More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1012 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  100 
 
 
135 aa  270  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  99.26 
 
 
135 aa  269  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.39 
 
 
135 aa  190  5e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  67.41 
 
 
134 aa  177  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.29 
 
 
129 aa  95.5  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.29 
 
 
124 aa  95.1  3e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.33 
 
 
137 aa  91.7  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  35.94 
 
 
133 aa  91.3  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.94 
 
 
133 aa  91.3  4e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  38.81 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  36.36 
 
 
132 aa  87.4  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
132 aa  87.4  6e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
154 aa  80.9  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  35.71 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
132 aa  76.6  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
137 aa  76.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0736  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.71 
 
 
143 aa  72  0.000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.34 
 
 
134 aa  71.2  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.59 
 
 
134 aa  68.6  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  26.15 
 
 
135 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2346  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
145 aa  67.4  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0853163  normal  0.0509628 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.16 
 
 
137 aa  67  0.00000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
133 aa  64.7  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5124  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
141 aa  62.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.89 
 
 
133 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  29.41 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  28.81 
 
 
142 aa  62.4  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1466  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
126 aa  62  0.000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0559794  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
143 aa  61.6  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
154 aa  61.6  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.98 
 
 
133 aa  61.6  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3760  TonB system transport protein ExbD  29.06 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  29.91 
 
 
139 aa  61.2  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  27.05 
 
 
141 aa  60.8  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  27.64 
 
 
141 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
132 aa  60.8  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  28.57 
 
 
142 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  29.66 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
167 aa  60.1  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  28.57 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  28.81 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.62 
 
 
136 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  24.41 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  26.83 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.55 
 
 
116 aa  58.9  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  28.81 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.4 
 
 
135 aa  59.3  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  28.81 
 
 
143 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  28.81 
 
 
141 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.23 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  27.48 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  23.13 
 
 
136 aa  58.2  0.00000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  23.66 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  27.35 
 
 
141 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
134 aa  57.4  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  28.21 
 
 
141 aa  57.8  0.00000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
135 aa  57  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  25.19 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.19 
 
 
134 aa  56.2  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0915  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
140 aa  56.2  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.574244  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  28.69 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  24.44 
 
 
148 aa  55.8  0.0000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4088  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.43 
 
 
140 aa  55.8  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.091049  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  26.45 
 
 
158 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2667  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
127 aa  55.5  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  26.19 
 
 
133 aa  55.5  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0393  TonB system transport protein ExbD  28.8 
 
 
127 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0498331  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
128 aa  55.1  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
137 aa  55.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  26.98 
 
 
141 aa  55.1  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2860  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.7 
 
 
226 aa  55.1  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070189  hitchhiker  0.000343254 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.56 
 
 
158 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
136 aa  54.7  0.0000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.7 
 
 
226 aa  55.1  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  26.77 
 
 
132 aa  54.3  0.0000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  26.61 
 
 
135 aa  54.3  0.0000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.08 
 
 
156 aa  54.7  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0729  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
127 aa  54.7  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120053  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  25.93 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.93 
 
 
145 aa  54.3  0.0000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
147 aa  54.3  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>