More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1924 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_1924  fatty acid metabolism regulator  100 
 
 
240 aa  496  1e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  8.76108e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1683  fatty acid metabolism regulator  87.34 
 
 
238 aa  430  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.33704e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2885  fatty acid metabolism regulator  85.83 
 
 
240 aa  427  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1635  fatty acid metabolism regulator  86.08 
 
 
239 aa  427  1e-119  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.15144e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1815  fatty acid metabolism regulator  85.65 
 
 
238 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.26065e-07  normal  0.682144 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1771  fatty acid metabolism regulator  85.65 
 
 
238 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.43571e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2507  fatty acid metabolism regulator  85.65 
 
 
238 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  4.37817e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1643  fatty acid metabolism regulator  86.75 
 
 
241 aa  424  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  8.3399e-07  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1568  fatty acid metabolism regulator  86.75 
 
 
241 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  5.21117e-09  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1635  fatty acid metabolism regulator  86.02 
 
 
241 aa  422  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  6.15714e-07  normal  0.0628183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1778  fatty acid metabolism regulator  85.59 
 
 
238 aa  423  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  7.19025e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2438  fatty acid metabolism regulator  83.33 
 
 
239 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.09997e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1743  fatty acid metabolism regulator  81.01 
 
 
239 aa  407  1e-113  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2174  fatty acid metabolism regulator  77.43 
 
 
253 aa  368  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  3.0216e-08  normal  0.0239474 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2512  fatty acid metabolism regulator  74.24 
 
 
249 aa  363  1e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  9.12913e-08  normal  0.579868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2689  fatty acid metabolism regulator  74.67 
 
 
249 aa  363  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  4.49481e-08  normal  0.614012 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1948  fatty acid metabolism regulator  64.1 
 
 
239 aa  322  3e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00527579  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2244  fatty acid metabolism regulator  64.1 
 
 
239 aa  322  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0118438  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1999  fatty acid metabolism regulator  63.14 
 
 
239 aa  322  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00814717  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2109  fatty acid metabolism regulator  63.14 
 
 
239 aa  322  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109018  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2363  fatty acid metabolism regulator  63.14 
 
 
239 aa  322  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000339682  normal  0.326287 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2748  fatty acid metabolism regulator  61.86 
 
 
239 aa  321  6e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000401699  decreased coverage  3.63622e-05 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01148  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
236 aa  317  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0433911  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1943  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  313  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0247778  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2003  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  313  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.69959  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1947  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  313  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0438592  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1513  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  313  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127061  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2794  fatty acid metabolism regulator  63.64 
 
 
236 aa  313  1e-84  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00556903  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1328  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  313  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  2.24704e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2003  fatty acid metabolism regulator  61.54 
 
 
239 aa  312  3e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.20819e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1983  fatty acid metabolism regulator  60.68 
 
 
239 aa  311  6e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0199399  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01172  hypothetical protein  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  4.80756e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1674  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.16517e-06  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2461  fatty acid metabolism transcriptional regulator FadR  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1290  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.57847e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1962  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000133841  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2438  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000216625  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1345  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00238872  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01162  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  7.99515e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1332  fatty acid metabolism regulator  61.11 
 
 
239 aa  308  4e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  3.05633e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2365  fatty acid metabolism regulator  58.58 
 
 
239 aa  305  4e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000203201  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3488  fatty acid metabolism regulator  60.34 
 
 
237 aa  304  7e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00186982  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1490  fatty acid metabolism regulator  49.1 
 
 
279 aa  260  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2147  fatty acid metabolism regulator  46.76 
 
 
280 aa  248  8e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0102966  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02929  fatty acid metabolism regulator  46.57 
 
 
279 aa  244  7e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002979  transcriptional regulator for fatty acid degradation FadR GntR family  46.93 
 
 
279 aa  244  7e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1661  fatty acid metabolism regulator  48.07 
 
 
236 aa  240  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0855025  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0623  fatty acid metabolism regulator  43.64 
 
 
239 aa  228  9e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  1.68386e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0357  regulatory protein GntR HTH  42.78 
 
 
235 aa  169  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000241267  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2617  regulatory protein GntR HTH  38.01 
 
 
230 aa  154  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5646  regulatory protein GntR HTH  35.35 
 
 
227 aa  136  3e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2130  regulatory protein GntR HTH  33.03 
 
 
233 aa  121  9e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0857174  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2087  fatty acid responsive transcription factor FadR domain protein  34.18 
 
 
233 aa  121  1e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.30946e-19 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5532  putative GntR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
267 aa  75.1  9e-13  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  30.57 
 
 
261 aa  72.8  4e-12  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1066  transcriptional regulator NanR  29.12 
 
 
251 aa  72.8  5e-12  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.624285  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10597  GntR family transcriptional regulator  30.67 
 
 
240 aa  69.7  4e-11  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2942  regulatory protein GntR, HTH  30.47 
 
 
240 aa  66.6  3e-10  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0684718  normal  0.415025 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  28.9 
 
 
249 aa  65.1  9e-10  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0011  GntR family transcriptional regulator  28.14 
 
 
249 aa  64.7  1e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2771  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  63.9  2e-09  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.908882  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2757  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  63.9  2e-09  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.578268  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  29.28 
 
 
254 aa  63.9  2e-09  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2727  GntR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
239 aa  63.9  2e-09  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.45563  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4648  transcriptional regulator NanR  30.77 
 
 
234 aa  63.5  3e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.462339  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7456  regulatory protein GntR HTH  39.02 
 
 
237 aa  62.8  4e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0768739  normal  0.406938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0095  transcriptional regulator NanR  32.32 
 
 
237 aa  62  8e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0471  GntR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
221 aa  61.6  1e-08  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.915136  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  27.71 
 
 
250 aa  61.6  1e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0711  GntR domain-containing protein  30.49 
 
 
243 aa  60.8  2e-08  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.121808 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  32.48 
 
 
235 aa  59.7  4e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10503  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
242 aa  59.7  4e-08  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000487705  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1645  putative regulatory protein  29.25 
 
 
223 aa  59.3  5e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1629  putative regulatory protein  29.25 
 
 
223 aa  59.3  5e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1653  putative regulatory protein  29.25 
 
 
263 aa  59.3  5e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.989828 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1712  putative regulatory protein  29.25 
 
 
223 aa  59.3  5e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1795  putative regulatory protein  29.25 
 
 
223 aa  59.3  5e-08  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3004  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
230 aa  58.9  6e-08  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0317071  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  28.96 
 
 
239 aa  58.9  7e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.63165e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1313  regulatory protein GntR HTH  26.83 
 
 
232 aa  58.9  7e-08  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3068  transcriptional regulator NanR  29.22 
 
 
235 aa  58.5  9e-08  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2218  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  30.72 
 
 
255 aa  57.8  1e-07  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0409255  hitchhiker  0.007316 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5598  GntR domain protein  26.79 
 
 
256 aa  58.2  1e-07  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4763  transcriptional regulator NanR  28.85 
 
 
235 aa  58.5  1e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436481  normal  0.284781 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8406  regulatory protein GntR HTH  32.68 
 
 
277 aa  58.2  1e-07  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  28.21 
 
 
243 aa  57.4  2e-07  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  26.4 
 
 
257 aa  57.4  2e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  5.16822e-06 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4894  GntR domain-containing protein  29.78 
 
 
229 aa  57  3e-07  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000861781  hitchhiker  6.33527e-07 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  29.11 
 
 
227 aa  56.6  3e-07  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
247 aa  57  3e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
261 aa  57  3e-07  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6391  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  29.71 
 
 
255 aa  56.6  3e-07  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0539  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 
247 aa  57  3e-07  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  27.49 
 
 
234 aa  56.2  4e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3725  transcriptional regulator NanR  29.19 
 
 
237 aa  55.8  5e-07  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235628  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  27.49 
 
 
234 aa  55.8  5e-07  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  26.48 
 
 
240 aa  55.8  6e-07  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3282  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
261 aa  55.5  8e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  27.03 
 
 
241 aa  55.5  8e-07  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4109  GntR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
230 aa  55.1  9e-07  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000434106  decreased coverage  0.00494792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>