More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_5043 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_5043  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
403 aa  786  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5654  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.18 
 
 
397 aa  322  1e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3234  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.78 
 
 
433 aa  314  2e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.17502  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0410  ornithine decarboxylase  42.66 
 
 
391 aa  313  3e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2177  ornithine decarboxylase  42.11 
 
 
390 aa  311  9e-84  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.024937  normal  0.209204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3392  ornithine decarboxylase  43.75 
 
 
391 aa  310  2e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  2.6968e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1693  ornithine decarboxylase  46.56 
 
 
421 aa  311  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3507  ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
391 aa  309  7e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00021864  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3682  ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
391 aa  308  9e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00110632  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1109  pyridoxal-dependent family decarboxylase  41.58 
 
 
389 aa  308  9e-83  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0541  diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 
391 aa  308  1e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0699456  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0445  ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
391 aa  308  1e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00713541  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0465  diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 
391 aa  307  2e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.04832e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0489  Diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 
391 aa  307  2e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000118387  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3854  diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 
391 aa  307  2e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  7.39123e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0486  diaminopimelate decarboxylase  42.12 
 
 
391 aa  307  2e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.02971e-07  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4136  decarboxylase, pyridoxal-dependent  42.12 
 
 
391 aa  306  3e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1416  ornithine decarboxylase  43.32 
 
 
392 aa  306  3e-82  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0100  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  47.5 
 
 
377 aa  306  4e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.938006  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0092  ornithine/DAP/arginine decarboxylase family decarboxylase 2  47.5 
 
 
377 aa  306  4e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4245  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.94 
 
 
377 aa  304  2e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12320  Ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
387 aa  304  2e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3405  diaminopimelate decarboxylase  41.58 
 
 
391 aa  304  2e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2715  ornithine decarboxylase  47.5 
 
 
377 aa  304  2e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3075  diaminopimelate decarboxylase  42.43 
 
 
391 aa  304  2e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000605202  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0938  Ornithine decarboxylase  45.26 
 
 
380 aa  302  6e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0801  ornithine decarboxylase  42.93 
 
 
387 aa  302  7e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430321  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0856  ornithine decarboxylase  45.68 
 
 
380 aa  302  8e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.310254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2175  ornithine decarboxylase  43.21 
 
 
388 aa  302  8e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.174065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5135  ornithine decarboxylase  42.66 
 
 
387 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.157248  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4547  ornithine decarboxylase  45.73 
 
 
380 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.727864  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.14 
 
 
380 aa  300  2e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.215223  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24620  ornithine decarboxylase  47.81 
 
 
389 aa  300  2e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58630  ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
387 aa  301  2e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3419  ornithine decarboxylase  45.45 
 
 
380 aa  300  4e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.268803  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4247  ornithine decarboxylase  42.66 
 
 
387 aa  299  6e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0801  ornithine decarboxylase  42.66 
 
 
387 aa  297  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.83 
 
 
376 aa  297  2e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0077  ornithine decarboxylase  41.58 
 
 
391 aa  296  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4837  ornithine decarboxylase  44.9 
 
 
380 aa  296  5e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4572  pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain protein  43.06 
 
 
359 aa  295  7e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4314  ornithine decarboxylase  42.39 
 
 
387 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0146694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0894  ornithine decarboxylase  41.85 
 
 
387 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.199626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0908  ornithine decarboxylase  41.85 
 
 
387 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0226551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0864  ornithine decarboxylase  41.85 
 
 
371 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0390948  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0037  ornithine decarboxylase  40.69 
 
 
391 aa  292  7e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3689  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45 
 
 
377 aa  292  8e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192406  normal  0.735507 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0576  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.8 
 
 
392 aa  291  1e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2057  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.98 
 
 
376 aa  291  2e-77  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1349  ornithine decarboxylase  46.83 
 
 
380 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.758302  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0029  ornithine decarboxylase  40.05 
 
 
391 aa  290  4e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1157  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.17 
 
 
376 aa  289  5e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0214354 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3390  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.44 
 
 
377 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.151925 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1080  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.89 
 
 
376 aa  289  7e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.143277 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3806  ornithine decarboxylase  44.17 
 
 
377 aa  287  2e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.16357  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1090  pyridoxal-dependent decarboxylase  43.06 
 
 
377 aa  287  2e-76  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.41465  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2006  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.24 
 
 
388 aa  286  3e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.447532  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0924  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.89 
 
 
388 aa  284  2e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  3.24435e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0946  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  41.89 
 
 
388 aa  283  4e-75  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000933718  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1375  ornithine decarboxylase  45.83 
 
 
398 aa  282  8e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291612  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2772  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  45.83 
 
 
377 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2045  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.35 
 
 
388 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.151029  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2320  Ornithine decarboxylase  44.35 
 
 
388 aa  281  1e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.724632  normal  0.55371 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4655  ornithine decarboxylase  44.2 
 
 
388 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.203932 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1649  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.67 
 
 
388 aa  271  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.648031  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0801  ornithine decarboxylase  43.21 
 
 
389 aa  270  4e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0446  ornithine decarboxylase  43.4 
 
 
390 aa  269  6e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0877313 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2180  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.78 
 
 
376 aa  268  9e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0693915  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3110  ornithine decarboxylase  42.15 
 
 
390 aa  266  4e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0684  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.6 
 
 
393 aa  264  3e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0531  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.89 
 
 
390 aa  256  5e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.077204  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1333  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.11 
 
 
386 aa  249  5e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000335599  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1964  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.03 
 
 
391 aa  241  1e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1510  Ornithine decarboxylase  33.89 
 
 
400 aa  194  2e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  1.5857e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3803  Ornithine decarboxylase  35.96 
 
 
392 aa  184  2e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.390604  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0701  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.24 
 
 
381 aa  183  4e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1991  putative ornithine decarboxylase  37.05 
 
 
381 aa  183  5e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.709374  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3089  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  36.53 
 
 
381 aa  183  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.334962 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2321  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.05 
 
 
387 aa  174  2e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.671563  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0377  ornithine decarboxylase  38.19 
 
 
417 aa  170  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.412388  normal  0.928081 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0693  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.52 
 
 
379 aa  158  1e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.12 
 
 
379 aa  155  8e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03846  ornithine decarboxylase (Eurofung)  32.56 
 
 
434 aa  154  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  2.12473e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2895  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.49 
 
 
382 aa  153  5e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000922142 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1046  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.13 
 
 
397 aa  150  4e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.627883  normal  0.114267 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2447  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.03 
 
 
404 aa  150  5e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0274  ornithine decarboxylase  32.13 
 
 
398 aa  149  1e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  8.05907e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_12642  ornithine decarboxylase 2  29.32 
 
 
390 aa  146  7e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90612  ornithine decarboxylase  29.95 
 
 
458 aa  143  5e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.253647  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0258  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.52 
 
 
420 aa  140  3e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.135065 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31322  Ornithine decarboxylase  31.47 
 
 
547 aa  140  4e-32  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.0025491  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0840  putative decarboxylase, pyridoxal-dependent  31.94 
 
 
396 aa  138  1e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0731  ornithine decarboxylase  31.64 
 
 
400 aa  136  6e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC04890  ornithine decarboxylase, putative  29.52 
 
 
527 aa  136  8e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.447794  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2027  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.67 
 
 
406 aa  135  2e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2547  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.35 
 
 
397 aa  134  2e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.211268  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1197  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.56 
 
 
397 aa  133  6e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1794  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.81 
 
 
401 aa  128  2e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4664  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.84 
 
 
397 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.634259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  30.29 
 
 
421 aa  119  1e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>