More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2195 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_2527  putative transporter  62.94 
 
 		 536 aa  673    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.951849  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1387  putative transporter  63.26 
 
 		 536 aa  675    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.216138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1889  putative transporter  63.14 
 
 		 536 aa  674    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1754  putative transporter  64.2 
 
 		 548 aa  696    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000362629 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1618  putative transporter  64.2 
 
 		 548 aa  696    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2195  putative transporter  100 
 
 		 532 aa  1081    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.528619  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1515  putative transporter  64.2 
 
 		 548 aa  696    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2027  putative transporter  62.94 
 
 		 536 aa  673    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.12575  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01771  predicted transporter  66 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01759  hypothetical protein  66 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1832  putative transporter  66 
 
 		 481 aa  628  1e-179  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.301874 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1842  choline/carnitine/betaine transporter  66 
 
 		 476 aa  627  1e-178  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.220871  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3857  putative transporter  47.49 
 
 		 548 aa  476  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.187176  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000396  choline-glycine betaine transporter  35.23 
 
 		 593 aa  314  2.9999999999999996e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2637  choline transporter  32.87 
 
 		 540 aa  310  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2691  choline transporter  32.87 
 
 		 540 aa  310  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03056  hypothetical protein  35.43 
 
 		 632 aa  308  2.0000000000000002e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2179  choline/carnitine/betaine transporter  32.67 
 
 		 540 aa  304  3.0000000000000004e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4071  choline/carnitine/betaine transporter  34.52 
 
 		 650 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0014  choline/carnitine/betaine transporter  31.84 
 
 		 584 aa  300  3e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0977143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4104  choline/carnitine/betaine transporter  34.31 
 
 		 650 aa  298  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00106  putative choline-glycine betaine transporter  32.46 
 
 		 586 aa  293  7e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3247  BCCT transporter  30.58 
 
 		 532 aa  286  7e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1338  choline/carnitine/betaine transporter  33.95 
 
 		 542 aa  280  4e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1731  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  29.84 
 
 		 508 aa  271  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4909  choline/carnitine/betaine transporter  32.05 
 
 		 527 aa  257  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2342  BCCT transporter  30.24 
 
 		 525 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0569  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.71 
 
 		 507 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4862  putative carnitine transporter CglC  29.1 
 
 		 513 aa  235  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.905862 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  31.18 
 
 		 503 aa  234  3e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2215  choline/carnitine/betaine transporter  30.2 
 
 		 523 aa  233  7.000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1261  choline/carnitine/betaine transporter family protein  26.95 
 
 		 522 aa  230  4e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0177229  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  29.52 
 
 		 551 aa  228  3e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.35 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0081  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.35 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0080  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.35 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.682648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0082  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.35 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.508572 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0078  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  27.35 
 
 		 505 aa  227  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.901874  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3559  choline/carnitine/betaine transporter  26.95 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3615  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.95 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0042  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.95 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0041  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.95 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.206145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.95 
 
 		 504 aa  224  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  30.32 
 
 		 550 aa  223  6e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.75 
 
 		 504 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.757112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00043  hypothetical protein  26.75 
 
 		 504 aa  223  7e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.721093  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  28.86 
 
 		 490 aa  223  9e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3229  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.56 
 
 		 514 aa  223  9e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  28.46 
 
 		 542 aa  220  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0044  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.55 
 
 		 504 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2216  choline/carnitine/betaine transporter  29.58 
 
 		 520 aa  219  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2255  choline/carnitine/betaine transporter  29.58 
 
 		 520 aa  219  1e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2098  choline/carnitine/betaine transporter  30.96 
 
 		 498 aa  219  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4038  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.51 
 
 		 519 aa  216  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0654  choline/carnitine/betaine transport  29.89 
 
 		 544 aa  216  9e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2376  choline/carnitine/betaine transporter  31.59 
 
 		 508 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0157817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  28.34 
 
 		 530 aa  213  9e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5241  BCCT transporter  33.81 
 
 		 665 aa  212  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.151008  normal  0.0666066 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1736  choline/carnitine/betaine transporter  29 
 
 		 506 aa  210  4e-53  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00814809  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3426  choline/carnitine/betaine transporter  31.57 
 
 		 531 aa  209  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0758867  normal  0.343027 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  30.2 
 
 		 657 aa  209  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  29.62 
 
 		 659 aa  209  1e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  29.62 
 
 		 659 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4750  choline/carnitine/betaine transporter  27.4 
 
 		 542 aa  207  4e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.216648  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2676  L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter  26.71 
 
 		 514 aa  206  7e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5061  choline/carnitine/betaine transporter  31.62 
 
 		 667 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4934  choline/carnitine/betaine transporter  31.62 
 
 		 667 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0610  glycine betaine transporter  28.77 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25390  choline/carnitine/betaine transport  27.89 
 
 		 514 aa  204  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.229483  normal  0.345378 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0465  glycine betaine transporter  28.77 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00194055  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0465  glycine betaine transporter  28.77 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000010169  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0046  glycine betaine transporter  29.27 
 
 		 532 aa  204  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.275522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5032  choline/carnitine/betaine transporter  30.38 
 
 		 504 aa  204  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0683  glycine betaine transporter  28.77 
 
 		 516 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000113352  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0404  choline/carnitine/betaine transporter  31.05 
 
 		 667 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.766464 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1121  choline/carnitine/betaine transporter  31.19 
 
 		 611 aa  204  4e-51  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5112  choline/carnitine/betaine transporter  31.44 
 
 		 667 aa  203  5e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181568  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0614  glycine betaine transporter  28.57 
 
 		 516 aa  203  7e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000015754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0522  glycine betaine transporter  28.57 
 
 		 516 aa  202  9e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0554  glycine betaine transporter  28.57 
 
 		 516 aa  202  9e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5593  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 504 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000183656 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5089  glycine betaine transporter  29.93 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5479  glycine betaine transporter  29.93 
 
 		 505 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.231091  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5363  glycine betaine transporter  29.93 
 
 		 504 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4749  glycine betaine transporter  28.17 
 
 		 516 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0790865 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0727  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  29.26 
 
 		 681 aa  202  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  30.37 
 
 		 606 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5358  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 505 aa  201  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5569  osmoprotectant transporter, BCCT family  28.08 
 
 		 522 aa  201  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5329  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 505 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.52581e-23 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4919  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 505 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4934  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 505 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5411  glycine betaine transporter  29.71 
 
 		 505 aa  201  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4324  choline/carnitine/betaine transporter  29.47 
 
 		 494 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0485  choline/carnitine/betaine transporter  28.8 
 
 		 516 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000502789  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  29.53 
 
 		 541 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5237  BCCT transporter  27.88 
 
 		 522 aa  199  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5380  osmoprotectant transporter, BCCT family  27.88 
 
 		 522 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.274616  normal  0.0982886 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0590  glycine betaine transporter  28.63 
 
 		 516 aa  197  3e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000851893  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  29.71 
 
 		 661 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>