More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2844 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.65 
 
 
246 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.34353  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.24 
 
 
246 aa  460  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.28 
 
 
246 aa  276  3e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.44 
 
 
248 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
247 aa  229  3e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
248 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.02 
 
 
248 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.22 
 
 
252 aa  228  6e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
250 aa  227  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
248 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.883232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  47.98 
 
 
248 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.58 
 
 
248 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689066  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
250 aa  223  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
250 aa  219  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
265 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.59 
 
 
249 aa  214  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
248 aa  214  8e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
250 aa  211  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
249 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.49 
 
 
249 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.96 
 
 
248 aa  206  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.925789  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
253 aa  206  3e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 
247 aa  204  9e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00674966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
248 aa  204  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.75 
 
 
250 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.649424  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
249 aa  201  8e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0118382  normal  0.366144 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.18 
 
 
250 aa  200  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1028  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  41.57 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.242243  normal  0.177071 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
224 aa  191  1e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0296  putative short-chain dehydrogenase/reductase  45.71 
 
 
250 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523489  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
247 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
247 aa  181  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0850209 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
252 aa  178  5.999999999999999e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.77 
 
 
226 aa  176  4e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
252 aa  175  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.64 
 
 
252 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196327  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
247 aa  171  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
257 aa  163  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.87 
 
 
250 aa  162  4.0000000000000004e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.89 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2719  putative 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein)reductase  37.55 
 
 
248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114569  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.99 
 
 
224 aa  162  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.36301  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
248 aa  161  9e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  40.16 
 
 
247 aa  160  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.56 
 
 
251 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
245 aa  159  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
251 aa  159  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.549634  normal  0.5275 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.56 
 
 
252 aa  159  5e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  39.26 
 
 
247 aa  158  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
253 aa  158  7e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.08 
 
 
241 aa  157  1e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
251 aa  157  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.56 
 
 
244 aa  156  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  156  3e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
246 aa  156  3e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
259 aa  155  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
253 aa  155  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.55 
 
 
264 aa  154  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
257 aa  154  9e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  37.96 
 
 
261 aa  154  9e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.44 
 
 
250 aa  154  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.85 
 
 
250 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.75 
 
 
249 aa  154  1e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.41 
 
 
267 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.755357  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  39.22 
 
 
259 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.07 
 
 
245 aa  154  2e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.11 
 
 
250 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.86 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3668  acetoacetyl-CoA reductase  39.18 
 
 
242 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.814536  normal  0.461474 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.85 
 
 
250 aa  153  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3531  putative short-chain dehydrogenase  38.52 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.138901  normal  0.0443196 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
247 aa  152  4e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.02 
 
 
252 aa  152  4e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.45 
 
 
247 aa  152  5e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.27 
 
 
246 aa  152  5e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
254 aa  152  5e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.8 
 
 
251 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  40 
 
 
277 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
247 aa  151  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5119  acetoacetyl-CoA reductase  38.37 
 
 
242 aa  151  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.28454  normal  0.417051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  151  8e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  151  8e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  151  8e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
248 aa  151  8.999999999999999e-36  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.1 
 
 
251 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2085  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.8 
 
 
245 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.514176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3778  acetoacetyl-CoA reductase  38.78 
 
 
242 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.576302  normal  0.884276 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.35 
 
 
261 aa  150  2e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
254 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.79 
 
 
254 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3449  acetoacetyl-CoA reductase  38 
 
 
248 aa  150  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0871838  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
245 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
247 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  39.11 
 
 
255 aa  150  2e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>