More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0953 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  764    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  43.7 
 
 		 366 aa  311  9e-84  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.66 
 
 		 375 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.66 
 
 		 375 aa  252  6e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.66 
 
 		 375 aa  252  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.34 
 
 		 376 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0347  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 		 366 aa  237  3e-61  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.29 
 
 		 372 aa  237  3e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.94 
 
 		 373 aa  236  7e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 		 367 aa  224  1e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.15 
 
 		 372 aa  220  3e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  32.2 
 
 		 372 aa  219  7e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  33.78 
 
 		 367 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.33 
 
 		 372 aa  218  1e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.94 
 
 		 372 aa  217  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.31 
 
 		 376 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 		 372 aa  215  9e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  32.98 
 
 		 369 aa  215  9.999999999999999e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000352181 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1278  DNA polymerase III subunit beta  35.73 
 
 		 373 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  unclonable  2.76035e-25  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.85 
 
 		 365 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.9 
 
 		 373 aa  212  7e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 412 aa  211  2e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.1 
 
 		 365 aa  207  2e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 372 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 372 aa  207  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.85 
 
 		 397 aa  206  4e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 373 aa  206  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  33.59 
 
 		 397 aa  205  1e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  33.59 
 
 		 372 aa  205  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.56 
 
 		 368 aa  205  1e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.38 
 
 		 372 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  31.59 
 
 		 372 aa  203  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 373 aa  203  3e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 373 aa  202  7e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 		 366 aa  202  7e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 385 aa  202  9e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  31.05 
 
 		 366 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  32.89 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  32.89 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 366 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 366 aa  200  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.81 
 
 		 373 aa  199  5e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.29 
 
 		 373 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 366 aa  199  6e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 		 372 aa  199  7e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  29.95 
 
 		 376 aa  199  7e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.47 
 
 		 380 aa  199  7.999999999999999e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 		 366 aa  199  7.999999999999999e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.25 
 
 		 366 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  33.77 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.77 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.05 
 
 		 367 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  31.77 
 
 		 373 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  33.77 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.07 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.92 
 
 		 370 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.85 
 
 		 372 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.94 
 
 		 367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  32.46 
 
 		 366 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.9 
 
 		 372 aa  196  6e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.11 
 
 		 373 aa  196  6e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0966551  normal  0.572668 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  31.79 
 
 		 382 aa  195  9e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  31.13 
 
 		 366 aa  194  1e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  32.99 
 
 		 366 aa  195  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  31.69 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  30.41 
 
 		 379 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  30.53 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.1 
 
 		 366 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.1 
 
 		 366 aa  194  3e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.41 
 
 		 379 aa  193  4e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.15 
 
 		 379 aa  192  5e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 381 aa  192  5e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000341772  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.15 
 
 		 379 aa  192  5e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  29.49 
 
 		 381 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.55 
 
 		 366 aa  193  5e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 371 aa  192  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.58 
 
 		 366 aa  192  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.22 
 
 		 373 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  30.15 
 
 		 379 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000820509  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 378 aa  192  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000167002  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 372 aa  191  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  31.77 
 
 		 372 aa  191  1e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.55 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  31.33 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.95 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  31.48 
 
 		 365 aa  191  2e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  31.56 
 
 		 366 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>