More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1214 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1293  multidrug resistance A (translocase) transmembrane protein  88.89 
 
 		 428 aa  703    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.538155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1214  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 429 aa  857    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.314397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1123  secretion protein HlyD family protein  98.14 
 
 		 429 aa  846    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.911317  normal  0.519674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  69.65 
 
 		 429 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2027  secretion protein HlyD  68.91 
 
 		 413 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294658  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4645  HlyD family secretion protein  66.58 
 
 		 404 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109619  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1024  secretion protein HlyD  67.36 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1504  secretion protein HlyD family protein  67.36 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226713  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1480  secretion protein HlyD family protein  67.36 
 
 		 404 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1057  multidrug resistance protein, putative  66.58 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0394345  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  66.84 
 
 		 411 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  66.84 
 
 		 411 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  68.02 
 
 		 407 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0610226 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  66.58 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  66.58 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  64.71 
 
 		 410 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  66.84 
 
 		 411 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  66.58 
 
 		 411 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2816  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  66.24 
 
 		 413 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106074  normal  0.653781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1636  efflux pump membrane protein  67.46 
 
 		 424 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00067211 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  68.1 
 
 		 420 aa  503  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1426  secretion protein HlyD family protein  66.67 
 
 		 405 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183071 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1386  secretion protein HlyD family protein  66.85 
 
 		 407 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1725  efflux pump membrane protein  65.12 
 
 		 406 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2021  secretion protein HlyD family protein  63.19 
 
 		 413 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0240231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1445  secretion protein HlyD family protein  55.56 
 
 		 444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2416  secretion protein HlyD family protein  59.95 
 
 		 437 aa  444  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.975538 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5574  secretion protein HlyD family protein  63.39 
 
 		 480 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4021  secretion protein HlyD family protein  62.87 
 
 		 451 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3490  secretion protein HlyD family protein  59.84 
 
 		 448 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.592297  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4314  MFS efflux pump, membrane fusion protein, EmrA subfamily  60.64 
 
 		 423 aa  428  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6205  secretion protein HlyD  61.05 
 
 		 450 aa  427  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127149  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  55.44 
 
 		 405 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  55.47 
 
 		 394 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  54.48 
 
 		 397 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  54.69 
 
 		 400 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  53.54 
 
 		 397 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3235  secretion protein HlyD  55.4 
 
 		 465 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  53.73 
 
 		 395 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3748  multidrug resistance protein  52.11 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1730  secretion protein HlyD  51.12 
 
 		 402 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0262  secretion protein HlyD family protein  56.36 
 
 		 405 aa  398  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123427 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0257  secretion protein HlyD family protein  56.36 
 
 		 402 aa  398  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3643  secretion protein HlyD  53.97 
 
 		 400 aa  394  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.870857  normal  0.0330116 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0859  secretion protein HlyD  53.46 
 
 		 402 aa  388  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556695  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2078  secretion protein HlyD family protein  52.35 
 
 		 397 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  49.19 
 
 		 393 aa  386  1e-106  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4889  HlyD family secretion protein  52.21 
 
 		 459 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.392756  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3743  secretion protein HlyD family protein  54.66 
 
 		 453 aa  380  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00143217  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3460  multidrug resistance protein A  47.68 
 
 		 390 aa  372  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1288  secretion protein HlyD family protein  50.9 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3201  multidrug resistance protein A  47.68 
 
 		 390 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1634  secretion protein HlyD family protein  51.22 
 
 		 453 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.975133  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3338  efflux pump membrane protein  47.68 
 
 		 390 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.615616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3743  efflux pump membrane protein  48.58 
 
 		 390 aa  366  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.881561  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3486  efflux pump membrane protein  47.07 
 
 		 391 aa  365  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3330  efflux pump membrane protein  47.61 
 
 		 391 aa  364  2e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01156  multidrug resistance efflux pump  50.83 
 
 		 372 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461805  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3120  multidrug resistance protein A  46.86 
 
 		 390 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0308659 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3163  efflux pump membrane protein  47.24 
 
 		 390 aa  347  3e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3014  multidrug resistance protein A  46.63 
 
 		 390 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193784 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2931  multidrug resistance protein A  46.86 
 
 		 390 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2962  multidrug resistance protein A  46.86 
 
 		 390 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.832708  hitchhiker  0.00715907 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2997  multidrug resistance protein A  46.86 
 
 		 390 aa  346  4e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02540  multidrug efflux system  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0999  efflux pump membrane protein  46.37 
 
 		 390 aa  345  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.486081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0890  efflux pump membrane protein  47.15 
 
 		 391 aa  345  1e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0249504  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2968  multidrug resistance protein A  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02505  hypothetical protein  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2821  multidrug resistance protein A  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2807  multidrug resistance protein A  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414824  hitchhiker  0.00826621 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1022  efflux pump membrane protein  46.37 
 
 		 390 aa  344  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.727271  normal  0.0227655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  47 
 
 		 391 aa  343  4e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3930  multidrug resistance protein A  46.11 
 
 		 394 aa  342  1e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.725166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3191  multidrug resistance protein A  45.85 
 
 		 390 aa  338  9e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168067  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  43.05 
 
 		 380 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2518  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  46.02 
 
 		 387 aa  318  1e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3599  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  45.72 
 
 		 387 aa  318  1e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0273562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02278  EmrKY-TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component  45.72 
 
 		 387 aa  318  2e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1289  efflux pump membrane protein  45.72 
 
 		 387 aa  318  2e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2505  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  45.72 
 
 		 387 aa  318  2e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.012377  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1301  efflux pump membrane protein  45.72 
 
 		 387 aa  318  2e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.632829  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02239  hypothetical protein  45.72 
 
 		 387 aa  318  2e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.371729  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2737  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  45.43 
 
 		 387 aa  317  3e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.778541  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2654  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  45.43 
 
 		 387 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1021  multidrug resistance protein VceA  46.35 
 
 		 395 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4503  secretion protein HlyD family protein  47.57 
 
 		 396 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0562  HlyD family secretion protein  48.71 
 
 		 396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5191  secretion protein HlyD family protein  47.89 
 
 		 396 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.356759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5028  secretion protein HlyD family protein  47.57 
 
 		 396 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.826607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3277  secretion protein HlyD  47.89 
 
 		 396 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5091  secretion protein HlyD family protein  47.89 
 
 		 396 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0715741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0460  multidrug resistance protein  43.02 
 
 		 403 aa  298  1e-79  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3230  secretion protein HlyD family protein  48.38 
 
 		 395 aa  293  3e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0732  multidrug resistance secretion protein  48.75 
 
 		 489 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1825  multidrug resistance protein  48.75 
 
 		 489 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.996701  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0456  multidrug resistance protein  48.47 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2100  multidrug resistance protein  48.47 
 
 		 489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0818  multidrug resistance secretion protein  48.47 
 
 		 489 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388202  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1416  multidrug resistance protein  48.47 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.304514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>