189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0262 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  100 
 
 
334 aa  656    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.34 
 
 
315 aa  287  2e-76  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.08 
 
 
330 aa  281  9e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.26 
 
 
325 aa  277  1e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.26 
 
 
335 aa  277  2e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.82 
 
 
307 aa  275  9e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.6 
 
 
327 aa  274  1.0000000000000001e-72  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.88 
 
 
324 aa  273  3e-72  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  45.98 
 
 
359 aa  272  6e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.58 
 
 
326 aa  271  1e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.95 
 
 
324 aa  268  8.999999999999999e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.76 
 
 
318 aa  267  2e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.76 
 
 
318 aa  267  2e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.41 
 
 
331 aa  265  7e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.04 
 
 
326 aa  260  2e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.71 
 
 
355 aa  260  3e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.96 
 
 
321 aa  258  1e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.25 
 
 
318 aa  245  6.999999999999999e-64  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.26 
 
 
318 aa  243  3e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.89 
 
 
338 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.24 
 
 
325 aa  241  2e-62  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.76 
 
 
357 aa  239  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.88 
 
 
366 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.93 
 
 
337 aa  236  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0837  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase, B subunit  41.14 
 
 
338 aa  236  5.0000000000000005e-61  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  39.71 
 
 
350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0064  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.75 
 
 
338 aa  230  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.14 
 
 
338 aa  229  6e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0784392  normal  0.0118792 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  38.86 
 
 
352 aa  228  8e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  38.86 
 
 
352 aa  228  8e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  38.57 
 
 
352 aa  228  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  38.57 
 
 
352 aa  228  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.57 
 
 
352 aa  227  2e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  38.57 
 
 
352 aa  227  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  38.86 
 
 
352 aa  227  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  38.57 
 
 
352 aa  226  4e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  38.29 
 
 
352 aa  226  4e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  36.96 
 
 
351 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.48 
 
 
352 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  36.68 
 
 
351 aa  223  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.92 
 
 
308 aa  222  6e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00551024  hitchhiker  0.00264587 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  39.53 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0212  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.44 
 
 
336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0013917  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  42.99 
 
 
362 aa  219  5e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0582  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.18 
 
 
319 aa  219  5e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.11 
 
 
362 aa  218  8.999999999999998e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.64 
 
 
357 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.73 
 
 
349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  37.5 
 
 
352 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  37.5 
 
 
352 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  37.5 
 
 
352 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  42.69 
 
 
360 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  37.5 
 
 
352 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  37.25 
 
 
361 aa  216  5e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.12 
 
 
338 aa  215  8e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.49 
 
 
327 aa  214  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.936145  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.99 
 
 
315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  37.22 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  36.36 
 
 
364 aa  212  9e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0529  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.49 
 
 
315 aa  211  1e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  36.36 
 
 
351 aa  211  1e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.76 
 
 
357 aa  211  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  36.96 
 
 
348 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.79 
 
 
352 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  36.08 
 
 
364 aa  209  4e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.75 
 
 
345 aa  209  5e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.79 
 
 
353 aa  209  7e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  36.2 
 
 
342 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  34.97 
 
 
357 aa  206  4e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  37.76 
 
 
328 aa  205  8e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  34.99 
 
 
363 aa  204  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  36.08 
 
 
350 aa  203  4e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  35.01 
 
 
350 aa  202  5e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1239  NQR2 and RnfD family protein  40.94 
 
 
320 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.77 
 
 
350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  38.14 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  35.85 
 
 
350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2829  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.79 
 
 
320 aa  199  6e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00299909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  38.01 
 
 
350 aa  199  6e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.42 
 
 
343 aa  199  7e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  37.43 
 
 
357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  35.63 
 
 
350 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  37.18 
 
 
348 aa  196  6e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1959  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.14 
 
 
318 aa  195  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.685679  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  34.27 
 
 
350 aa  192  5e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.78 
 
 
343 aa  191  1e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  34.08 
 
 
350 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.75 
 
 
353 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  38.57 
 
 
348 aa  191  2e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.62 
 
 
350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0521  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.53 
 
 
318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.155084 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2594  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.19 
 
 
330 aa  189  4e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  38.39 
 
 
344 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  34.29 
 
 
349 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  34.29 
 
 
349 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  34.29 
 
 
349 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  37.43 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  33.24 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  33.33 
 
 
349 aa  182  6e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  33.14 
 
 
349 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>