More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3040 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  503  1e-141  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0850209 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.49 
 
 
247 aa  377  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.34 
 
 
250 aa  206  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
252 aa  205  4e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196327  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.06 
 
 
250 aa  204  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.43 
 
 
250 aa  201  9e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1028  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  46.59 
 
 
250 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.242243  normal  0.177071 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
248 aa  198  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
248 aa  198  7e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.51 
 
 
248 aa  198  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.78 
 
 
250 aa  196  3e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
248 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.75 
 
 
253 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
250 aa  188  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.649424  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
249 aa  187  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  46.5 
 
 
248 aa  186  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
247 aa  185  6e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00674966  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
248 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689066  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
246 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.98 
 
 
224 aa  182  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
246 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 
246 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582214  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.05 
 
 
248 aa  179  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.883232 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
249 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.58 
 
 
249 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0118382  normal  0.366144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
265 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
246 aa  175  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.34353  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
249 aa  175  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.57 
 
 
226 aa  169  4e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 
247 aa  168  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
250 aa  168  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.76 
 
 
252 aa  167  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
248 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.925789  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.44 
 
 
224 aa  159  3e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.36301  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.25 
 
 
247 aa  159  4e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.27 
 
 
244 aa  157  1e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
252 aa  156  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0296  putative short-chain dehydrogenase/reductase  39.02 
 
 
250 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523489  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
245 aa  156  3e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.679351  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0934  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.71 
 
 
247 aa  155  7e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00491532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3314  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
259 aa  154  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3563  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
246 aa  154  1e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0125613 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
246 aa  153  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3264  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
246 aa  153  2e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  153  2e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
245 aa  154  2e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.96 
 
 
250 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3258  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  152  4e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.266771  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
246 aa  152  4e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.89 
 
 
246 aa  152  5e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.33 
 
 
239 aa  152  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
246 aa  151  8.999999999999999e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3349  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.06131  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
246 aa  150  1e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.767339  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1601  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.84 
 
 
246 aa  149  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0250629  normal  0.870822 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
248 aa  150  3e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.43 
 
 
249 aa  149  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.98 
 
 
246 aa  149  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.63 
 
 
247 aa  148  6e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3580  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  149  6e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.29 
 
 
248 aa  149  6e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.25 
 
 
252 aa  149  6e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 
246 aa  148  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
245 aa  148  8e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3570  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  148  8e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.63 
 
 
249 aa  148  8e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1654  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  148  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0676994 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
246 aa  148  9e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3663  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1326  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
246 aa  147  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.1 
 
 
249 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
257 aa  146  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
263 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1526  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.9 
 
 
249 aa  146  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3818  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.4 
 
 
245 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0470155 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  35.04 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
263 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1428  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.4 
 
 
254 aa  145  4.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.493611  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
263 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0532  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2851  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.238755  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2905  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.901799  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2477  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.03 
 
 
249 aa  145  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>