More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2199 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.34353  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.28 
 
 
246 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.65 
 
 
246 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.07 
 
 
246 aa  273  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
248 aa  237  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
247 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
250 aa  226  3e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
248 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.24 
 
 
248 aa  223  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.37 
 
 
250 aa  221  8e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
250 aa  217  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  48.15 
 
 
248 aa  217  2e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
250 aa  216  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
252 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
249 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
248 aa  212  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.883232 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.62 
 
 
248 aa  212  3.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.925789  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
249 aa  210  1e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.31 
 
 
248 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689066  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
265 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.9 
 
 
249 aa  208  6e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.93 
 
 
248 aa  206  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.48 
 
 
249 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0118382  normal  0.366144 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
250 aa  201  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.649424  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
247 aa  201  7e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00674966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
248 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1028  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  44.9 
 
 
250 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.242243  normal  0.177071 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
253 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0296  putative short-chain dehydrogenase/reductase  44.53 
 
 
250 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523489  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.03 
 
 
224 aa  181  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
252 aa  181  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
252 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
247 aa  175  5e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0850209 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.93 
 
 
226 aa  170  2e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
252 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196327  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.87 
 
 
247 aa  170  2e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.51 
 
 
246 aa  166  4e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2719  putative 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein)reductase  38.31 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114569  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.31 
 
 
250 aa  159  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
245 aa  158  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 
241 aa  158  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
259 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
257 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.94 
 
 
253 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
250 aa  155  4e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  39.53 
 
 
261 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  39.76 
 
 
250 aa  155  8e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
250 aa  154  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  39.76 
 
 
250 aa  154  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
251 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.549634  normal  0.5275 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
267 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.755357  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.37 
 
 
251 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  39.52 
 
 
257 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.44 
 
 
224 aa  154  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.36301  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  38.75 
 
 
247 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.22 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.78 
 
 
245 aa  152  4e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
257 aa  152  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
251 aa  152  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.33 
 
 
264 aa  152  5e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
254 aa  151  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4514  acetoacetyl-CoA reductase  39.09 
 
 
241 aa  151  8.999999999999999e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.55 
 
 
246 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.11 
 
 
250 aa  150  1e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
250 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.51 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.2 
 
 
251 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
250 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
253 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
254 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
247 aa  149  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.84 
 
 
249 aa  149  4e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
246 aa  149  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00282314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2079  short chain dehydrogenase  40.8 
 
 
255 aa  149  4e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.95 
 
 
247 aa  149  5e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  148  6e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.7 
 
 
247 aa  149  6e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.1 
 
 
246 aa  148  6e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
250 aa  149  6e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00209821  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
247 aa  149  6e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
248 aa  149  6e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1800  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  37.19 
 
 
250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>