86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpal_1094 on replicon NC_011832
Organism: Methanosphaerula palustris E1-9c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 205 aa  427  1e-119  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  43.29 
 
 		 397 aa  158  5e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.22 
 
 		 388 aa  145  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  39.2 
 
 		 419 aa  144  1e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  35.08 
 
 		 414 aa  142  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  38.07 
 
 		 416 aa  138  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  36.16 
 
 		 422 aa  137  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  39.04 
 
 		 374 aa  137  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  37.29 
 
 		 415 aa  134  7.000000000000001e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  36.87 
 
 		 413 aa  134  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  36.57 
 
 		 405 aa  131  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  38.51 
 
 		 418 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  38.51 
 
 		 418 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  41.55 
 
 		 364 aa  128  6e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  40.85 
 
 		 385 aa  123  2e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.58 
 
 		 442 aa  112  5e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  31.68 
 
 		 351 aa  107  1e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  31.93 
 
 		 373 aa  104  9e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  34.39 
 
 		 417 aa  103  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  35.84 
 
 		 433 aa  102  4e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  31.33 
 
 		 290 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  30.22 
 
 		 425 aa  96.3  3e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  25.67 
 
 		 427 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  29.61 
 
 		 435 aa  87.8  1e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  43.82 
 
 		 91 aa  86.7  2e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 419 aa  87  2e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.95 
 
 		 493 aa  82.4  0.000000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.39 
 
 		 444 aa  82  0.000000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  28.57 
 
 		 388 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  31.68 
 
 		 390 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  26.81 
 
 		 442 aa  79.7  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  28.46 
 
 		 392 aa  77.4  0.0000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  30.18 
 
 		 363 aa  77.8  0.0000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.41 
 
 		 303 aa  75.9  0.0000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  33.33 
 
 		 386 aa  75.1  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  26.07 
 
 		 430 aa  74.7  0.0000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  26.79 
 
 		 354 aa  74.3  0.000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  26.7 
 
 		 363 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  32.58 
 
 		 360 aa  72.8  0.000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.92 
 
 		 423 aa  68.9  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  28 
 
 		 439 aa  68.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  24.62 
 
 		 413 aa  65.5  0.0000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  27.44 
 
 		 415 aa  65.1  0.0000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  27.54 
 
 		 364 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  25.48 
 
 		 175 aa  64.7  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  23.95 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.75 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25.82 
 
 		 424 aa  60.1  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1566  restriction modification system DNA specificity subunit  29.2 
 
 		 403 aa  59.7  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0293394  unclonable  0.0000192379 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  23.93 
 
 		 456 aa  58.9  0.00000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  34.41 
 
 		 429 aa  54.3  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  27.15 
 
 		 429 aa  53.9  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  30 
 
 		 395 aa  53.9  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  25.99 
 
 		 426 aa  51.6  0.000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  30.53 
 
 		 426 aa  50.1  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.03 
 
 		 378 aa  50.4  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.71 
 
 		 422 aa  50.4  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1176  restriction modification system DNA specificity subunit  45.45 
 
 		 408 aa  50.1  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.882603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1564  restriction modification system DNA specificity domain protein  28 
 
 		 1134 aa  50.1  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  24.68 
 
 		 364 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0040  restriction-modification enzyme subunit s3a  24.48 
 
 		 372 aa  48.9  0.00005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0522579  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  23.65 
 
 		 400 aa  47.8  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0041  restriction-modification enzyme subunit s3b  29.79 
 
 		 406 aa  47.8  0.0001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.370047  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  33.71 
 
 		 429 aa  47.4  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.53 
 
 		 400 aa  47.8  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  30.23 
 
 		 402 aa  47.8  0.0001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 457 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1106  restriction modification system DNA specificity subunit  29.6 
 
 		 161 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  28.65 
 
 		 446 aa  45.4  0.0005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  21.28 
 
 		 413 aa  45.4  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1411  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  27.81 
 
 		 382 aa  45.1  0.0007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.202691  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  22.35 
 
 		 495 aa  45.1  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0899  restriction endonuclease S subunit  28.99 
 
 		 396 aa  43.5  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000681459  hitchhiker  0.00000169581 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  33.73 
 
 		 380 aa  43.5  0.002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  38.89 
 
 		 433 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  25.44 
 
 		 427 aa  43.5  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  31.25 
 
 		 434 aa  43.9  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  27.38 
 
 		 501 aa  43.9  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3144  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.27 
 
 		 412 aa  43.1  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.527027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.14 
 
 		 425 aa  42.4  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  24.32 
 
 		 420 aa  42  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  21.71 
 
 		 400 aa  41.6  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.63 
 
 		 432 aa  41.6  0.008  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  26.87 
 
 		 390 aa  41.6  0.009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  29.03 
 
 		 419 aa  41.2  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>