More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0383 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  100 
 
 		 585 aa  1219    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  73.8 
 
 		 574 aa  888    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  75.72 
 
 		 587 aa  917    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  75.86 
 
 		 574 aa  919    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  74.79 
 
 		 574 aa  897    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1072  type I restriction-modification system, M subunit  51.64 
 
 		 815 aa  527  1e-148  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0508  type I restriction-modification system, M subunit  51.33 
 
 		 814 aa  523  1e-147  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4014  N-6 DNA methylase  46.85 
 
 		 816 aa  525  1e-147  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0097  type I restriction-modification system M subunit  50.37 
 
 		 822 aa  519  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.836051  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0499  type I restriction-modification system, M subunit  47.64 
 
 		 808 aa  518  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.115412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  53.42 
 
 		 495 aa  493  9.999999999999999e-139  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  53.41 
 
 		 633 aa  490  1e-137  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  53.96 
 
 		 505 aa  491  1e-137  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0563  type I restriction-modification system, M subunit  53.64 
 
 		 908 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0170311  hitchhiker  0.0000000000000803096 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05613  type I restriction-modification system specificity subunit  49.72 
 
 		 873 aa  467  9.999999999999999e-131  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4043  N-6 DNA methylase  44.08 
 
 		 824 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  50.75 
 
 		 508 aa  461  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  50.75 
 
 		 523 aa  462  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5009  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine- specific)  45.64 
 
 		 860 aa  456  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.235997 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2258  type I restriction-modification system, M subunit  51.87 
 
 		 891 aa  457  1e-127  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0005  type I restriction-modification system, M subunit, putative  47.05 
 
 		 568 aa  415  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0942  Type I restriction-modification system M subunit  49.35 
 
 		 495 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.100571  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0606  type I restriction-modification system subunit M  43.93 
 
 		 523 aa  397  1e-109  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0614  type I restriction-modification system, M subunit  46.64 
 
 		 494 aa  385  1e-105  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0763672  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  45.77 
 
 		 501 aa  377  1e-103  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  45.25 
 
 		 504 aa  367  1e-100  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  45.25 
 
 		 505 aa  367  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  43.84 
 
 		 499 aa  368  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  43.41 
 
 		 499 aa  362  1e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06810  type I restriction enzyme M protein  44.71 
 
 		 526 aa  348  2e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  42.63 
 
 		 498 aa  344  2e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  41.46 
 
 		 496 aa  340  5.9999999999999996e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4262  type I restriction-modification system, M subunit  41.02 
 
 		 527 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3551  type I restriction-modification system, M subunit  43.2 
 
 		 499 aa  333  7.000000000000001e-90  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.795147  normal  0.253327 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  42.19 
 
 		 500 aa  332  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4623  type I restriction-modification system, M subunit  39.75 
 
 		 810 aa  329  9e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.218097 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  39.59 
 
 		 508 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  39.59 
 
 		 508 aa  326  6e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0161  type I restriction-modification system, M subunit  42.15 
 
 		 506 aa  326  6e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  41.7 
 
 		 498 aa  326  7e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2550  type I restriction-modification system, M subunit  39.58 
 
 		 527 aa  325  1e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.19461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2348  type I restriction-modification system, M subunit  40.77 
 
 		 505 aa  323  4e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.427504  hitchhiker  0.00993981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  40.41 
 
 		 503 aa  321  3e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  40.17 
 
 		 526 aa  318  1e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2853  N-6 DNA methylase  38.48 
 
 		 810 aa  317  4e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0991376 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0952  type I restriction-modification system, M subunit  38 
 
 		 809 aa  314  2.9999999999999996e-84  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000609916 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  38.68 
 
 		 505 aa  314  2.9999999999999996e-84  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  39.34 
 
 		 493 aa  312  1e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2672  N-6 DNA methylase  39.29 
 
 		 814 aa  311  2e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.29252  normal  0.213379 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  38.75 
 
 		 496 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  38.32 
 
 		 492 aa  306  5.0000000000000004e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2210  N-6 DNA methylase  38.44 
 
 		 522 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  36.52 
 
 		 522 aa  306  7e-82  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  38.02 
 
 		 516 aa  305  2.0000000000000002e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0405  type I restriction-modification system, M subunit  37.38 
 
 		 799 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2193  type I restriction-modification system, M subunit  37.35 
 
 		 847 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.184981  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3427  type I restriction-modification system methylation subunit-like  39.95 
 
 		 504 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2273  N-6 DNA methylase  38.46 
 
 		 522 aa  303  8.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.443565  hitchhiker  0.00000125043 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  38.76 
 
 		 527 aa  300  4e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0251  type I restriction-modification system, M subunit  37.5 
 
 		 808 aa  300  6e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2925  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  39.51 
 
 		 708 aa  299  1e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1896  N-6 DNA methylase  37.47 
 
 		 511 aa  298  3e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.836046  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2691  N-6 DNA methylase  37.82 
 
 		 523 aa  296  6e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0865  type I restriction-modification system, M subunit  36.78 
 
 		 814 aa  296  7e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.173727  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  36.86 
 
 		 520 aa  293  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  36.86 
 
 		 520 aa  293  8e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  38.34 
 
 		 516 aa  292  1e-77  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1097  N-6 DNA methylase  38.36 
 
 		 513 aa  290  6e-77  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.34986 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2925  N-6 DNA methylase  37.42 
 
 		 680 aa  289  1e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  35.25 
 
 		 547 aa  283  8.000000000000001e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0427  type I restriction-modification system, M subunit  36.38 
 
 		 827 aa  281  3e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0369  type I restriction-modification system, M subunit  35.04 
 
 		 871 aa  277  3e-73  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1779  type I restriction-modification system specificity subunit  36.33 
 
 		 799 aa  274  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0034  N-6 DNA methylase  33.2 
 
 		 544 aa  272  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.966218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2509  site-specific DNA-methyltransferase  35.97 
 
 		 540 aa  271  2.9999999999999997e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.847656  normal  0.642426 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0333  N-6 DNA methylase  32.95 
 
 		 547 aa  269  8.999999999999999e-71  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175232 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3354  type I restriction-modification system, M subunit  36.38 
 
 		 528 aa  269  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.501947  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3758  N-6 DNA methylase  36.04 
 
 		 511 aa  268  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.921564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4162  type I restriction-modification system, M subunit  35.4 
 
 		 874 aa  268  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.235487 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  35.86 
 
 		 503 aa  267  4e-70  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3767  N-6 DNA methylase  34.48 
 
 		 564 aa  265  2e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3148  N-6 DNA methylase  34.81 
 
 		 540 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.303766 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0224  Type I restriction-modification system, M subunit  34.7 
 
 		 519 aa  264  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  33.77 
 
 		 510 aa  264  4e-69  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  35.11 
 
 		 498 aa  263  4.999999999999999e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1096  N-6 DNA methylase  35.86 
 
 		 543 aa  262  1e-68  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01115  type I restriction-modification system, methyltransferase subunit  35.07 
 
 		 862 aa  262  1e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4458  type I restriction-modification system, M subunit  33.71 
 
 		 863 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  35.11 
 
 		 497 aa  262  1e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3080  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  32.38 
 
 		 549 aa  261  2e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.801077 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0039  N-6 DNA methylase  35.99 
 
 		 501 aa  262  2e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.250679  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12769  type I restriction/modification system DNA methylase hsdM  33.08 
 
 		 540 aa  261  3e-68  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1959  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  34.15 
 
 		 855 aa  260  4e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1843  type I restriction-modification system, M subunit  42.94 
 
 		 554 aa  260  6e-68  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3672  type I restriction-modification system, M subunit  34.48 
 
 		 910 aa  259  8e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2793  type I restriction-modification system, M subunit  31.83 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2418  N-6 DNA methylase  31.83 
 
 		 525 aa  258  2e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.572428  normal  0.0719197 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2789  N-6 DNA methylase  33.62 
 
 		 532 aa  257  3e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.206405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2908  N-6 DNA methylase  34.12 
 
 		 523 aa  257  5e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1215  Type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.41 
 
 		 462 aa  256  6e-67  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>