More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3943 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  100 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  92.09 
 
 		 215 aa  410  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08370  cAMP-regulatory protein  91.59 
 
 		 214 aa  410  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000340418 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5111  cAMP-regulatory protein  83.18 
 
 		 214 aa  373  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  83.18 
 
 		 214 aa  371  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4577  cAMP-regulatory protein  82.71 
 
 		 214 aa  367  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  83.64 
 
 		 214 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  83.18 
 
 		 223 aa  367  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  83.64 
 
 		 214 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0596  catabolite gene activator Crp  81.31 
 
 		 214 aa  363  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  78.04 
 
 		 211 aa  362  2e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  80.1 
 
 		 217 aa  348  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  67.49 
 
 		 210 aa  299  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  297  7e-80  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  68.47 
 
 		 210 aa  297  9e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  67.82 
 
 		 210 aa  296  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  297  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  67.82 
 
 		 210 aa  296  1e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  67.82 
 
 		 210 aa  296  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  67.49 
 
 		 210 aa  296  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  3e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  67.33 
 
 		 210 aa  295  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  67.33 
 
 		 210 aa  295  3e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  4e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  67 
 
 		 210 aa  295  5e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  66.5 
 
 		 210 aa  293  9e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  66.01 
 
 		 211 aa  293  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  66.01 
 
 		 211 aa  293  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  66.01 
 
 		 211 aa  293  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  66.01 
 
 		 211 aa  292  2e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  292  3e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  291  4e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  65.02 
 
 		 211 aa  290  9e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  65.02 
 
 		 211 aa  290  9e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  65.02 
 
 		 211 aa  290  9e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  65.02 
 
 		 211 aa  290  9e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  65.02 
 
 		 211 aa  290  9e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  64.53 
 
 		 211 aa  289  3e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  65.52 
 
 		 211 aa  286  1e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  65.84 
 
 		 212 aa  285  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  60.1 
 
 		 214 aa  281  6.000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0548  cAMP-regulatory protein  62.32 
 
 		 210 aa  279  2e-74  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.549862  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2797  cAMP-regulatory protein  65.35 
 
 		 198 aa  275  3e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.207531  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2357  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  60.89 
 
 		 212 aa  261  6.999999999999999e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0954  cAMP-regulatory protein  55.77 
 
 		 216 aa  240  1e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.575012  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04006  cAMP-regulatory protein  50.24 
 
 		 222 aa  229  3e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3715  cAMP-regulatory protein  47.27 
 
 		 229 aa  225  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.088887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0793  transcriptional regulator Vfr  93.1 
 
 		 118 aa  223  2e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0792  cAMP-regulatory protein  47.83 
 
 		 229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0879  cAMP-regulatory protein  48.31 
 
 		 229 aa  219  1.9999999999999999e-56  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000144762  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2246  cAMP-regulatory protein  51.26 
 
 		 218 aa  213  9.999999999999999e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.219541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.71 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.2571 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1294  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  34.83 
 
 		 220 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.957461  normal  0.413121 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  34.43 
 
 		 222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.33 
 
 		 225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 214 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  33.16 
 
 		 225 aa  105  5e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 225 aa  105  6e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.91 
 
 		 228 aa  104  9e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 		 219 aa  104  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 225 aa  100  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.53 
 
 		 251 aa  99.8  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  31.75 
 
 		 224 aa  99.8  3e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0339  cyclic nucleotide-binding  32.24 
 
 		 225 aa  99  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  30.48 
 
 		 225 aa  99.4  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  31.52 
 
 		 228 aa  98.6  7e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  30.81 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.28 
 
 		 226 aa  95.9  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4219  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 219 aa  95.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.408304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  28.97 
 
 		 225 aa  94.4  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.51 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04890  cAMP-binding protein  29.8 
 
 		 226 aa  93.2  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.84759 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.5 
 
 		 226 aa  92.4  5e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.43 
 
 		 228 aa  91.7  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.527594 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4099  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 237 aa  91.7  7e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000655046 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3038  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.83 
 
 		 225 aa  90.9  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 252 aa  90.1  2e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2034  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.84 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.663242  normal  0.0439569 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>