More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0016 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  419  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  49.52 
 
 		 197 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  51.78 
 
 		 194 aa  201  5e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 200 aa  198  3.9999999999999996e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 201 aa  195  3e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  52.85 
 
 		 194 aa  192  4e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  51.85 
 
 		 194 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 194 aa  188  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  48.51 
 
 		 200 aa  185  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 193 aa  184  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  48.19 
 
 		 196 aa  182  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  48.76 
 
 		 206 aa  181  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 206 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 206 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 206 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 206 aa  178  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  48.26 
 
 		 200 aa  178  4.999999999999999e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1493  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1058  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0974  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.543907  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2293  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 247 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.887651  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0527  TetR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.474473  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1702  TetR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  47.67 
 
 		 193 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 206 aa  172  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  48.98 
 
 		 196 aa  172  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  47.15 
 
 		 193 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  48.7 
 
 		 196 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 198 aa  165  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 198 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00036521 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 198 aa  164  5.9999999999999996e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  43.41 
 
 		 198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0272  TetR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0272  TetR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0264  TetR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0378  TetR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 202 aa  160  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4468  TetR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  42.5 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 206 aa  154  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  43.37 
 
 		 195 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 212 aa  151  5e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 199 aa  150  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  41.21 
 
 		 212 aa  149  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  43.15 
 
 		 222 aa  148  6e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  43.15 
 
 		 209 aa  147  7e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  43.15 
 
 		 209 aa  146  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 196 aa  144  8.000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  39.5 
 
 		 199 aa  134  7.000000000000001e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 199 aa  134  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  39.5 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  40.5 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 199 aa  133  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  39.5 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 199 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  38.5 
 
 		 199 aa  132  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 199 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 199 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 199 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  38.78 
 
 		 199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  34.72 
 
 		 190 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.23 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  39.23 
 
 		 171 aa  116  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 212 aa  99.4  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 196 aa  97.8  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  96.7  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 186 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  30.88 
 
 		 198 aa  94.7  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 212 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 186 aa  94.4  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 		 192 aa  94.4  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 210 aa  93.6  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 191 aa  92.4  5e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 176 aa  91.7  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 211 aa  89.4  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 213 aa  88.2  7e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 196 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  31.22 
 
 		 193 aa  87  2e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  31.05 
 
 		 209 aa  85.5  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  32.76 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  30.94 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 215 aa  80.9  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  32.79 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  29.63 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 202 aa  78.6  0.00000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 190 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 200 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>