190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_2171 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  95.98 
 
 		 349 aa  674    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  99.71 
 
 		 349 aa  697    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  99.71 
 
 		 349 aa  697    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  93.37 
 
 		 349 aa  661    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  93.08 
 
 		 349 aa  659    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  100 
 
 		 349 aa  698    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  93.37 
 
 		 349 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  93.37 
 
 		 349 aa  659    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  91.09 
 
 		 349 aa  651    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  93.08 
 
 		 349 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  71.84 
 
 		 350 aa  525  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  70.98 
 
 		 350 aa  521  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  72.25 
 
 		 350 aa  520  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  70.4 
 
 		 350 aa  508  1e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  69.94 
 
 		 350 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  71.76 
 
 		 348 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  65.52 
 
 		 350 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  58.74 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  59.48 
 
 		 348 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  58.74 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 		 352 aa  411  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  59.03 
 
 		 352 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 		 352 aa  414  1e-114  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  58.74 
 
 		 352 aa  411  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  58.74 
 
 		 352 aa  411  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  58.17 
 
 		 352 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  57.31 
 
 		 350 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  58.17 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  58.17 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  58.17 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  58.17 
 
 		 352 aa  399  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  57.88 
 
 		 352 aa  396  1e-109  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  58.91 
 
 		 348 aa  398  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  58.84 
 
 		 328 aa  389  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  53.01 
 
 		 357 aa  387  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  56.45 
 
 		 353 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  58.45 
 
 		 351 aa  378  1e-104  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  54.44 
 
 		 351 aa  372  1e-102  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  54.15 
 
 		 351 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  54.15 
 
 		 361 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.16 
 
 		 350 aa  365  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  55.14 
 
 		 364 aa  364  1e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  55.75 
 
 		 351 aa  363  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  55.14 
 
 		 364 aa  364  2e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  54.35 
 
 		 342 aa  358  9.999999999999999e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.29 
 
 		 350 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  52.02 
 
 		 343 aa  342  5e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.86 
 
 		 352 aa  331  1e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  50 
 
 		 357 aa  325  6e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.56 
 
 		 353 aa  319  5e-86  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.57 
 
 		 352 aa  316  4e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  48.18 
 
 		 363 aa  315  7e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  49.28 
 
 		 350 aa  307  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  50 
 
 		 343 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.03 
 
 		 349 aa  301  2e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.55 
 
 		 353 aa  298  8e-80  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.43 
 
 		 343 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.84 
 
 		 345 aa  288  1e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  50.86 
 
 		 344 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  49.28 
 
 		 344 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.98 
 
 		 338 aa  281  9e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.07 
 
 		 343 aa  277  2e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.86 
 
 		 338 aa  262  4.999999999999999e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.24 
 
 		 327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  40.85 
 
 		 359 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.95 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.4 
 
 		 357 aa  232  7.000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.66 
 
 		 355 aa  226  4e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.74 
 
 		 366 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.42 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  38.53 
 
 		 362 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.53 
 
 		 362 aa  211  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.82 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.33 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  37.08 
 
 		 360 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.31 
 
 		 327 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.18 
 
 		 324 aa  191  1e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.57 
 
 		 323 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.26 
 
 		 323 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  34.29 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.23 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.5 
 
 		 330 aa  181  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4317  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.32 
 
 		 324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.24 
 
 		 325 aa  179  9e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.68 
 
 		 318 aa  175  9e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.36 
 
 		 335 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.49 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.23 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.23 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.93 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.91 
 
 		 324 aa  166  5e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.72 
 
 		 327 aa  162  6e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  28.45 
 
 		 326 aa  159  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.79 
 
 		 361 aa  158  2e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.46 
 
 		 338 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0784392  normal  0.0118792 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.75 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 321 aa  154  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.26 
 
 		 326 aa  153  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.43 
 
 		 315 aa  152  8e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0800979 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>