189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1959 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1959  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  100 
 
 
318 aa  628  1e-179  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.685679  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0582  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.35 
 
 
319 aa  320  3e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0521  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.73 
 
 
318 aa  301  7.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.562885  normal  0.155084 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1239  NQR2 and RnfD family protein  45.11 
 
 
320 aa  283  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2829  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.65 
 
 
320 aa  240  2e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00299909  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  38.14 
 
 
334 aa  195  9e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.94 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  35.82 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  35.82 
 
 
352 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  35.53 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  35.53 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  35.53 
 
 
352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  33.14 
 
 
352 aa  172  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  34.66 
 
 
352 aa  171  1e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  34.66 
 
 
352 aa  171  1e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  33.33 
 
 
351 aa  171  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  34.09 
 
 
352 aa  170  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.06 
 
 
335 aa  170  3e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  34.38 
 
 
352 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  34.38 
 
 
352 aa  169  4e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.38 
 
 
352 aa  169  7e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  34.38 
 
 
352 aa  169  7e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0529  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.13 
 
 
315 aa  168  9e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  34.38 
 
 
352 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  32.37 
 
 
351 aa  167  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  33.62 
 
 
350 aa  165  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.05 
 
 
325 aa  160  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  32.68 
 
 
361 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.17 
 
 
326 aa  157  3e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.74 
 
 
330 aa  157  3e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.21 
 
 
324 aa  155  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  33.14 
 
 
364 aa  154  2.9999999999999998e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.82 
 
 
349 aa  153  4e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  33.33 
 
 
351 aa  153  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  33.14 
 
 
359 aa  151  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  32.86 
 
 
364 aa  151  1e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  32.66 
 
 
350 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.96 
 
 
326 aa  150  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  31.88 
 
 
348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0064  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.43 
 
 
338 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.88 
 
 
324 aa  147  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.63 
 
 
338 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32 
 
 
350 aa  145  9e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.92 
 
 
350 aa  145  1e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  32.26 
 
 
343 aa  144  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.77 
 
 
355 aa  144  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  31.99 
 
 
348 aa  143  5e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.46 
 
 
337 aa  142  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  32.38 
 
 
350 aa  142  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  29.68 
 
 
350 aa  142  9e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  31.37 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  30.55 
 
 
349 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.18 
 
 
331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.97 
 
 
352 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  33.53 
 
 
350 aa  138  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  31.01 
 
 
349 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.82 
 
 
343 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.13 
 
 
325 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  28.74 
 
 
363 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.45 
 
 
307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  31.61 
 
 
350 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.85 
 
 
318 aa  135  9e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.85 
 
 
318 aa  135  9e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  28.88 
 
 
352 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.23 
 
 
353 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  29.68 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  32.42 
 
 
343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  29.39 
 
 
349 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  29.39 
 
 
349 aa  133  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  30.06 
 
 
349 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.93 
 
 
343 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  30.06 
 
 
349 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  30.66 
 
 
349 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.09 
 
 
315 aa  132  9e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  28.7 
 
 
357 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.13 
 
 
357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.5 
 
 
366 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  30.06 
 
 
349 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  30.06 
 
 
349 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.2 
 
 
327 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.42 
 
 
321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.7 
 
 
353 aa  129  6e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.57 
 
 
315 aa  129  8.000000000000001e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.73 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  31.49 
 
 
348 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.53 
 
 
357 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2594  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.84 
 
 
330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.51 
 
 
318 aa  127  3e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0212  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  28.36 
 
 
336 aa  126  6e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0013917  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.9 
 
 
353 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  29.97 
 
 
350 aa  124  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.26 
 
 
345 aa  122  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.85 
 
 
318 aa  122  7e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  29.39 
 
 
351 aa  121  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.85 
 
 
357 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.2 
 
 
361 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  30.63 
 
 
344 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  31.5 
 
 
357 aa  116  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.34 
 
 
308 aa  116  5e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00551024  hitchhiker  0.00264587 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.89 
 
 
327 aa  115  6.9999999999999995e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.936145  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>