More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4080 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3720  AMP-dependent synthetase and ligase  93.05 
 
 		 518 aa  976    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.189603  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4080  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 518 aa  1061    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal  0.161644 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3816  AMP-dependent synthetase and ligase  91.7 
 
 		 518 aa  973    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0163789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4691  AMP-dependent synthetase and ligase  60.04 
 
 		 502 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3993  AMP-dependent synthetase and ligase  54.96 
 
 		 524 aa  554  1e-156  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.968795  normal  0.880097 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  53.65 
 
 		 520 aa  550  1e-155  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5827  AMP-dependent synthetase and ligase  51.25 
 
 		 518 aa  538  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.671788  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3747  AMP-dependent synthetase and ligase  53.09 
 
 		 514 aa  537  1e-151  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  51.26 
 
 		 516 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1538  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 		 515 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1515  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 		 515 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  decreased coverage  0.00288915  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  48.55 
 
 		 515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1595  AMP-dependent synthetase and ligase  50.86 
 
 		 519 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4758  AMP-dependent synthetase and ligase  49.71 
 
 		 518 aa  510  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1133  AMP-dependent synthetase and ligase  50.38 
 
 		 518 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.508244  normal  0.50206 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0661  AMP-binding enzyme family protein  46.35 
 
 		 520 aa  490  1e-137  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  47.01 
 
 		 520 aa  464  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1367  AMP-dependent synthetase and ligase  43.95 
 
 		 502 aa  404  1e-111  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.439129  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  42.66 
 
 		 500 aa  362  1e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  40.46 
 
 		 520 aa  348  1e-94  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.04 
 
 		 525 aa  345  8.999999999999999e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  41.03 
 
 		 520 aa  342  7e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3600  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.86 
 
 		 525 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.887287  normal  0.975846 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1605  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 526 aa  340  4e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1964  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.75 
 
 		 525 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132088  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.81 
 
 		 526 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.28 
 
 		 526 aa  333  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1676  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.26 
 
 		 526 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  39.11 
 
 		 503 aa  330  4e-89  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1868  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.8 
 
 		 525 aa  329  9e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.205754 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.4 
 
 		 525 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24744  normal  0.25513 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 523 aa  327  3e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1488  AMP-dependent synthetase and ligase  39.8 
 
 		 525 aa  326  8.000000000000001e-88  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0982209  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.16 
 
 		 519 aa  323  4e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  38.32 
 
 		 511 aa  321  1.9999999999999998e-86  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3819  O-succinylbenzoate-CoA ligase  39.89 
 
 		 529 aa  321  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 509 aa  319  7e-86  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 509 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.615245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  39.49 
 
 		 518 aa  313  2.9999999999999996e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.69 
 
 		 512 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.67 
 
 		 530 aa  313  3.9999999999999997e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 		 1043 aa  313  5.999999999999999e-84  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 521 aa  313  6.999999999999999e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.87 
 
 		 527 aa  311  2e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  35.01 
 
 		 531 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5309  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5034  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5826  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4181  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 527 aa  307  3e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3890  AMP-dependent synthetase and ligase  36.93 
 
 		 517 aa  307  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0529507  normal  0.227811 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1837  AMP-dependent synthetase and ligase  37.24 
 
 		 518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.963932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 530 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4353  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 517 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  38.66 
 
 		 521 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 515 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5942  AMP-dependent synthetase and ligase  37.4 
 
 		 516 aa  302  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.050377 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1604  AMP-dependent synthetase and ligase  38.36 
 
 		 540 aa  302  1e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.83 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.83 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.83 
 
 		 517 aa  301  2e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5944  AMP-dependent synthetase and ligase  37.48 
 
 		 532 aa  301  3e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420174  normal  0.713256 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  37.07 
 
 		 520 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2485  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 534 aa  296  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4902  AMP-dependent synthetase and ligase  39.44 
 
 		 501 aa  296  6e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0285071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6394  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 517 aa  296  9e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178832  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3704  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 515 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0990866  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2038  long-chain-fatty-acid--CoA ligase, putative  35.11 
 
 		 565 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1724  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 515 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0701995  normal  0.167784 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0843  acyl-CoA synthetase  36.71 
 
 		 513 aa  295  2e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.333452  normal  0.193709 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  36.02 
 
 		 525 aa  295  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0642  acyl-CoA synthetase  36.45 
 
 		 529 aa  294  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.95301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0714  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.34 
 
 		 579 aa  294  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0972  acyl-CoA synthetase  36.77 
 
 		 502 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.534904 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0115  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 		 556 aa  292  8e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0124  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 		 556 aa  292  8e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.514213  normal  0.109541 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0105  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.71 
 
 		 556 aa  292  1e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.356608  normal  0.265858 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10167  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.69 
 
 		 554 aa  292  1e-77  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2662  acyl-CoA synthetase  38.53 
 
 		 521 aa  292  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0929684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4181  acyl-CoA synthetase  37.15 
 
 		 522 aa  292  1e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.273498 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0131  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.36 
 
 		 570 aa  291  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6078  AMP-dependent synthetase and ligase  36.82 
 
 		 553 aa  291  2e-77  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.225727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2990  acyl-CoA synthetase  38.91 
 
 		 521 aa  291  3e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.475631  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 520 aa  290  3e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  36.29 
 
 		 520 aa  289  8e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0300  acyl-CoA synthetase  35.9 
 
 		 537 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0309  acyl-CoA synthetase  35.9 
 
 		 537 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0319  acyl-CoA synthetase  35.9 
 
 		 537 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.43856 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1909  acyl-CoA synthetase  37.14 
 
 		 521 aa  288  2e-76  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2377  AMP-dependent synthetase and ligase  37.16 
 
 		 530 aa  287  2e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.581612  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  36.52 
 
 		 523 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1666  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 518 aa  287  2.9999999999999996e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.144653  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0411  acyl-CoA synthetase  36.24 
 
 		 522 aa  286  5.999999999999999e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4684  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 526 aa  285  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  36.66 
 
 		 499 aa  285  2.0000000000000002e-75  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2819  acyl-CoA synthetase  36.58 
 
 		 529 aa  285  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.427573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0894  acyl-CoA synthetase  35.81 
 
 		 520 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.493906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1225  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.87 
 
 		 519 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.399435  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2438  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 512 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2745  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 519 aa  283  7.000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000193004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 519 aa  283  7.000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>