More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_2346 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_2346  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
145 aa  291  2e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0853163  normal  0.0509628 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2345  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.13 
 
 
146 aa  124  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.231311  normal  0.0225242 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.13 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.2 
 
 
134 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.48 
 
 
133 aa  76.6  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2860  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
226 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.0070189  hitchhiker  0.000343254 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3261  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
226 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  31.75 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
135 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2012  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.69 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  32.28 
 
 
148 aa  71.6  0.000000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.2 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2392  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
133 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.791616 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.96 
 
 
137 aa  67.4  0.00000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.25 
 
 
133 aa  67  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.77 
 
 
131 aa  65.5  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.75 
 
 
134 aa  66.2  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
166 aa  65.1  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  30.95 
 
 
133 aa  65.1  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
183 aa  64.7  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  32.79 
 
 
124 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4449  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
207 aa  64.3  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
129 aa  63.9  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.03 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  32.03 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
137 aa  61.2  0.000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.17 
 
 
136 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2615  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
218 aa  60.1  0.000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
135 aa  59.7  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4202  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.9 
 
 
407 aa  59.7  0.00000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.217189  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
141 aa  58.9  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  30.82 
 
 
152 aa  58.2  0.00000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  25.4 
 
 
147 aa  57.8  0.00000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
217 aa  57  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.78 
 
 
134 aa  57  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2145  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.97 
 
 
167 aa  57  0.00000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
155 aa  56.2  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.56 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.86 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.46 
 
 
132 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.46 
 
 
132 aa  55.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0898  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.04 
 
 
132 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.250835  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.06 
 
 
133 aa  55.5  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2608  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.73 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  55.8  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.27 
 
 
134 aa  55.1  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.64 
 
 
133 aa  55.5  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
138 aa  55.1  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
141 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.73 
 
 
133 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
144 aa  55.1  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.72 
 
 
138 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0150  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.2 
 
 
149 aa  54.7  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000194485  hitchhiker  0.00605756 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.99 
 
 
147 aa  53.9  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4593  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.59 
 
 
132 aa  54.3  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2569  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.1 
 
 
134 aa  54.3  0.0000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  53.9  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.19 
 
 
149 aa  54.3  0.0000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1460  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
135 aa  53.9  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  53.5  0.0000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.44 
 
 
138 aa  53.9  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  25.4 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.19 
 
 
134 aa  53.5  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
142 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
137 aa  53.1  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0174  TonB system transport protein ExbD  33.33 
 
 
152 aa  53.1  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  27.54 
 
 
155 aa  53.1  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.27 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.36 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2403  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.87 
 
 
135 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.89 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.36 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
134 aa  53.1  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.45 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  26.83 
 
 
135 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  24.43 
 
 
140 aa  52.4  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
143 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.58 
 
 
140 aa  52  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.79 
 
 
137 aa  52.4  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.02 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.48 
 
 
151 aa  52.4  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.78 
 
 
151 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  23.73 
 
 
149 aa  51.6  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3739  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.67 
 
 
152 aa  52  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.220249 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.28 
 
 
154 aa  51.6  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.05 
 
 
149 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>