More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3957 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3957  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  646    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1887  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 
303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.138595  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0981  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
307 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3521  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.72 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224722  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0921  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
315 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3143  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
313 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2571  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 
313 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2712  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
313 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2901  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
321 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4658  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.61 
 
 
319 aa  201  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.868216  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2514  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.31 
 
 
315 aa  194  2e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0361  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  35.22 
 
 
314 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02274  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.14 
 
 
311 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02235  hypothetical protein  38.14 
 
 
311 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1305  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.14 
 
 
311 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.334455  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3071  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.33 
 
 
312 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0441412  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
307 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1293  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2501  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.8 
 
 
311 aa  188  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.987278  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.57 
 
 
305 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  37.67 
 
 
311 aa  186  4e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.141561  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3451  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.78 
 
 
323 aa  185  7e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3113  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  36.21 
 
 
315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.109681  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.95 
 
 
321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1716  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  35.4 
 
 
312 aa  185  1.0000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.106395  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1384  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.259574  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1303  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
290 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2555  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
330 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4188  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.49 
 
 
312 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.938307  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
321 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4025  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.49 
 
 
312 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4080  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.49 
 
 
307 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4130  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.49 
 
 
307 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.10241  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 
305 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 
305 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.88 
 
 
305 aa  182  6e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1281  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
305 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.514063  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0254  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
330 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0491  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.97 
 
 
315 aa  182  9.000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0525  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
290 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.959603  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1043  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
290 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 
311 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.67 
 
 
303 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.76 
 
 
300 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 
305 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.96 
 
 
303 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4009  DNA-binding transcriptional regulator DsdC  38.14 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.55 
 
 
304 aa  180  4e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
308 aa  179  4e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.97 
 
 
303 aa  180  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.59 
 
 
320 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 
311 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.61 
 
 
307 aa  179  7e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.16 
 
 
308 aa  178  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.49 
 
 
305 aa  178  8e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.42 
 
 
300 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0526  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 
320 aa  178  1e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  178  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2153  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 
294 aa  177  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76932  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6711  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
304 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 
299 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2113  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
296 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.58 
 
 
314 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.93 
 
 
307 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.09 
 
 
303 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.15 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
317 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.29 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.09 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 
305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  36.22 
 
 
306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.75 
 
 
303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.22 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.42 
 
 
303 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
323 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>