189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2968 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  100 
 
 		 357 aa  721    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  60.23 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  53.56 
 
 		 350 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  53.87 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  53.87 
 
 		 349 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  55.75 
 
 		 348 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  53.87 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  53.87 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  53.87 
 
 		 349 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  53.3 
 
 		 349 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  53.3 
 
 		 349 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  53.3 
 
 		 349 aa  388  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  53.01 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  55.14 
 
 		 350 aa  387  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  53.01 
 
 		 349 aa  388  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  52.41 
 
 		 350 aa  381  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  53.3 
 
 		 350 aa  384  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  54.34 
 
 		 361 aa  381  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  52.42 
 
 		 352 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  52.42 
 
 		 352 aa  378  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  56.03 
 
 		 348 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.14 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  52.87 
 
 		 350 aa  377  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.12 
 
 		 353 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  52.42 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  52.14 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  51.85 
 
 		 352 aa  376  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  51.42 
 
 		 350 aa  377  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  52.14 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  51.85 
 
 		 352 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  51.85 
 
 		 351 aa  376  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  52.14 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  54.31 
 
 		 350 aa  373  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  56 
 
 		 351 aa  374  1e-102  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  51.85 
 
 		 351 aa  372  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  53.28 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  53.28 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  53.28 
 
 		 352 aa  371  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  53.28 
 
 		 352 aa  371  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  52.99 
 
 		 352 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  55.18 
 
 		 328 aa  366  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  53.58 
 
 		 350 aa  363  2e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  53.56 
 
 		 364 aa  362  6e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  53.56 
 
 		 364 aa  361  8e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  53.28 
 
 		 351 aa  359  4e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  51.86 
 
 		 348 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  50.28 
 
 		 352 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  50.29 
 
 		 350 aa  344  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  50.57 
 
 		 343 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.29 
 
 		 352 aa  329  4e-89  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  53.41 
 
 		 353 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  45.96 
 
 		 363 aa  318  7.999999999999999e-86  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  45.94 
 
 		 357 aa  309  5.9999999999999995e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  51.4 
 
 		 353 aa  305  5.0000000000000004e-82  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.15 
 
 		 345 aa  300  3e-80  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  47.29 
 
 		 350 aa  298  1e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.59 
 
 		 349 aa  294  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  46.15 
 
 		 343 aa  292  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  48.58 
 
 		 343 aa  291  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.16 
 
 		 338 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  46.15 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.32 
 
 		 343 aa  280  3e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.22 
 
 		 338 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  45.1 
 
 		 344 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.71 
 
 		 342 aa  262  8.999999999999999e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  40.82 
 
 		 359 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.18 
 
 		 355 aa  256  5e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.61 
 
 		 357 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.95 
 
 		 313 aa  236  4e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.74 
 
 		 366 aa  235  7e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.6 
 
 		 357 aa  227  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.07 
 
 		 327 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.78 
 
 		 357 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.29 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  38.33 
 
 		 362 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.33 
 
 		 362 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  34.97 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  36.21 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.14 
 
 		 325 aa  203  5e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.26 
 
 		 324 aa  202  7e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1572  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.47 
 
 		 318 aa  195  9e-49  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.732649  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.13 
 
 		 335 aa  193  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.14 
 
 		 327 aa  192  9e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.17 
 
 		 330 aa  192  1e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.05 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.46 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1664  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.1 
 
 		 326 aa  186  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.19 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1530  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.43 
 
 		 331 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0274515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  38.82 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.3 
 
 		 337 aa  176  7e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.12 
 
 		 323 aa  176  8e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.12 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.35 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.09 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.33 
 
 		 318 aa  170  4e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  30.81 
 
 		 315 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0064  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.08 
 
 		 338 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601171  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.24 
 
 		 361 aa  166  4e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>