More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0449 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0407  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.44 
 
 		 439 aa  786    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0399  ATP-dependent RNA helicase RhlB  83.94 
 
 		 436 aa  756    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4069  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.24 
 
 		 438 aa  783    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.341266 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3951  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.24 
 
 		 438 aa  783    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3928  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.02 
 
 		 438 aa  781    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4109  ATP-dependent RNA helicase RhlB  83.45 
 
 		 435 aa  760    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0297113  hitchhiker  0.000114369 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0449  ATP-dependent RNA helicase RhlB  100 
 
 		 432 aa  896    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0339  ATP-dependent RNA helicase RhlB  85.11 
 
 		 435 aa  749    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.181774  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0411  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.9 
 
 		 439 aa  790    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3614  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.9 
 
 		 439 aa  790    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0461  ATP-dependent RNA helicase RhlB  86.94 
 
 		 434 aa  769    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.388345  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3876  ATP-dependent RNA helicase RhlB  87.02 
 
 		 438 aa  781    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.587664  hitchhiker  0.000145647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0410  ATP-dependent RNA helicase RhlB  86.53 
 
 		 439 aa  778    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0117483 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3432  ATP-dependent RNA helicase RhlB  86.82 
 
 		 439 aa  783    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0514  ATP-dependent RNA helicase RhlB  81.76 
 
 		 441 aa  748    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0317755 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3215  ATP-dependent RNA helicase RhlB  81.59 
 
 		 439 aa  736    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002096  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.13 
 
 		 439 aa  617  1e-175  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895445  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00338  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.82 
 
 		 437 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2697  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.51 
 
 		 438 aa  602  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.578293  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.14 
 
 		 419 aa  604  1.0000000000000001e-171  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4126  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4195  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.73 
 
 		 421 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3191  ATP-dependent RNA helicase RhlB  67.46 
 
 		 418 aa  600  1e-170  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00108061 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0202  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.28 
 
 		 428 aa  595  1e-169  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4205  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.5 
 
 		 430 aa  595  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0146  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.2 
 
 		 434 aa  594  1e-169  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00149472  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0155  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.21 
 
 		 428 aa  595  1e-169  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4303  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0431153  normal  0.722207 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4013  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.73 
 
 		 430 aa  594  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03658  ATP-dependent RNA helicase  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000314324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4197  DEAD/DEAH box helicase domain protein  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00222167  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4144  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03607  hypothetical protein  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000127308  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3996  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4036  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.67 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.269062  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4223  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0291518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0178  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.67 
 
 		 428 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0158  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.42 
 
 		 428 aa  589  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.495687 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5213  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.5 
 
 		 421 aa  590  1e-167  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4141  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.27 
 
 		 421 aa  591  1e-167  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4005  ATP-dependent RNA helicase RhlB  65.74 
 
 		 421 aa  590  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00596063 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0509  ATP-dependent RNA helicase RhlB  64.25 
 
 		 423 aa  582  1.0000000000000001e-165  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0308168 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0174  ATP-dependent RNA helicase RhlB  63.93 
 
 		 428 aa  565  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4221  ATP-dependent RNA helicase RhlB  66.67 
 
 		 421 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0989994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00568  ATP-dependent RNA helicase RhlB  68.8 
 
 		 429 aa  557  1e-157  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.595668  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0356  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  56.54 
 
 		 432 aa  477  1e-133  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2467  DEAD/DEAH box helicase domain protein  57.25 
 
 		 440 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03716  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.75 
 
 		 574 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2015  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  53.95 
 
 		 430 aa  432  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3674  ATP-dependent RNA helicase RhlB  54.66 
 
 		 574 aa  432  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2582  DEAD/DEAH box helicase-like  55.94 
 
 		 431 aa  429  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2156  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.33 
 
 		 544 aa  423  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2070  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  51.63 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.514873  normal  0.181762 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2245  ATP-dependent RNA helicase RhlB  53.59 
 
 		 544 aa  421  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.298458  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1374  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.88 
 
 		 475 aa  404  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000426275  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0945  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  49.88 
 
 		 451 aa  395  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2278  DEAD/DEAH box helicase domain protein  49.38 
 
 		 452 aa  393  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.64228  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0522  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.07 
 
 		 443 aa  389  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00923533  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1442  DEAD/DEAH box helicase domain protein  46.77 
 
 		 490 aa  391  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2779  DEAD/DEAH box helicase domain protein  47.36 
 
 		 482 aa  388  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000517174  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0735  DEAD helicase family protein  50.4 
 
 		 433 aa  385  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3035  ATP-dependent RNA helicase RhlB  48.04 
 
 		 438 aa  376  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000379043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1776  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.18 
 
 		 423 aa  360  3e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0902  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.33 
 
 		 483 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.169794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1623  DEAD/DEAH box helicase-like protein  47.98 
 
 		 424 aa  349  5e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.216615  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2643  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  42.42 
 
 		 533 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4554  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.41 
 
 		 489 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1295  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.41 
 
 		 480 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4430  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.41 
 
 		 480 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.649102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11290  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.36 
 
 		 521 aa  343  5e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0620  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.34 
 
 		 392 aa  339  5.9999999999999996e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.651173 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14040  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.24 
 
 		 507 aa  338  9e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0143949  normal  0.0213445 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1244  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.24 
 
 		 529 aa  338  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0770  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  47.75 
 
 		 383 aa  335  5.999999999999999e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000481841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0971  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.36 
 
 		 492 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.951762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3565  ATP-dependent RNA helicase RhlB  45.28 
 
 		 482 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.36909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1474  DEAD/DEAH box helicase-like  47.28 
 
 		 384 aa  335  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.738757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0943  putative ATP-dependent RNA helicase  47.01 
 
 		 396 aa  331  1e-89  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1070  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 		 483 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1253  ATP-dependent RNA helicase RhlB  46.09 
 
 		 397 aa  330  4e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0054  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.25 
 
 		 464 aa  318  7.999999999999999e-86  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.536242  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2119  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  45.01 
 
 		 452 aa  301  1e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637401  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1132  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.58 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.716722 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1053  DEAD/DEAH box helicase domain protein  39.34 
 
 		 484 aa  297  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3252  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.87 
 
 		 504 aa  297  3e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0717985  normal  0.458029 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3028  DEAD/DEAH box helicase-like  37.67 
 
 		 506 aa  297  3e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.287974  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1526  superfamily II DNA/RNA helicase  42.9 
 
 		 527 aa  296  6e-79  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2155  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  39.76 
 
 		 504 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.659506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1516  DEAD/DEAH box helicase-like  40.65 
 
 		 492 aa  294  3e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0617  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  41.02 
 
 		 479 aa  292  7e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.028654 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1250  DEAD/DEAH box helicase domain protein  38.29 
 
 		 489 aa  291  1e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3295  putative ATP-dependent RNA helicase 2  40.15 
 
 		 491 aa  291  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0902  DEAD/DEAH box helicase domain protein  40.27 
 
 		 474 aa  291  2e-77  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.282889  normal  0.164162 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3202  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  40 
 
 		 487 aa  290  4e-77  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0371  hypothetical protein  41.58 
 
 		 656 aa  289  7e-77  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2015  DEAD/DEAH box helicase domain protein  41.03 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4573  DEAD/DEAH box helicase domain-containing protein  38.39 
 
 		 415 aa  288  1e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>