More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1094 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1094  SsrA-binding protein  100 
 
 		 162 aa  332  1e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.146996  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1239  SsrA-binding protein  93.94 
 
 		 186 aa  315  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1473  SsrA-binding protein  82.5 
 
 		 163 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2854  SsrA-binding protein  82.5 
 
 		 163 aa  281  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2776  SsrA-binding protein  81.88 
 
 		 163 aa  280  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.336371 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2952  SsrA-binding protein  81.88 
 
 		 163 aa  280  8.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.754434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1229  SsrA-binding protein  80.98 
 
 		 163 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1298  SsrA-binding protein  80.37 
 
 		 163 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3052  SsrA-binding protein  80.37 
 
 		 163 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.110535 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1334  SsrA-binding protein  80.37 
 
 		 163 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1307  SsrA-binding protein  80.37 
 
 		 163 aa  261  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1282  SsrA-binding protein  74.03 
 
 		 164 aa  259  1e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0727299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1520  SsrA-binding protein  76.55 
 
 		 164 aa  251  2.0000000000000002e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0417834  hitchhiker  0.000500018 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1407  SsrA-binding protein  75.86 
 
 		 164 aa  250  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1268  SsrA-binding protein  73.65 
 
 		 163 aa  246  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.745549  normal  0.12571 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2388  SsrA-binding protein  71.52 
 
 		 160 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.255434 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0959  SsrA-binding protein  64.33 
 
 		 160 aa  209  9e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2893  SsrA-binding protein  63.06 
 
 		 160 aa  207  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202401  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2980  SsrA-binding protein  63.06 
 
 		 164 aa  207  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.634619  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1372  SsrA-binding protein  63.06 
 
 		 164 aa  207  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000169274  normal  0.0258325 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0724  SsrA-binding protein  63.69 
 
 		 160 aa  207  5e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3690  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  206  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0581968  normal  0.17427 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3302  SsrA-binding protein  62.42 
 
 		 160 aa  203  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3222  SsrA-binding protein  61.15 
 
 		 160 aa  201  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02508  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0844393  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1055  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3860  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0583942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2772  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.114696  normal  0.13195 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1064  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.356681  normal  0.744572 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2778  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000718154  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02472  hypothetical protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.110756  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3009  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0117126  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2904  SsrA-binding protein  60.51 
 
 		 160 aa  199  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.386686  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1602  SsrA-binding protein  55.7 
 
 		 161 aa  197  5e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.780272 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0473  SsrA-binding protein  60.26 
 
 		 160 aa  197  7e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1739  SsrA-binding protein  58.97 
 
 		 158 aa  195  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2833  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0494582  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2883  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.195745 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2903  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.70343 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2901  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3015  SsrA-binding protein  59.87 
 
 		 175 aa  193  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3100  SsrA-binding protein  59.24 
 
 		 168 aa  192  2e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.920357  normal  0.213677 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3829  SsrA-binding protein  58.62 
 
 		 162 aa  187  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.341865  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01124  SsrA-binding protein  56.96 
 
 		 161 aa  187  4e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0374  SsrA-binding protein  58.23 
 
 		 161 aa  187  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004300  tmRNA-binding protein SmpB  56.33 
 
 		 161 aa  186  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1590  SsrA-binding protein  56.25 
 
 		 167 aa  185  2e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  56.05 
 
 		 157 aa  183  8e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2479  SsrA-binding protein  54.43 
 
 		 161 aa  182  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0209136  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2055  SsrA-binding protein  54.9 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01809  SsrA-binding protein  55.56 
 
 		 159 aa  181  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00252244  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2898  SsrA-binding protein  56.96 
 
 		 156 aa  180  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2751  SsrA-binding protein  56.96 
 
 		 156 aa  180  9.000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  54.14 
 
 		 157 aa  178  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1909  SsrA-binding protein  54.19 
 
 		 160 aa  177  7e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1409  SsrA-binding protein  54.49 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1463  SsrA-binding protein  52.5 
 
 		 167 aa  173  7e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0677616  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1520  SsrA-binding protein  52.5 
 
 		 167 aa  173  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3370  SsrA-binding protein  55.84 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0666937  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3101  SsrA-binding protein  54.49 
 
 		 157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2005  SsrA-binding protein  58.16 
 
 		 185 aa  167  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0231332  normal  0.713632 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1426  SsrA-binding protein  55.1 
 
 		 150 aa  167  5e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2436  SsrA-binding protein  58.33 
 
 		 149 aa  167  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1485  SsrA-binding protein  51.39 
 
 		 165 aa  166  9e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.352503  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0454  SsrA-binding protein  51.7 
 
 		 153 aa  166  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00020171 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1861  SsrA-binding protein  55.86 
 
 		 150 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.706787  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1756  SsrA-binding protein  55.86 
 
 		 149 aa  165  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.941289  normal  0.680146 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0277  SsrA-binding protein  51.7 
 
 		 153 aa  166  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01177  SsrA-binding protein  49.38 
 
 		 167 aa  165  2.9999999999999998e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.130797  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1256  SsrA-binding protein  55.26 
 
 		 157 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0547561  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2552  SsrA-binding protein  55.26 
 
 		 157 aa  164  5.9999999999999996e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446859 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5488  SsrA-binding protein  52.53 
 
 		 159 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63060  SsrA-binding protein  52.53 
 
 		 159 aa  163  9e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.976463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1203  SsrA-binding protein  54.48 
 
 		 147 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.386062  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1456  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 150 aa  163  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.342768 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2757  SsrA-binding protein  54.61 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1616  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 155 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.823656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1530  SsrA-binding protein  49.36 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0526  SsrA-binding protein  53.06 
 
 		 150 aa  161  4.0000000000000004e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.867775 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3374  SsrA-binding protein  55.48 
 
 		 157 aa  161  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0325  SsrA-binding protein  51.59 
 
 		 158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.678014 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0358  SsrA-binding protein  51.59 
 
 		 158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2057  SsrA-binding protein  52.41 
 
 		 154 aa  160  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00464392 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2467  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.838466  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1424  SsrA-binding protein  54.11 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0442544  hitchhiker  0.00854817 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1532  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184904  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2558  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.401109  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3280  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.234096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2412  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.579445  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2032  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.17643  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1303  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.840826  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2049  SsrA-binding protein  55.17 
 
 		 148 aa  160  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0189824  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1145  SsrA-binding protein  54.79 
 
 		 154 aa  160  8.000000000000001e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.533821  normal  0.478578 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3004  SsrA-binding protein  51.97 
 
 		 173 aa  160  9e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.034117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2627  SsrA-binding protein  54.48 
 
 		 148 aa  159  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3632  SsrA-binding protein  52.94 
 
 		 173 aa  159  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.865786 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1301  SsrA-binding protein  53.42 
 
 		 148 aa  159  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.928696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4734  SsrA-binding protein  50.94 
 
 		 160 aa  158  3e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.683241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5309  SsrA-binding protein  54.48 
 
 		 148 aa  158  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0732663  normal  0.134188 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3903  SsrA-binding protein  51.32 
 
 		 157 aa  157  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0606215 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>