More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_4006 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_4006  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 782 aa  1594    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.97 
 
 		 817 aa  365  1e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.6 
 
 		 781 aa  347  7e-94  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  29.44 
 
 		 793 aa  338  1.9999999999999998e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  34.98 
 
 		 968 aa  328  2.0000000000000001e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4037  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  33.88 
 
 		 659 aa  320  7.999999999999999e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0664  ATP-binding region, ATPase-like protein  32.05 
 
 		 853 aa  313  1e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  31.23 
 
 		 764 aa  305  3.0000000000000004e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  30.78 
 
 		 784 aa  293  7e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 		 921 aa  292  1e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0903  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.29 
 
 		 977 aa  292  2e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.393558  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0387  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 1068 aa  290  8e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  36.63 
 
 		 641 aa  288  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  32.17 
 
 		 982 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.51 
 
 		 827 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  35.36 
 
 		 1560 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 1029 aa  282  2e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.02 
 
 		 984 aa  281  4e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279424  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  32.07 
 
 		 755 aa  280  7e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  39.49 
 
 		 900 aa  279  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0202  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.9 
 
 		 781 aa  279  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 		 1009 aa  280  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  37.04 
 
 		 786 aa  278  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1644  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 		 789 aa  278  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841521  normal  0.594738 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1360  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.33 
 
 		 644 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.528402  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 		 1350 aa  278  4e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 		 902 aa  276  1.0000000000000001e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 1199 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0206  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.41 
 
 		 771 aa  275  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.67 
 
 		 1313 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 896 aa  273  6e-72  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.44 
 
 		 923 aa  273  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 		 631 aa  272  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0620  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.36 
 
 		 645 aa  271  2.9999999999999997e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 589 aa  271  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0113735 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.52 
 
 		 1433 aa  271  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 631 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2682  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 		 827 aa  270  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.616307  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3508  sensor histidine kinase  41.12 
 
 		 729 aa  270  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.2 
 
 		 882 aa  269  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3466  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.69 
 
 		 1362 aa  270  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.185791  normal  0.474676 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1302  sensor histidine kinase/response regulator  34.27 
 
 		 835 aa  269  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.924984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  33.67 
 
 		 651 aa  269  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  32.3 
 
 		 751 aa  269  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.16 
 
 		 932 aa  268  2.9999999999999995e-70  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  35.52 
 
 		 651 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.72 
 
 		 763 aa  267  4e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.79 
 
 		 1596 aa  267  5e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  38.29 
 
 		 553 aa  267  5e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 		 873 aa  266  8e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  32.77 
 
 		 907 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2021  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  36.07 
 
 		 645 aa  266  1e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.798842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.62 
 
 		 873 aa  266  1e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3445  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.27 
 
 		 717 aa  266  1e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.580231  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.14 
 
 		 765 aa  265  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.86 
 
 		 1124 aa  265  3e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5292  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 524 aa  264  4e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0811  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 		 724 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4471  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.74 
 
 		 627 aa  263  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.611462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.31 
 
 		 846 aa  262  1e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.33 
 
 		 874 aa  262  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  33.46 
 
 		 943 aa  262  2e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2684  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.9 
 
 		 645 aa  261  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  30.56 
 
 		 695 aa  261  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3242  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.95 
 
 		 1027 aa  261  4e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.073449  normal  0.0177381 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 614 aa  261  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2547  histidine kinase  38.79 
 
 		 698 aa  261  4e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.795977  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3528  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.3 
 
 		 690 aa  261  5.0000000000000005e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  38.3 
 
 		 737 aa  260  9e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4279  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 		 951 aa  259  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3450  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.39 
 
 		 718 aa  259  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000325842 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.91 
 
 		 965 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.82 
 
 		 1075 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2787  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.4 
 
 		 909 aa  258  2e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0319908  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 		 1691 aa  259  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 643 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.14 
 
 		 1157 aa  258  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4427  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.86 
 
 		 772 aa  258  3e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0370  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 		 1070 aa  258  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2212  sensor histidine kinase/response regulator  35.29 
 
 		 641 aa  258  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.378364  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1949  two component hybrid histidine kinase/sensor response regulator  29.97 
 
 		 833 aa  258  4e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3686  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  29.13 
 
 		 620 aa  257  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.926172  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.46 
 
 		 627 aa  257  7e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1277  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.91 
 
 		 969 aa  256  8e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4211  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.61 
 
 		 633 aa  256  8e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79688  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3366  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 		 762 aa  256  8e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 		 785 aa  256  9e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.56 
 
 		 969 aa  256  1.0000000000000001e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1822  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  39.95 
 
 		 582 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  32.84 
 
 		 631 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 		 877 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003464  signal transduction histidine kinase  39.14 
 
 		 573 aa  256  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.81 
 
 		 1177 aa  256  2.0000000000000002e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  34.11 
 
 		 588 aa  255  3e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4844  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 507 aa  255  3e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0550144  normal  0.563731 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2131  response regulator, histidine kinase  30.08 
 
 		 958 aa  254  4.0000000000000004e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.739788  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02206  hypothetical protein  38.26 
 
 		 827 aa  254  4.0000000000000004e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0186  histidine kinase  36.42 
 
 		 810 aa  254  4.0000000000000004e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1601  GAF sensor hybrid histidine kinase  36.39 
 
 		 685 aa  254  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0518398  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0616  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.01 
 
 		 766 aa  254  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0116444 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>