474  extracellular solute-binding protein  49.63 
 
 		 529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0385001  normal  0.989495 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4012  extracellular solute-binding protein  49.63 
 
 		 529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0256267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1442  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  51.17 
 
 		 563 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.663118  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4056  extracellular solute-binding protein  51.8 
 
 		 489 aa  509  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5720  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 		 529 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.174819  normal  0.308845 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1427  solute-binding family 5 protein  51.27 
 
 		 533 aa  502  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0038  extracellular solute-binding protein  49.45 
 
 		 532 aa  502  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.216937  normal  0.341252 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3783  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 		 529 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.44101  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4585  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 		 529 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4061  extracellular solute-binding protein  49.07 
 
 		 529 aa  499  1e-140  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.707761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1258  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  48.51 
 
 		 543 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1261  solute-binding family 5 protein  50.1 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.24251  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2574  solute-binding family 5 protein  50.1 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1065  solute-binding family 5 protein  50.1 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1329  solute-binding family 5 protein  50.1 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492206  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0504  solute-binding family 5 protein  50.1 
 
 		 530 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1410  solute-binding family 5 protein  51.02 
 
 		 530 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.139309  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0232  solute-binding family 5 protein  49.9 
 
 		 530 aa  491  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.79785  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0799  extracellular solute-binding protein  48.82 
 
 		 531 aa  476  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.162067  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1248  extracellular solute-binding protein  43.53 
 
 		 537 aa  455  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.710714 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0135  extracellular solute-binding protein family 5  42.29 
 
 		 531 aa  443  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3993  extracellular solute-binding protein family 5  41.33 
 
 		 531 aa  432  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2713  extracellular solute-binding protein  41.92 
 
 		 529 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3741  extracellular solute-binding protein  39.74 
 
 		 532 aa  416  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2047  extracellular solute-binding protein  40.63 
 
 		 529 aa  402  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101703  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3198  extracellular solute-binding protein  42.12 
 
 		 547 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.271789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3551  ABC dipeptide/oligopeptide/nickel transporter, periplasmic dipeptide/oligopeptide/nickel-binding protein  40.38 
 
 		 522 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3686  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 522 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1105  extracellular solute-binding protein  39.38 
 
 		 522 aa  363  5.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1878  extracellular solute-binding protein  37 
 
 		 536 aa  350  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.419127 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2916  4-phytase  36.81 
 
 		 522 aa  349  7e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  37.32 
 
 		 536 aa  347  3e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0553  extracellular solute-binding protein  40.04 
 
 		 522 aa  347  4e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.727867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4044  extracellular solute-binding protein family 5  37.55 
 
 		 536 aa  346  5e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3867  extracellular solute-binding protein family 5  37.73 
 
 		 536 aa  345  1e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2056  extracellular solute-binding protein  36.47 
 
 		 521 aa  343  4e-93  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3537  extracellular solute-binding protein  38.31 
 
 		 556 aa  342  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2911  extracellular solute-binding protein  36.33 
 
 		 524 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.628741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3088  extracellular solute-binding protein  36.11 
 
 		 538 aa  331  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.902972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3248  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein, putative  35.44 
 
 		 540 aa  329  9e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49035  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  35.16 
 
 		 538 aa  327  5e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1878  extracellular solute-binding protein family 5  36.68 
 
 		 531 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.558624  normal  0.335683 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1692  extracellular solute-binding protein family 5  36.2 
 
 		 531 aa  321  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5173  extracellular solute-binding protein family 5  34.87 
 
 		 528 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.12226  normal  0.127243 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1799  extracellular solute-binding protein family 5  35.15 
 
 		 531 aa  318  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0907769  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5442  extracellular solute-binding protein family 5  34.32 
 
 		 528 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169825 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1030  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  35.81 
 
 		 534 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.180664  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1763  extracellular solute-binding protein family 5  35.42 
 
 		 536 aa  306  7e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1880  extracellular solute-binding protein  35.79 
 
 		 536 aa  303  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.70178  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0925  extracellular solute-binding protein family 5  35.84 
 
 		 523 aa  298  2e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.182407  normal  0.30323 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2532  extracellular solute-binding protein family 5  35.11 
 
 		 525 aa  294  2e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  32.37 
 
 		 515 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  32.1 
 
 		 534 aa  206  8e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  31.84 
 
 		 535 aa  205  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2347  extracellular solute-binding protein  30.64 
 
 		 516 aa  200  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1686  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  29.44 
 
 		 516 aa  192  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4121  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 521 aa  190  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.157439 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2160  extracellular solute-binding protein family 5  29.46 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0024579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2170  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 516 aa  189  1e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.233404  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01445  D-ala-D-a la transporter subunit  29.85 
 
 		 516 aa  189  2e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1572  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  29.66 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2099  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  29.27 
 
 		 516 aa  188  2e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1750  putative ABC transporter periplasmic-binding protein yddS precursor  29.48 
 
 		 516 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.843018  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1255  extracellular solute-binding protein family 5  30.08 
 
 		 566 aa  183  7e-45  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  29.96 
 
 		 532 aa  182  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1666  extracellular solute-binding protein  27.94 
 
 		 501 aa  182  1e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1600  extracellular solute-binding protein  28.49 
 
 		 501 aa  180  4.999999999999999e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1494  extracellular solute-binding protein  28.84 
 
 		 526 aa  177  5e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.69615 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  28.97 
 
 		 520 aa  176  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0602  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 545 aa  171  4e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.497567  hitchhiker  0.000000266408 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 544 aa  170  8e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0422  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 525 aa  169  1e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>