67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1436 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  100 
 
 		 298 aa  597  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  59.52 
 
 		 298 aa  298  8e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  57.81 
 
 		 337 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  54.69 
 
 		 279 aa  281  8.000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  52.9 
 
 		 295 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  54.3 
 
 		 295 aa  269  4e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  53.94 
 
 		 290 aa  265  7e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  52.11 
 
 		 306 aa  263  4e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  51.98 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  45.8 
 
 		 291 aa  258  1e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  50.42 
 
 		 288 aa  256  2e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  43.68 
 
 		 279 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  45.31 
 
 		 279 aa  253  3e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  45.98 
 
 		 304 aa  250  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  46.67 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  46.27 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  48.8 
 
 		 283 aa  246  4.9999999999999997e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  49.17 
 
 		 281 aa  245  8e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  47.26 
 
 		 311 aa  242  6e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  45.35 
 
 		 282 aa  242  7e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  45.7 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  45.31 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  45.7 
 
 		 309 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  45.35 
 
 		 309 aa  233  3e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  44.57 
 
 		 315 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  50.97 
 
 		 303 aa  228  9e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  49.21 
 
 		 375 aa  225  8e-58  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  48.81 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  40.67 
 
 		 317 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  40.88 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  38.11 
 
 		 284 aa  217  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  44.09 
 
 		 270 aa  215  8e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  42.52 
 
 		 279 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  37.37 
 
 		 282 aa  210  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  36.8 
 
 		 312 aa  209  4e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  41.63 
 
 		 302 aa  207  2e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  37.6 
 
 		 292 aa  205  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  46.44 
 
 		 282 aa  203  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  37.89 
 
 		 272 aa  201  9e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000250691  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  36.54 
 
 		 282 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  36.15 
 
 		 282 aa  199  3.9999999999999996e-50  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000183031  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  35.38 
 
 		 282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  36.65 
 
 		 275 aa  194  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  36.36 
 
 		 272 aa  192  6e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  35.83 
 
 		 271 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  36.11 
 
 		 266 aa  179  7e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  34.11 
 
 		 269 aa  178  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  34.22 
 
 		 275 aa  161  1e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  34.4 
 
 		 412 aa  66.2  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  32.8 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  31.06 
 
 		 437 aa  60.1  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 437 aa  59.7  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  25.18 
 
 		 306 aa  52.8  0.000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  44 
 
 		 831 aa  48.5  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  28.09 
 
 		 847 aa  47  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  26.46 
 
 		 833 aa  46.2  0.0007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  27.35 
 
 		 833 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  27.42 
 
 		 825 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  24.06 
 
 		 815 aa  44.3  0.002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  28.94 
 
 		 321 aa  43.9  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  29.57 
 
 		 847 aa  43.9  0.003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  27.47 
 
 		 833 aa  43.5  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  28.57 
 
 		 864 aa  43.5  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  29.07 
 
 		 684 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  29.33 
 
 		 852 aa  43.5  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.11 
 
 		 797 aa  42.7  0.008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  28.8 
 
 		 683 aa  42.4  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>