More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2858 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2614  vgrG protein  69.63 
 
 		 722 aa  988    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110775 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3386  vgrG protein  74.61 
 
 		 725 aa  1069    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.160309  normal  0.824381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4049  vgrG protein  69.27 
 
 		 771 aa  884    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.253476  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2557  type VI secretion system Vgr family protein  84.17 
 
 		 726 aa  1202    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.482945  normal  0.0643046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2858  type VI secretion system Vgr family protein  100 
 
 		 692 aa  1434    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.374803  normal  0.207801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2371  Rhs element Vgr protein  74.61 
 
 		 725 aa  1070    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2117  Rhs element Vgr protein  68.19 
 
 		 722 aa  966    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3234  type VI secretion system Vgr family protein  67.05 
 
 		 722 aa  950    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03220  hypothetical protein  53.06 
 
 		 1019 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000195826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44900  hypothetical protein  53.06 
 
 		 842 aa  546  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0151345  normal  0.422437 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1248  hypothetical protein  53.45 
 
 		 1019 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.60494  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3238  type VI secretion system Vgr family protein  39.16 
 
 		 678 aa  491  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2825  type VI secretion system Vgr family protein  38.85 
 
 		 678 aa  491  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0696  putative VgrG protein  38.91 
 
 		 741 aa  487  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0764  type VI secretion system Vgr family protein  39.97 
 
 		 741 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1502  type VI secretion system Vgr family protein  40.48 
 
 		 617 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2559  type VI secretion system Vgr family protein  41.04 
 
 		 618 aa  484  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2513  type VI secretion system Vgr family protein  38.12 
 
 		 682 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0418  type VI secretion system Vgr family protein  40.48 
 
 		 617 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1162  type VI secretion system Vgr family protein  40.15 
 
 		 617 aa  483  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.754803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0401  type VI secretion system Vgr family protein  39.02 
 
 		 740 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0328  Rhs element Vgr protein  39.02 
 
 		 740 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0648  type VI secretion system Vgr family protein  41.55 
 
 		 609 aa  477  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1607  type VI secretion system Vgr family protein  43.63 
 
 		 616 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2188  type VI secretion system Vgr family protein  39.46 
 
 		 656 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.33539  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2696  type VI secretion system Vgr family protein  42.23 
 
 		 615 aa  467  9.999999999999999e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.187576  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0053  type VI secretion system Vgr family protein  44.25 
 
 		 617 aa  468  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0339  putative VgrG protein  43.44 
 
 		 732 aa  458  1e-127  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0345  type VI secretion system Vgr family protein  41.88 
 
 		 619 aa  458  1e-127  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1155  type VI secretion system Vgr family protein  39.07 
 
 		 706 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0542625  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4257  type VI secretion system Vgr family protein  38.82 
 
 		 610 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3454  type VI secretion system Vgr family protein  38.7 
 
 		 655 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0115  vgrG protein  39.08 
 
 		 694 aa  442  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1026  vgrG protein  38.6 
 
 		 1095 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0014  vgrG protein  38.49 
 
 		 1017 aa  432  1e-119  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3533  type VI secretion system Vgr family protein  41.35 
 
 		 725 aa  431  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1234  Vgr family type VI secretion system  36.57 
 
 		 704 aa  426  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.270466 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1114  type VI secretion system Vgr family protein  36.56 
 
 		 713 aa  424  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2151  Rhs element Vgr protein  39.07 
 
 		 706 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2579  Rhs element Vgr protein  38.44 
 
 		 687 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0472026  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3719  Rhs element Vgr protein  38 
 
 		 723 aa  413  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.331309  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2572  Rhs element Vgr protein  38.44 
 
 		 687 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0544876  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2565  Rhs element Vgr protein  38.44 
 
 		 687 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.125293  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1183  Rhs element Vgr protein  38.08 
 
 		 694 aa  409  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1194  Rhs element Vgr protein  39.86 
 
 		 655 aa  408  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1212  Rhs element Vgr protein  38.81 
 
 		 699 aa  408  1.0000000000000001e-112  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0245  type VI secretion system Vgr family protein  35.92 
 
 		 713 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1638  type VI secretion system Vgr family protein  35.85 
 
 		 702 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674786  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2064  type VI secretion system Vgr family protein  35.65 
 
 		 702 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.201838  normal  0.0713545 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2202  type VI secretion system Vgr family protein  36 
 
 		 702 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0264417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0251  type VI secretion system Vgr family protein  36.07 
 
 		 713 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.830075 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0243  type VI secretion system Vgr family protein  35.77 
 
 		 713 aa  398  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0587  type VI secretion system Vgr family protein  38.16 
 
 		 633 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000448  VgrG protein  32.48 
 
 		 692 aa  373  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000107078  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0616  type VI secretion system Vgr family protein  38.16 
 
 		 633 aa  375  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0499415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3077  type VI secretion system Vgr family protein  38.22 
 
 		 633 aa  375  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05870  hypothetical protein  31.69 
 
 		 692 aa  371  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0649  type VI secretion system Vgr family protein  38.21 
 
 		 633 aa  369  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.823903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1145  Rhs element Vgr protein  36.34 
 
 		 706 aa  368  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0650  Rhs element Vgr protein  35.17 
 
 		 727 aa  366  1e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0732792  normal  0.0253872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0838  Rhs element Vgr protein  35.56 
 
 		 697 aa  365  1e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1358  VgrG preotein, VgrG-2  34.41 
 
 		 754 aa  365  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011311  VSAL_p840_36  VgrG protein, VgrG-2  35.06 
 
 		 754 aa  362  1e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5436  Rhs element Vgr protein  34.23 
 
 		 680 aa  348  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69550  hypothetical protein  34.76 
 
 		 680 aa  345  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.256731  normal  0.401785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43080  hypothetical protein  34.61 
 
 		 680 aa  342  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  unclonable  0.00000000176027  normal  0.282542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4488  Rhs element Vgr protein  33.38 
 
 		 702 aa  340  7e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01965  hypothetical protein  32.07 
 
 		 771 aa  340  7e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5415  Rhs element Vgr protein  32.03 
 
 		 678 aa  337  5e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2044  Rhs element Vgr protein  34.5 
 
 		 680 aa  335  2e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.909849  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3489  hypothetical protein  33.33 
 
 		 767 aa  333  4e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.159566  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2538  Rhs element Vgr protein  33.03 
 
 		 680 aa  333  5e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0169  hypothetical protein  33.33 
 
 		 741 aa  333  9e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3133  Rhs element Vgr protein  33.33 
 
 		 767 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.054847  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2631  Rhs element Vgr protein  33.6 
 
 		 684 aa  332  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18985  hypothetical protein  33.28 
 
 		 808 aa  331  3e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000261066  normal  0.267032 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6124  type VI secretion system Vgr family protein  32.35 
 
 		 714 aa  329  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.029227  normal  0.478766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01160  hypothetical protein  32.69 
 
 		 741 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0107  Rhs element Vgr protein  33.29 
 
 		 693 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21450  hypothetical protein  33.13 
 
 		 688 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0820  Rhs element Vgr protein  33.59 
 
 		 694 aa  327  5e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.476122  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1216  type VI secretion system Vgr family protein  31.63 
 
 		 683 aa  327  5e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5574  Rhs element Vgr protein  33.6 
 
 		 741 aa  326  9e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151496 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3035  type VI secretion system Vgr family protein  31.02 
 
 		 683 aa  325  2e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67230  hypothetical protein  33.28 
 
 		 790 aa  323  6e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0286  Rhs element Vgr protein:Gp5-like  30.33 
 
 		 709 aa  323  7e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.856224 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29390  hypothetical protein  31.72 
 
 		 689 aa  323  7e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2332  Rhs element Vgr protein  30.9 
 
 		 741 aa  319  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00996193  normal  0.0126654 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4385  Rhs element Vgr protein  32.62 
 
 		 763 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3960  hypothetical protein  32.33 
 
 		 689 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33960  hypothetical protein  35.84 
 
 		 668 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000148732  normal  0.101757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01110  hypothetical protein  33.94 
 
 		 643 aa  306  7e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2127  Rhs element Vgr protein  31.91 
 
 		 748 aa  305  3.0000000000000004e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519632 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0163  hypothetical protein  33.76 
 
 		 646 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.766784  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3024  Rhs element Vgr protein  30.77 
 
 		 725 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.130505 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50870  Rhs element Vgr protein  34.93 
 
 		 668 aa  299  9e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2953  Rhs element Vgr protein  30.12 
 
 		 734 aa  300  9e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.527761  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2828  Rhs element Vgr protein  29.7 
 
 		 734 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1193  Rhs element Vgr protein  29.7 
 
 		 731 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.598361  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0460  Rhs element Vgr protein  29.7 
 
 		 734 aa  299  1e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.141236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>