255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4451 on replicon NC_007901
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007901  Rfer_4451  phage integrase  100 
 
 		 229 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5382  phage integrase  75.22 
 
 		 228 aa  345  5e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31221  hitchhiker  0.00239771 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5700  integrase family protein  50.45 
 
 		 226 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6742  integrase family protein  43.66 
 
 		 236 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4358  phage integrase family protein  30.56 
 
 		 221 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.436387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4571  integrase family protein  35.23 
 
 		 221 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624666  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0140  hypothetical protein  29.65 
 
 		 194 aa  85.9  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2812  integrase family protein  34.55 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0081  integrase family protein  30.28 
 
 		 189 aa  79  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0076  integrase family protein  29.77 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  34.03 
 
 		 188 aa  75.1  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  27.32 
 
 		 190 aa  74.7  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1839  phage integrase family protein  32.39 
 
 		 193 aa  73.2  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.637517  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0163  integrase family protein  27.18 
 
 		 189 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1689  phage integrase family protein  26.7 
 
 		 190 aa  66.6  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0347  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.7 
 
 		 307 aa  65.5  0.0000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.693124 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1075  integrase family protein  27.55 
 
 		 190 aa  65.1  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2063  phage integrase family protein  27.6 
 
 		 188 aa  63.9  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.668188  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.41 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  26.46 
 
 		 302 aa  61.2  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2245  hypothetical protein  32.43 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.468605 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  28.57 
 
 		 293 aa  59.7  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.36 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1457  integrase family protein  29.85 
 
 		 326 aa  59.3  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0967  integrase family protein  30.61 
 
 		 373 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  26.85 
 
 		 193 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2565  hypothetical protein  31.89 
 
 		 317 aa  56.2  0.0000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0890  tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.267893  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1565  phage integrase family protein  30.34 
 
 		 317 aa  55.8  0.0000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210846  normal  0.0264198 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  27.15 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0074  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.35 
 
 		 307 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1743  Phage integrase  24.08 
 
 		 270 aa  54.3  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3643  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1196  phage integrase  29.63 
 
 		 291 aa  55.1  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3524  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0843  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 309 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  24.77 
 
 		 294 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0663  tyrosine recombinase XerD  26.61 
 
 		 305 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3449  tyrosine recombinase XerD  27.57 
 
 		 300 aa  53.9  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3228  tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 300 aa  53.1  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.302685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2933  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.21 
 
 		 313 aa  53.1  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.83049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3331  tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 300 aa  53.5  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4114  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.18 
 
 		 322 aa  53.1  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  25.11 
 
 		 294 aa  52.8  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2473  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 306 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3087  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 306 aa  52.8  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1932  tyrosine recombinase XerD  30.5 
 
 		 310 aa  52.4  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.77 
 
 		 311 aa  52.4  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3104  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.54 
 
 		 306 aa  52  0.000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.494742 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  24.88 
 
 		 308 aa  52  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0534  site-specific recombinase IntIA  25 
 
 		 327 aa  51.2  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0795  tyrosine recombinase XerD  28.5 
 
 		 300 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0452  tyrosine recombinase XerC subunit  27.18 
 
 		 335 aa  51.2  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.577676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  27.89 
 
 		 299 aa  50.4  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4375  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.11 
 
 		 307 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  25.23 
 
 		 296 aa  50.8  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1220  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.96 
 
 		 330 aa  50.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  23.41 
 
 		 295 aa  50.1  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0950  integrase/recombinase XerD  28.04 
 
 		 300 aa  49.7  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.56 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0374572 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6437  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.51 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.798094 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002113  tyrosine recombinase XerC  26.76 
 
 		 310 aa  49.7  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  27.41 
 
 		 300 aa  49.3  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3133  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.56 
 
 		 306 aa  49.7  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.40751  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.94 
 
 		 298 aa  49.7  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0767  integrase family protein  29.31 
 
 		 371 aa  49.3  0.00005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0883457 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00307  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.98 
 
 		 313 aa  49.3  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  26.77 
 
 		 304 aa  49.3  0.00005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1030  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.09 
 
 		 307 aa  49.3  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  26.7 
 
 		 291 aa  49.3  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  25.65 
 
 		 307 aa  49.3  0.00005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3474  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.81 
 
 		 296 aa  49.3  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.486058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1520  tyrosine recombinase XerD  25.11 
 
 		 362 aa  48.9  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000383292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1025  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.99 
 
 		 298 aa  48.9  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  0.6007 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  21.56 
 
 		 307 aa  48.5  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2981  Tn4652, cointegrate resolution protein S  26.04 
 
 		 323 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0457753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  28.57 
 
 		 332 aa  48.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 		 297 aa  48.1  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  23.47 
 
 		 291 aa  47.8  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.98 
 
 		 330 aa  47.8  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0128  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.62 
 
 		 303 aa  48.1  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  32.66 
 
 		 313 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1159  integrase family protein  28.43 
 
 		 344 aa  47.8  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.226555 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2159  tyrosine recombinase XerD  28.86 
 
 		 311 aa  47.8  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.25 
 
 		 322 aa  47.8  0.0001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2391  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.5 
 
 		 311 aa  47  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2375  tyrosine recombinase XerD  26.37 
 
 		 324 aa  47.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.973456  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.07 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0977  integron integrase  26.47 
 
 		 329 aa  47.4  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.54 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  26.54 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>