More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2388 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2388  SsrA-binding protein  100 
 
 		 160 aa  332  1e-90  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1473  SsrA-binding protein  80.38 
 
 		 163 aa  268  2e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2854  SsrA-binding protein  80.38 
 
 		 163 aa  268  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2776  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  267  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.336371 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2952  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  267  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1268  SsrA-binding protein  79.73 
 
 		 163 aa  254  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.745549  normal  0.12571 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1239  SsrA-binding protein  72.96 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1298  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1334  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3052  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.110535 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1282  SsrA-binding protein  72.33 
 
 		 164 aa  246  1e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0727299  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1307  SsrA-binding protein  79.75 
 
 		 163 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1229  SsrA-binding protein  79.11 
 
 		 163 aa  243  6.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1407  SsrA-binding protein  77.08 
 
 		 164 aa  242  9.999999999999999e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1094  SsrA-binding protein  71.52 
 
 		 162 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.146996  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1520  SsrA-binding protein  77.08 
 
 		 164 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0417834  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3222  SsrA-binding protein  67.1 
 
 		 160 aa  214  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02508  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0844393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1055  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1372  SsrA-binding protein  67.53 
 
 		 164 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000169274  normal  0.0258325 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3860  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2778  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000718154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2904  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.386686  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2772  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.114696  normal  0.13195 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02472  hypothetical protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110756  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2980  SsrA-binding protein  67.53 
 
 		 164 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.634619  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3009  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117126  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2893  SsrA-binding protein  67.53 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202401  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1064  SsrA-binding protein  66.45 
 
 		 160 aa  211  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356681  normal  0.744572 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3302  SsrA-binding protein  65.16 
 
 		 160 aa  208  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0959  SsrA-binding protein  65.16 
 
 		 160 aa  207  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0724  SsrA-binding protein  65.16 
 
 		 160 aa  207  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1602  SsrA-binding protein  62.89 
 
 		 161 aa  207  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.780272 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3690  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 160 aa  206  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0581968  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3015  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 175 aa  204  4e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2903  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 160 aa  204  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.70343 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2833  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 160 aa  204  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0494582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2901  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 160 aa  204  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2883  SsrA-binding protein  63.87 
 
 		 160 aa  204  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.195745 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3100  SsrA-binding protein  61.94 
 
 		 168 aa  196  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.920357  normal  0.213677 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01124  SsrA-binding protein  57.23 
 
 		 161 aa  191  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3829  SsrA-binding protein  60.54 
 
 		 162 aa  190  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.341865  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1739  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 158 aa  190  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004300  tmRNA-binding protein SmpB  57.86 
 
 		 161 aa  190  7e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01809  SsrA-binding protein  56.33 
 
 		 159 aa  188  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00252244  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0473  SsrA-binding protein  58.49 
 
 		 160 aa  187  5e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  59.09 
 
 		 157 aa  184  4e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2479  SsrA-binding protein  54.09 
 
 		 161 aa  184  6e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0209136  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0374  SsrA-binding protein  54.72 
 
 		 161 aa  183  9e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1590  SsrA-binding protein  58.6 
 
 		 167 aa  181  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  56.96 
 
 		 158 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2055  SsrA-binding protein  54.09 
 
 		 159 aa  177  4e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  56.29 
 
 		 157 aa  177  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2741  SsrA-binding protein  52.5 
 
 		 162 aa  174  6e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000520736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  52.56 
 
 		 160 aa  173  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3101  SsrA-binding protein  55.48 
 
 		 157 aa  172  9.999999999999999e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0358  SsrA-binding protein  55.84 
 
 		 158 aa  171  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3370  SsrA-binding protein  54.55 
 
 		 160 aa  171  3.9999999999999995e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0666937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2898  SsrA-binding protein  57.72 
 
 		 156 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2751  SsrA-binding protein  57.72 
 
 		 156 aa  171  5e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4203  SsrA-binding protein  57.43 
 
 		 160 aa  171  5e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0325  SsrA-binding protein  55.84 
 
 		 158 aa  171  5e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43050  SsrA-binding protein  57.43 
 
 		 160 aa  170  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.490843  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4515  SsrA-binding protein  56.76 
 
 		 160 aa  170  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.10067  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1485  SsrA-binding protein  50 
 
 		 165 aa  170  7.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4733  SsrA-binding protein  56.08 
 
 		 160 aa  170  9e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  hitchhiker  0.00889462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4599  SsrA-binding protein  56.08 
 
 		 160 aa  170  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.432881  normal  0.0841371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0755  SsrA-binding protein  58.78 
 
 		 160 aa  169  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.609664  normal  0.307584 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4734  SsrA-binding protein  56.08 
 
 		 160 aa  168  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.683241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0698  SsrA-binding protein  55.41 
 
 		 160 aa  168  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.105025  hitchhiker  0.0000324101 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0454  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 153 aa  167  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020171 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0277  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 153 aa  167  7e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1861  SsrA-binding protein  55.48 
 
 		 150 aa  167  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706787  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1424  SsrA-binding protein  54.42 
 
 		 148 aa  166  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  hitchhiker  0.00854817 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1426  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 150 aa  166  2e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1520  SsrA-binding protein  52.56 
 
 		 167 aa  165  2e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1393  SsrA-binding protein  52.83 
 
 		 159 aa  164  2.9999999999999998e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00517715  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1530  SsrA-binding protein  49.35 
 
 		 158 aa  165  2.9999999999999998e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5488  SsrA-binding protein  54.84 
 
 		 159 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63060  SsrA-binding protein  54.84 
 
 		 159 aa  164  4e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2005  SsrA-binding protein  54.09 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141035 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1203  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 147 aa  163  6.9999999999999995e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.386062  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1456  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 150 aa  163  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  54.42 
 
 		 148 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1463  SsrA-binding protein  51.92 
 
 		 167 aa  162  1.0000000000000001e-39  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0677616  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2049  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 148 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0189824  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1455  SsrA-binding protein  52.2 
 
 		 159 aa  162  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000318181  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1365  SsrA-binding protein  53.74 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1301  SsrA-binding protein  53.74 
 
 		 148 aa  161  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.928696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2342  SsrA-binding protein  55.1 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.994349  normal  0.13276 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1756  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 149 aa  160  6e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.941289  normal  0.680146 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0526  SsrA-binding protein  51.72 
 
 		 150 aa  160  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.867775 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3972  SsrA-binding protein  50 
 
 		 159 aa  160  9e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.437148 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1532  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184904  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2558  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3280  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.234096  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1303  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.840826  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2435  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.335989  normal  0.0945366 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2412  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.579445  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2032  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17643  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>