189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_1569 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  98.58 
 
 
352 aa  689    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  98.58 
 
 
352 aa  688    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  98.58 
 
 
352 aa  688    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  98.58 
 
 
352 aa  688    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  100 
 
 
352 aa  697    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  98.86 
 
 
352 aa  690    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  97.73 
 
 
352 aa  683    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  98.3 
 
 
352 aa  687    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  98.58 
 
 
352 aa  689    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  86.93 
 
 
352 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  87.22 
 
 
352 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  86.93 
 
 
352 aa  605  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  84.57 
 
 
350 aa  607  9.999999999999999e-173  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  87.22 
 
 
352 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  86.65 
 
 
352 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  68.95 
 
 
351 aa  503  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  67.81 
 
 
351 aa  496  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  67.82 
 
 
361 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  68.77 
 
 
364 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  69.05 
 
 
351 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  68.48 
 
 
364 aa  483  1e-135  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  65.71 
 
 
350 aa  456  1e-127  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  64.31 
 
 
353 aa  421  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  57.67 
 
 
349 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  58.12 
 
 
350 aa  413  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 
349 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 
349 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  59.03 
 
 
349 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  57.39 
 
 
349 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  57.31 
 
 
348 aa  403  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  56.16 
 
 
349 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  56.82 
 
 
350 aa  404  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  56.45 
 
 
349 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  56.45 
 
 
349 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  56.16 
 
 
349 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  58.45 
 
 
348 aa  404  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  56.45 
 
 
349 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  59.66 
 
 
351 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  54.83 
 
 
350 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  54.26 
 
 
353 aa  388  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  55.11 
 
 
350 aa  390  1e-107  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  56.41 
 
 
350 aa  385  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  57.14 
 
 
348 aa  384  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  51.85 
 
 
357 aa  376  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  54.87 
 
 
363 aa  376  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  57.36 
 
 
328 aa  377  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.54 
 
 
350 aa  374  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  54.29 
 
 
350 aa  372  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  54.05 
 
 
342 aa  354  1e-96  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  55.59 
 
 
343 aa  355  1e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.44 
 
 
338 aa  322  6e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  49.71 
 
 
350 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.43 
 
 
352 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.73 
 
 
352 aa  319  5e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.3 
 
 
349 aa  317  2e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  48.04 
 
 
357 aa  316  3e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  51.13 
 
 
345 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  50.57 
 
 
343 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.93 
 
 
343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  49.13 
 
 
343 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.06 
 
 
338 aa  292  5e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.89 
 
 
353 aa  289  4e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  48.01 
 
 
344 aa  288  8e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  48.3 
 
 
344 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  40.73 
 
 
359 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.51 
 
 
342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.9 
 
 
366 aa  245  6.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.12 
 
 
357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.29 
 
 
327 aa  243  3e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.56 
 
 
355 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.28 
 
 
357 aa  232  6e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  40.4 
 
 
362 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  38.57 
 
 
334 aa  228  1e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.34 
 
 
362 aa  228  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.51 
 
 
313 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  40.62 
 
 
360 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.57 
 
 
325 aa  211  1e-53  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.04 
 
 
357 aa  209  6e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.42 
 
 
318 aa  199  5e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.42 
 
 
318 aa  199  5e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.34 
 
 
324 aa  199  6e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.18 
 
 
307 aa  197  3e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.34 
 
 
335 aa  195  9e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.29 
 
 
326 aa  195  1e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.04 
 
 
321 aa  194  2e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.65 
 
 
327 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.45 
 
 
318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.77 
 
 
325 aa  189  4e-47  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.1 
 
 
330 aa  189  8e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.2 
 
 
323 aa  186  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.98 
 
 
327 aa  186  8e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.56 
 
 
337 aa  185  8e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.81 
 
 
323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.67 
 
 
324 aa  182  1e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.66 
 
 
315 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.2 
 
 
315 aa  176  5e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0212  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.52 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0013917  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.47 
 
 
326 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.91 
 
 
331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.75 
 
 
318 aa  173  5e-42  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>