More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1365 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1365  SsrA-binding protein  100 
 
 		 148 aa  304  2.0000000000000002e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1301  SsrA-binding protein  99.32 
 
 		 148 aa  302  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.928696  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1424  SsrA-binding protein  93.92 
 
 		 148 aa  288  2e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  hitchhiker  0.00854817 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1861  SsrA-binding protein  88.97 
 
 		 150 aa  274  4e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706787  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1456  SsrA-binding protein  88.97 
 
 		 150 aa  273  8e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2049  SsrA-binding protein  82.07 
 
 		 148 aa  251  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0189824  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2435  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  250  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.335989  normal  0.0945366 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1702  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  7e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1303  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.840826  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1532  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184904  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2558  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3280  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.234096  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2032  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17643  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2467  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.838466  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2412  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  249  9.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.579445  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1901  SsrA-binding protein  80.69 
 
 		 148 aa  248  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2032  SsrA-binding protein  80.69 
 
 		 148 aa  247  5e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.148914  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2019  SsrA-binding protein  80.69 
 
 		 148 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6078  SsrA-binding protein  80.69 
 
 		 148 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1999  SsrA-binding protein  80.69 
 
 		 148 aa  246  8e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1277  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 148 aa  246  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.622701 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1318  SsrA-binding protein  81.38 
 
 		 148 aa  244  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.183841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5309  SsrA-binding protein  79.31 
 
 		 148 aa  241  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0732663  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1203  SsrA-binding protein  74.15 
 
 		 147 aa  233  1.0000000000000001e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.386062  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1756  SsrA-binding protein  72.41 
 
 		 149 aa  230  5e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.941289  normal  0.680146 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1426  SsrA-binding protein  73.1 
 
 		 150 aa  226  7e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1145  SsrA-binding protein  69.18 
 
 		 154 aa  226  8e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.533821  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0526  SsrA-binding protein  69.66 
 
 		 150 aa  215  1e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.867775 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1616  SsrA-binding protein  68.71 
 
 		 155 aa  215  2e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.823656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  69.59 
 
 		 148 aa  213  9e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2342  SsrA-binding protein  69.39 
 
 		 149 aa  212  9.999999999999999e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.994349  normal  0.13276 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2057  SsrA-binding protein  65.54 
 
 		 154 aa  208  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00464392 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2436  SsrA-binding protein  63.51 
 
 		 149 aa  205  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  67.36 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  64.58 
 
 		 157 aa  205  2e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2757  SsrA-binding protein  63.7 
 
 		 158 aa  204  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2055  SsrA-binding protein  63.45 
 
 		 159 aa  201  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2005  SsrA-binding protein  62.94 
 
 		 185 aa  201  3e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0231332  normal  0.713632 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2546  SsrA-binding protein  65.73 
 
 		 157 aa  201  3e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0662204  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3374  SsrA-binding protein  65.52 
 
 		 157 aa  200  5e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1198  SsrA-binding protein  61.81 
 
 		 189 aa  200  5e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11518  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0277  SsrA-binding protein  59.86 
 
 		 153 aa  199  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0454  SsrA-binding protein  59.86 
 
 		 153 aa  199  9e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020171 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3370  SsrA-binding protein  62.07 
 
 		 160 aa  198  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0666937  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1256  SsrA-binding protein  62.07 
 
 		 157 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0547561  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2552  SsrA-binding protein  62.07 
 
 		 157 aa  196  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446859 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  59.18 
 
 		 158 aa  191  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1485  SsrA-binding protein  60.27 
 
 		 165 aa  191  3e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3903  SsrA-binding protein  60.27 
 
 		 157 aa  188  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3004  SsrA-binding protein  58.33 
 
 		 173 aa  185  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.034117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5488  SsrA-binding protein  60.42 
 
 		 159 aa  184  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63060  SsrA-binding protein  60.42 
 
 		 159 aa  184  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3632  SsrA-binding protein  59.59 
 
 		 173 aa  184  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.865786 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3101  SsrA-binding protein  56.94 
 
 		 157 aa  183  6e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  58.62 
 
 		 160 aa  183  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2005  SsrA-binding protein  61.81 
 
 		 158 aa  182  1.0000000000000001e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141035 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0358  SsrA-binding protein  60.71 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0325  SsrA-binding protein  60.71 
 
 		 158 aa  180  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43050  SsrA-binding protein  55.78 
 
 		 160 aa  179  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.490843  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2898  SsrA-binding protein  55.78 
 
 		 156 aa  174  3e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2751  SsrA-binding protein  55.78 
 
 		 156 aa  174  3e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01177  SsrA-binding protein  58.33 
 
 		 167 aa  173  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130797  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1393  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00517715  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1455  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 159 aa  172  9.999999999999999e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000318181  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1530  SsrA-binding protein  52.38 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1520  SsrA-binding protein  56.94 
 
 		 167 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1463  SsrA-binding protein  56.94 
 
 		 167 aa  171  2.9999999999999996e-42  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0677616  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1590  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 167 aa  170  5e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0755  SsrA-binding protein  53.74 
 
 		 160 aa  167  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.609664  normal  0.307584 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4515  SsrA-binding protein  52.38 
 
 		 160 aa  167  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4203  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 160 aa  167  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4734  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 160 aa  167  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.683241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4733  SsrA-binding protein  52.38 
 
 		 160 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4599  SsrA-binding protein  52.38 
 
 		 160 aa  164  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432881  normal  0.0841371 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0698  SsrA-binding protein  51.7 
 
 		 160 aa  164  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.105025  hitchhiker  0.0000324101 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2893  SsrA-binding protein  53.47 
 
 		 160 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202401  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1372  SsrA-binding protein  53.47 
 
 		 164 aa  164  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000169274  normal  0.0258325 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2980  SsrA-binding protein  53.47 
 
 		 164 aa  164  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.634619  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02508  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0844393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1055  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1064  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356681  normal  0.744572 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2904  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.386686  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2778  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000718154  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2772  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.114696  normal  0.13195 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02472  hypothetical protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110756  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3860  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3009  SsrA-binding protein  54.17 
 
 		 160 aa  164  5e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117126  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3972  SsrA-binding protein  48.98 
 
 		 159 aa  161  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.437148 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1407  SsrA-binding protein  53.79 
 
 		 164 aa  161  3e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3690  SsrA-binding protein  52.08 
 
 		 160 aa  161  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0581968  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01809  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 159 aa  161  3e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00252244  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2388  SsrA-binding protein  53.74 
 
 		 160 aa  161  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2479  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 161 aa  160  4.0000000000000004e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0209136  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1520  SsrA-binding protein  53.79 
 
 		 164 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0417834  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3302  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 160 aa  160  7e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3100  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 168 aa  159  9e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.920357  normal  0.213677 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0724  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 160 aa  159  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0374  SsrA-binding protein  53.47 
 
 		 161 aa  159  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2901  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2903  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.70343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>