More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_2029 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  668    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  79.94 
 
 		 331 aa  502  1e-141  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2662  LacI family transcription regulator  69.44 
 
 		 328 aa  430  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.767927 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1973  LacI family transcription regulator  63.69 
 
 		 341 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.768247  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1186  transcriptional regulator, LacI family  62.35 
 
 		 358 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0882106  normal  0.328337 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0186  alanine racemase  61.35 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2860  putative transcription regulation repressor transcription regulator protein  58.02 
 
 		 329 aa  348  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0905  LacI family transcription regulator  53.15 
 
 		 333 aa  342  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.069217  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3107  transcriptional regulator, LacI family  57.36 
 
 		 331 aa  342  7e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2742  transcriptional regulator, LacI family  57.36 
 
 		 331 aa  340  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0297688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  49.85 
 
 		 334 aa  318  1e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1785  LacI family transcription regulator  53.68 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0432  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.68 
 
 		 334 aa  317  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0609  alanine racemase  53.99 
 
 		 347 aa  310  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4253  LacI family transcription regulator  50.77 
 
 		 354 aa  251  1e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  41.02 
 
 		 347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  42.47 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.18 
 
 		 352 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.73 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  39.52 
 
 		 334 aa  199  6e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  41.78 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.72 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  37.08 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  38.55 
 
 		 348 aa  193  4e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.91 
 
 		 356 aa  193  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.71 
 
 		 356 aa  192  6e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  37.54 
 
 		 337 aa  192  7e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.39 
 
 		 335 aa  192  9e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  39.14 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.52 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.12 
 
 		 333 aa  189  5.999999999999999e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 342 aa  188  9e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  39.12 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  37.13 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  37.13 
 
 		 323 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  36.81 
 
 		 323 aa  186  6e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  37.35 
 
 		 349 aa  186  6e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  36.48 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.24 
 
 		 338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  36.48 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  36.48 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  36.16 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  36.16 
 
 		 323 aa  183  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.93 
 
 		 340 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  37.39 
 
 		 337 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.02 
 
 		 331 aa  182  6e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 355 aa  182  6e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 338 aa  182  6e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  35.08 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3127  transcriptional regulator, LacI family  37.12 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.501484  hitchhiker  0.00254336 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  35.55 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  35.55 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  35.55 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 330 aa  179  4.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  34.77 
 
 		 323 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 346 aa  179  5.999999999999999e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.77 
 
 		 323 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  35.55 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  35.55 
 
 		 343 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.44 
 
 		 339 aa  179  7e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.87 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  35.45 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  35.8 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  35.98 
 
 		 368 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  37.08 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  34.04 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5553  transcriptional regulator LacI family  35.28 
 
 		 356 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.539573  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  33.13 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 		 330 aa  176  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.42 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  34.23 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  34.64 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  36.23 
 
 		 346 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  36.39 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  34.34 
 
 		 330 aa  176  6e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.04 
 
 		 340 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  34.23 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  34.64 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  34.64 
 
 		 330 aa  176  7e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  37.03 
 
 		 342 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  33.93 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  36.97 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  35.63 
 
 		 346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  36.04 
 
 		 343 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  30.12 
 
 		 344 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  35.89 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.93 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.75 
 
 		 347 aa  173  3.9999999999999995e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  36.08 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.93 
 
 		 332 aa  173  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>