More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0163 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_0163  integrase family protein  100 
 
 
189 aa  386  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0081  integrase family protein  86.24 
 
 
189 aa  335  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0076  integrase family protein  83.6 
 
 
189 aa  334  5.999999999999999e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2812  integrase family protein  49.21 
 
 
188 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0500  integrase family protein  48.68 
 
 
188 aa  187  5.999999999999999e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1839  phage integrase family protein  48.17 
 
 
193 aa  179  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.637517  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1689  phage integrase family protein  40.84 
 
 
190 aa  151  5e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2063  phage integrase family protein  42.33 
 
 
188 aa  150  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.668188  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2946  phage integrase family protein  38.42 
 
 
190 aa  144  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.329988 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1075  integrase family protein  41.97 
 
 
190 aa  138  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0140  hypothetical protein  41.4 
 
 
194 aa  135  3.0000000000000003e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4322  phage integrase family protein  37.11 
 
 
193 aa  121  7e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205034  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5700  integrase family protein  32.27 
 
 
226 aa  84.3  8e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6742  integrase family protein  29.82 
 
 
236 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5382  phage integrase  29.76 
 
 
228 aa  74.7  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.31221  hitchhiker  0.00239771 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  34.81 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4571  integrase family protein  27.49 
 
 
221 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624666  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4851  integrase family protein  29.48 
 
 
294 aa  70.5  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  35.56 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4451  phage integrase  27.18 
 
 
229 aa  69.7  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  35 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3701  integrase family protein  32.63 
 
 
392 aa  68.9  0.00000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1344  integrase family protein  29.79 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000678444  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2649  phage integrase family protein  34.48 
 
 
381 aa  67.8  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.833719 
 
 
-
 
NC_013168  Cyan8802_4647  integrase family protein  26.98 
 
 
223 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  30.38 
 
 
294 aa  65.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4358  phage integrase family protein  25.12 
 
 
221 aa  65.5  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.436387  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  28.42 
 
 
270 aa  65.1  0.0000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3189  integrase family protein  32.43 
 
 
345 aa  62.8  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000247196  hitchhiker  0.000000000920932 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0872  integrase family protein  29.34 
 
 
316 aa  62.8  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1390  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.48 
 
 
328 aa  62.4  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000179914  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0123  hypothetical protein  43.94 
 
 
71 aa  62  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0285  tyrosine recombinase XerC  28.49 
 
 
302 aa  61.2  0.000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1191  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.33 
 
 
313 aa  60.8  0.00000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.60628  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  32.26 
 
 
317 aa  60.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  31.01 
 
 
294 aa  59.7  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1732  integrase/recombinase XerD  27.46 
 
 
308 aa  60.1  0.00000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  27.12 
 
 
302 aa  60.1  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3550  integrase family protein  29.41 
 
 
324 aa  60.1  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.74971  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2334  phage integrase family protein  33.53 
 
 
322 aa  60.1  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00113164 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  29.03 
 
 
295 aa  60.5  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  27.12 
 
 
302 aa  59.7  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2346  tyrosine recombinase XerC  27.62 
 
 
302 aa  59.3  0.00000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.126195  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  24.86 
 
 
284 aa  59.7  0.00000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1225  integrase family protein  29.84 
 
 
301 aa  59.3  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.103765  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.46 
 
 
330 aa  59.7  0.00000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0470  tyrosine recombinase XerC  29.11 
 
 
293 aa  58.9  0.00000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.83 
 
 
290 aa  58.9  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0942  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.4 
 
 
315 aa  58.9  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  29.84 
 
 
302 aa  58.5  0.00000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0381  tyrosine recombinase XerD  24.86 
 
 
303 aa  58.5  0.00000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1228  hypothetical protein  29.08 
 
 
137 aa  57.8  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.505674  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1025  tyrosine recombinase XerD subunit  25.99 
 
 
302 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  31.85 
 
 
365 aa  57.4  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2702  site-specific recombinase  25.84 
 
 
299 aa  57  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3102  integrase family protein  28.74 
 
 
301 aa  57.4  0.0000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000184896  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  26.92 
 
 
322 aa  56.6  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.04 
 
 
314 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1916  site-specific tyrosine recombinase XerC  31.28 
 
 
315 aa  56.6  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.391518  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0602  site-specific tyrosine recombinase XerC  33.12 
 
 
324 aa  57  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00926796 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.33 
 
 
336 aa  56.6  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3042  tyrosine recombinase XerD subunit  29.75 
 
 
294 aa  56.6  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000138339  normal  0.959316 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  30.68 
 
 
308 aa  56.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4076  phage integrase  28.85 
 
 
298 aa  56.6  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  32.32 
 
 
305 aa  56.6  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  30.22 
 
 
317 aa  57  0.0000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  32.93 
 
 
305 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0712  integrase family protein  32.95 
 
 
285 aa  56.6  0.0000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00227312  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1844  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.73 
 
 
315 aa  56.2  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.104424  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.48 
 
 
302 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2107  integrase family protein  25.91 
 
 
217 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.26894 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4273  integrase family protein  25.91 
 
 
217 aa  55.5  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.42005  normal  0.068032 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0325  tyrosine recombinase XerC  26.8 
 
 
297 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0487  tyrosine recombinase XerC  28.07 
 
 
293 aa  55.1  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000269064 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 
342 aa  55.1  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.12 
 
 
277 aa  55.1  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  28.22 
 
 
313 aa  54.7  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  28.93 
 
 
321 aa  54.7  0.0000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3191  tyrosine recombinase XerD subunit  29.47 
 
 
300 aa  54.3  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 
302 aa  54.7  0.0000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  29.19 
 
 
308 aa  54.3  0.0000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  31.14 
 
 
313 aa  54.3  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  30.38 
 
 
304 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3587  integrase family protein  31.18 
 
 
304 aa  53.9  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  decreased coverage  0.00000000515843  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0489  tyrosine recombinase XerC  28.1 
 
 
299 aa  53.9  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5470  tyrosine recombinase XerD  24.48 
 
 
316 aa  53.9  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.602612  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.29 
 
 
297 aa  53.9  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1146  tyrosine recombinase XerD  30.3 
 
 
286 aa  53.9  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0238  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.72 
 
 
306 aa  53.9  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0625179  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.71 
 
 
300 aa  54.3  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  29.24 
 
 
402 aa  53.9  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3247  integrase/recombinase XerC  26.8 
 
 
296 aa  54.3  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4455  integrase family protein  31.58 
 
 
339 aa  53.9  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000000349863  hitchhiker  0.00111504 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3476  integrase family protein  29.1 
 
 
174 aa  53.5  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  29.67 
 
 
343 aa  53.5  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2739  integrase/recombinase XerD  32.72 
 
 
321 aa  53.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  26.75 
 
 
313 aa  53.1  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0818  tyrosine recombinase XerC  24.86 
 
 
296 aa  52.8  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.368613  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  30.77 
 
 
304 aa  52.8  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  29.55 
 
 
254 aa  52.8  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>