More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5089 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5089  cysteine desulfurase NifS  100 
 
 		 410 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0981  aminotransferase, class V  86.22 
 
 		 407 aa  679    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1085  aminotransferase, class V  85.46 
 
 		 407 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4451  aminotransferase, class V  73.47 
 
 		 397 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0108  aminotransferase class V  63.16 
 
 		 400 aa  497  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.702313 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1558  cysteine desulfurase NifS  62.92 
 
 		 400 aa  498  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0572612  normal  0.890663 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3581  cysteine desulfurase NifS  63.92 
 
 		 404 aa  483  1e-135  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.157563  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3620  cysteine desulfurase NifS  64.58 
 
 		 400 aa  481  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.190149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1515  aminotransferase, class V:aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  57.58 
 
 		 404 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.894831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1507  cysteine desulfurase  58.03 
 
 		 402 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1225  cysteine desulfurase NifS  57.92 
 
 		 397 aa  456  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000944956 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01630  Nitrogen fixation cysteine desulfurase, nifS  56.33 
 
 		 402 aa  450  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5907  cysteine desulfurase  62.02 
 
 		 404 aa  442  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469117  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1257  aminotransferase, class V  59.48 
 
 		 387 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2182  aminotransferase, class V  59.74 
 
 		 388 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.186921 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0530  cysteine desulfurase  60 
 
 		 387 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.103474  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2683  aminotransferase, class V  56.43 
 
 		 393 aa  435  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0397114 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1833  aminotransferase, class V  56.28 
 
 		 389 aa  429  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0175075  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2659  cysteine desulfurase NifS  54.48 
 
 		 404 aa  425  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.614192 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3914  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  52.71 
 
 		 400 aa  421  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1075  cysteine desulfurase NifS  55.12 
 
 		 384 aa  415  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2362  cysteine desulfurase NifS  54.66 
 
 		 399 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1783  cysteine desulfurase NifS  54.9 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1811  cysteine desulfurase NifS  54.9 
 
 		 401 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2015  aminotransferase, class V  56.02 
 
 		 391 aa  414  1e-114  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0118596  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1356  cysteine desulfurase NifS  51.03 
 
 		 402 aa  412  1e-114  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4134  aminotransferase, class V  53.37 
 
 		 400 aa  414  1e-114  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0486971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2122  cysteine desulfurase NifS  54.38 
 
 		 401 aa  408  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.31758 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2011  cysteine desulfurase  54.95 
 
 		 391 aa  409  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.079673  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0504  cysteine desulfurase NifS  52.96 
 
 		 402 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0050  cysteine desulfurase  53.39 
 
 		 407 aa  410  1e-113  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0992  cysteine desulfurase  53.91 
 
 		 391 aa  409  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00026474  normal  0.256714 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3079  cysteine desulfurase  53.73 
 
 		 396 aa  409  1e-113  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1607  cysteine desulfurase NifS  56.28 
 
 		 388 aa  411  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.76832  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0437  cysteine desulfurase NifS  51.17 
 
 		 386 aa  405  1.0000000000000001e-112  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.361233 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1569  cysteine desulfurase NifS  54.71 
 
 		 389 aa  404  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00349258  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2647  cysteine desulfurase NifS  54.45 
 
 		 389 aa  402  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00311085 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4245  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  51.38 
 
 		 398 aa  400  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2296  aminotransferase, class V  54.86 
 
 		 394 aa  400  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0100  cysteine desulfurase NifS  51.71 
 
 		 400 aa  375  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.873822 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2125  aminotransferase, class V  47.61 
 
 		 398 aa  370  1e-101  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.573036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1164  cysteine desulfurase  48.17 
 
 		 384 aa  367  1e-100  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3581  cysteine desulfurase NifS  47.66 
 
 		 400 aa  364  1e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.345313  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08880  aminotransferase class V  49.87 
 
 		 392 aa  361  1e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.80371e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1860  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  46.58 
 
 		 396 aa  360  2e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140569  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0772  cysteine desulfurase  47.63 
 
 		 384 aa  360  2e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1914  aminotransferase, class V  49.48 
 
 		 399 aa  360  2e-98  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1837  cysteine desulfurase NifS  48.7 
 
 		 396 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0935929 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2213  aminotransferase, class V  46.75 
 
 		 398 aa  355  6.999999999999999e-97  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.506383 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3884  aminotransferase class V  48.19 
 
 		 398 aa  353  4e-96  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00981578  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1714  cysteine desulfurase NifS  46.48 
 
 		 394 aa  351  1e-95  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000384465  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0403  aminotransferase class V  50.53 
 
 		 378 aa  351  1e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0207  cysteine desulfurase NifS  47 
 
 		 388 aa  351  1e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000531678  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1652  aminotransferase, class V  45.43 
 
 		 392 aa  347  3e-94  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.143138  hitchhiker  0.00767612 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0720  aminotransferase, class V  45.95 
 
 		 394 aa  345  6e-94  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00090765  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2907  cysteine desulfurase NifS  46.63 
 
 		 398 aa  345  8e-94  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000201074  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0266  hypothetical protein  46.21 
 
 		 393 aa  344  2e-93  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.423514  normal  0.267621 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1939  aminotransferase class V  48.19 
 
 		 388 aa  343  5e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024706 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0688  cysteine desulfurase NifS  46.21 
 
 		 388 aa  341  1e-92  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0297222  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3201  cysteine desulphurase  45.45 
 
 		 396 aa  339  4e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11568  normal  0.0184494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2275  aminotransferase, class V  48.29 
 
 		 386 aa  339  5e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2424  cysteine desulphurase  46.6 
 
 		 404 aa  338  7e-92  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2039  cysteine desulfurase  44.68 
 
 		 398 aa  338  8e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1755  cysteine desulfurase  44.68 
 
 		 398 aa  338  8e-92  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00778501  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0302  cysteine desulfurase NifS  46.05 
 
 		 392 aa  338  9.999999999999999e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0467605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0764  aminotransferase, class V  43.22 
 
 		 414 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000561511  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0168  aminotransferase, class V  46.68 
 
 		 409 aa  334  2e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925051 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2274  cysteine desulfurase NifS  45.13 
 
 		 402 aa  333  2e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.363972  hitchhiker  0.00000604426 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1493  aminotransferase, class V  47.23 
 
 		 379 aa  332  5e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0268467  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2431  aminotransferase, class V  48.43 
 
 		 390 aa  330  3e-89  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0872  aminotransferase, class V  45.91 
 
 		 382 aa  327  3e-88  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1932  cysteine desulfurase NifS  45.17 
 
 		 393 aa  326  6e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000108248  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2570  cysteine desulfurase  47.09 
 
 		 394 aa  323  3e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0423  cysteine desulfurase NifS  42.18 
 
 		 403 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0763464  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0173  aminotransferase class V  42.78 
 
 		 382 aa  320  3e-86  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2154  cysteine desulfurase, NifS family  44.24 
 
 		 396 aa  319  5e-86  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0484  aminotransferase, class V  44.82 
 
 		 417 aa  318  1e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0750137  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1343  aminotransferase class V  44.24 
 
 		 389 aa  316  5e-85  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0719  cysteine desulfurase NifS  44.76 
 
 		 394 aa  315  7e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1068  aminotransferase, class V  48.45 
 
 		 393 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0344653  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4262  aminotransferase class V  46.68 
 
 		 395 aa  313  2.9999999999999996e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3063  aminotransferase, class V  46.28 
 
 		 383 aa  313  3.9999999999999997e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0588987  unclonable  0.000000817205 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2008  aminotransferase, class V  42.71 
 
 		 404 aa  312  4.999999999999999e-84  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.475663  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2002  aminotransferase class V  43.15 
 
 		 401 aa  312  7.999999999999999e-84  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.557544 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_70  aminotransferase, class V  45.03 
 
 		 383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0248  cysteine desulfurase  45.03 
 
 		 383 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0166722  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0229  Cysteine desulfurase  44.3 
 
 		 405 aa  306  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0206  IscS protein  41.21 
 
 		 397 aa  305  8.000000000000001e-82  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.264012  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2498  aminotransferase class V  44.07 
 
 		 381 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0235  IscS protein  40.85 
 
 		 398 aa  303  5.000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1297  aminotransferase class V  41.06 
 
 		 403 aa  302  7.000000000000001e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.216598  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1563  cysteine desulfurase IscS  42.23 
 
 		 403 aa  302  7.000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.353864 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1949  aminotransferase, class V  45.78 
 
 		 385 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000781244  normal  0.177382 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1770  NifS family cysteine desulfurase  43.46 
 
 		 396 aa  301  1e-80  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.406981  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4051  Cysteine desulfurase  44.39 
 
 		 380 aa  301  1e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0863916  normal  0.93961 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0872  cysteine desulfurase  46.72 
 
 		 380 aa  301  1e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0149083 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1163  NifS family cysteine desulfurase  43.72 
 
 		 396 aa  300  3e-80  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3109  aminotransferase class V  44.14 
 
 		 381 aa  300  4e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00030249  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1649  aminotransferase, class V  44.95 
 
 		 385 aa  299  6e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.251188  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0291  cysteine desulfurase  43.19 
 
 		 393 aa  298  2e-79  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>