More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3330 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3330  efflux pump membrane protein  100 
 
 		 391 aa  796    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3486  efflux pump membrane protein  96.93 
 
 		 391 aa  780    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3743  efflux pump membrane protein  75.7 
 
 		 390 aa  612  9.999999999999999e-175  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.881561  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3460  multidrug resistance protein A  74.1 
 
 		 390 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  72.63 
 
 		 391 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3201  multidrug resistance protein A  74.1 
 
 		 390 aa  602  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3338  efflux pump membrane protein  73.85 
 
 		 390 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.615616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0890  efflux pump membrane protein  74.23 
 
 		 391 aa  597  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0249504  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2997  multidrug resistance protein A  70.84 
 
 		 390 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3014  multidrug resistance protein A  70.84 
 
 		 390 aa  549  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193784 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3120  multidrug resistance protein A  70.59 
 
 		 390 aa  547  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0308659 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2931  multidrug resistance protein A  70.59 
 
 		 390 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2962  multidrug resistance protein A  70.59 
 
 		 390 aa  548  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.832708  hitchhiker  0.00715907 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3163  efflux pump membrane protein  70.59 
 
 		 390 aa  542  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02540  multidrug efflux system  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0999  efflux pump membrane protein  68.54 
 
 		 390 aa  534  1e-151  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.486081  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2968  multidrug resistance protein A  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1022  efflux pump membrane protein  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.727271  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2807  multidrug resistance protein A  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414824  hitchhiker  0.00826621 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02505  hypothetical protein  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2821  multidrug resistance protein A  68.8 
 
 		 390 aa  535  1e-151  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3930  multidrug resistance protein A  68.54 
 
 		 394 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.725166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3191  multidrug resistance protein A  68.03 
 
 		 390 aa  528  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168067  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02278  EmrKY-TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1289  efflux pump membrane protein  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2737  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.778541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2505  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.012377  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3599  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.34 
 
 		 387 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0273562 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02239  hypothetical protein  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.371729  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1301  efflux pump membrane protein  49.34 
 
 		 387 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.632829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2654  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.08 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2518  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  49.08 
 
 		 387 aa  383  1e-105  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  49.36 
 
 		 410 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  49.1 
 
 		 411 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  50.52 
 
 		 407 aa  378  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0610226 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1024  secretion protein HlyD  50 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1480  secretion protein HlyD family protein  50 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  49.1 
 
 		 411 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  49.1 
 
 		 411 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1504  secretion protein HlyD family protein  50 
 
 		 404 aa  376  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226713  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  48.84 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1057  multidrug resistance protein, putative  48.84 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0394345  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4645  HlyD family secretion protein  50.13 
 
 		 404 aa  374  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109619  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  48.84 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  48.84 
 
 		 411 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1386  secretion protein HlyD family protein  49.22 
 
 		 407 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1426  secretion protein HlyD family protein  49.22 
 
 		 405 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183071 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1445  secretion protein HlyD family protein  48.86 
 
 		 444 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2816  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  49.61 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106074  normal  0.653781 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  50.27 
 
 		 420 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1636  efflux pump membrane protein  50 
 
 		 424 aa  362  8e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00067211 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  46.82 
 
 		 429 aa  360  2e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1725  efflux pump membrane protein  49.6 
 
 		 406 aa  358  9e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2027  secretion protein HlyD  46.19 
 
 		 413 aa  356  3.9999999999999996e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294658  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1214  secretion protein HlyD family protein  47.61 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.314397  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1293  multidrug resistance A (translocase) transmembrane protein  48.12 
 
 		 428 aa  349  4e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.538155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1123  secretion protein HlyD family protein  47.11 
 
 		 429 aa  348  9e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.911317  normal  0.519674 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  46.23 
 
 		 405 aa  348  1e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  46.97 
 
 		 394 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  46.44 
 
 		 400 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0262  secretion protein HlyD family protein  45.7 
 
 		 405 aa  340  2e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123427 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0257  secretion protein HlyD family protein  46.13 
 
 		 402 aa  339  4e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  42.82 
 
 		 393 aa  339  5e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2021  secretion protein HlyD family protein  48.11 
 
 		 413 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0240231 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2416  secretion protein HlyD family protein  46.63 
 
 		 437 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.975538 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  46.76 
 
 		 397 aa  333  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  47.85 
 
 		 395 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3490  secretion protein HlyD family protein  46.35 
 
 		 448 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.592297  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  46.2 
 
 		 397 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3235  secretion protein HlyD  46.11 
 
 		 465 aa  329  6e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4314  MFS efflux pump, membrane fusion protein, EmrA subfamily  48.26 
 
 		 423 aa  326  4.0000000000000003e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4021  secretion protein HlyD family protein  48.79 
 
 		 451 aa  325  1e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4889  HlyD family secretion protein  44.42 
 
 		 459 aa  323  4e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.392756  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  43.48 
 
 		 380 aa  323  4e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3748  multidrug resistance protein  42.18 
 
 		 402 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155411  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0859  secretion protein HlyD  48.8 
 
 		 402 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556695  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5574  secretion protein HlyD family protein  48.72 
 
 		 480 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3743  secretion protein HlyD family protein  44.5 
 
 		 453 aa  316  4e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00143217  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2078  secretion protein HlyD family protein  46.7 
 
 		 397 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3643  secretion protein HlyD  43.75 
 
 		 400 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.870857  normal  0.0330116 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1730  secretion protein HlyD  41.05 
 
 		 402 aa  312  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1288  secretion protein HlyD family protein  44.47 
 
 		 392 aa  311  1e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01156  multidrug resistance efflux pump  44.57 
 
 		 372 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461805  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6205  secretion protein HlyD  48.71 
 
 		 450 aa  308  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127149  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1634  secretion protein HlyD family protein  42.93 
 
 		 453 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.975133  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4219  secretion protein HlyD family protein  48.82 
 
 		 386 aa  289  7e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439503  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4503  secretion protein HlyD family protein  44.7 
 
 		 396 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5028  secretion protein HlyD family protein  44.41 
 
 		 396 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.826607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3277  secretion protein HlyD  44.41 
 
 		 396 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5191  secretion protein HlyD family protein  44.7 
 
 		 396 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.356759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5091  secretion protein HlyD family protein  44.41 
 
 		 396 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1021  multidrug resistance protein VceA  40.56 
 
 		 395 aa  263  4e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0562  HlyD family secretion protein  43.2 
 
 		 396 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1825  multidrug resistance protein  44.72 
 
 		 489 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.996701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0732  multidrug resistance secretion protein  44.72 
 
 		 489 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3904  efflux pump membrane protein  40.88 
 
 		 381 aa  258  1e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0717  putative multidrug resistance protein  44.44 
 
 		 457 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.053035  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1987  putative multidrug resistance protein  44.44 
 
 		 457 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0847932  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2100  multidrug resistance protein  44.44 
 
 		 489 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1416  multidrug resistance protein  44.44 
 
 		 457 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.304514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>