189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2010 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  100 
 
 		 364 aa  726    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  99.73 
 
 		 364 aa  724    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  99.43 
 
 		 351 aa  694    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  75.9 
 
 		 361 aa  555  1e-157  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  75.36 
 
 		 351 aa  526  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  73.93 
 
 		 351 aa  518  1e-146  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  69.34 
 
 		 352 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  69.34 
 
 		 352 aa  501  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  69.05 
 
 		 352 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  69.05 
 
 		 352 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  69.05 
 
 		 352 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  69.05 
 
 		 352 aa  500  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  69.34 
 
 		 352 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  68.77 
 
 		 352 aa  498  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  69.05 
 
 		 352 aa  500  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  71.43 
 
 		 352 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  71.43 
 
 		 352 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  71.43 
 
 		 352 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  71.43 
 
 		 352 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  71.14 
 
 		 352 aa  490  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  68.1 
 
 		 350 aa  480  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  70.57 
 
 		 350 aa  471  1e-132  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  70.94 
 
 		 353 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  59.14 
 
 		 353 aa  408  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  59.13 
 
 		 348 aa  401  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  61.21 
 
 		 351 aa  385  1e-106  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  58.97 
 
 		 328 aa  386  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  56.7 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  54.29 
 
 		 350 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  57.68 
 
 		 348 aa  386  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  56.57 
 
 		 350 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  54.7 
 
 		 349 aa  379  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  53.56 
 
 		 357 aa  378  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  55.14 
 
 		 349 aa  378  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  54.73 
 
 		 350 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  55.14 
 
 		 349 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  55.14 
 
 		 349 aa  378  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  54 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  53.12 
 
 		 350 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  54.29 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  54.29 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  54.13 
 
 		 349 aa  375  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  54 
 
 		 349 aa  376  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  53.31 
 
 		 363 aa  372  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  53.71 
 
 		 349 aa  374  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  54.7 
 
 		 350 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  55.17 
 
 		 348 aa  362  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  57.56 
 
 		 343 aa  359  5e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  54.65 
 
 		 342 aa  357  1.9999999999999998e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  50.29 
 
 		 350 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  52 
 
 		 350 aa  333  3e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  51.57 
 
 		 352 aa  330  2e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.58 
 
 		 352 aa  328  8e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.9 
 
 		 349 aa  328  1.0000000000000001e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  50.28 
 
 		 357 aa  320  1.9999999999999998e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.74 
 
 		 338 aa  316  4e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  53.62 
 
 		 345 aa  310  2e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.64 
 
 		 343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.69 
 
 		 338 aa  305  7e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  49.57 
 
 		 343 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.71 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  48.14 
 
 		 344 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  48.28 
 
 		 344 aa  291  9e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.13 
 
 		 343 aa  290  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.42 
 
 		 342 aa  260  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  41.41 
 
 		 359 aa  257  2e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.29 
 
 		 366 aa  256  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.3 
 
 		 327 aa  249  8e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.11 
 
 		 357 aa  232  8.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.17 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  36.36 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.25 
 
 		 325 aa  224  3e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  40.45 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.17 
 
 		 362 aa  219  7.999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.98 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.38 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  40.67 
 
 		 360 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.27 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.09 
 
 		 326 aa  202  9e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.77 
 
 		 324 aa  197  3e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.57 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.28 
 
 		 327 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.43 
 
 		 330 aa  193  4e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.08 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.49 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.69 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.69 
 
 		 318 aa  189  5e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.03 
 
 		 327 aa  189  1e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.75 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.07 
 
 		 323 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.26 
 
 		 337 aa  185  9e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.53 
 
 		 318 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.43 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.07 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.39 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.55 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.8 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.82 
 
 		 331 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.64 
 
 		 326 aa  173  5e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4317  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.38 
 
 		 324 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>