More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0912 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011206  Lferr_0912  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
132 aa  264  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0769  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  100 
 
 
132 aa  264  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3004  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  78.46 
 
 
132 aa  211  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2614  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.46 
 
 
132 aa  211  1.9999999999999998e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1916  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  68.7 
 
 
133 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2269  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  68.7 
 
 
133 aa  177  2.9999999999999997e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.309606  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  59.35 
 
 
154 aa  144  3e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.247373  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1943  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.66 
 
 
129 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2300  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  53.66 
 
 
124 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.562465  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1201  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.82 
 
 
131 aa  123  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102813 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  50.82 
 
 
131 aa  123  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1190  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 
137 aa  90.1  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.693897  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0874  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.71 
 
 
135 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.7959 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1012  TonB system transport protein  35.71 
 
 
135 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  33.59 
 
 
138 aa  73.9  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2428  biopolymer transport ExbD like protein  28.03 
 
 
148 aa  71.2  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.303812 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2363  protein TolR  33.61 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.372464 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0812  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
134 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0600  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.08 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0281  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.43 
 
 
139 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.149561  hitchhiker  0.000106063 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
136 aa  65.9  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  27.78 
 
 
136 aa  65.5  0.0000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2301  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.07 
 
 
132 aa  63.5  0.0000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  34.71 
 
 
146 aa  62.8  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1239  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.92 
 
 
148 aa  63.2  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.371549  normal  0.35298 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0844  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.69 
 
 
183 aa  62.4  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0364273 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0861  protein TolR  30.33 
 
 
152 aa  61.6  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000417761  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2533  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
144 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432796  normal  0.100758 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2370  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.83 
 
 
144 aa  61.6  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000201992  normal  0.146866 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
138 aa  60.8  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1736  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
139 aa  59.3  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.109286  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.39 
 
 
142 aa  58.2  0.00000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0612  ExbD/TolR family protein  31.78 
 
 
143 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  30.33 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  35.61 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.51 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1701  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.68 
 
 
148 aa  57.4  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0404269  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3239  tolR protein  32.14 
 
 
148 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24442  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
158 aa  57.4  0.00000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
141 aa  57.4  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
144 aa  57  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000781876  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1525  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
144 aa  57  0.00000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0168753  normal  0.844163 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  30.16 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2208  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.94 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00626384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2231  TolR protein  29.17 
 
 
148 aa  56.2  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  27.34 
 
 
135 aa  56.6  0.0000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0696  protein TolR  30.16 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.76246  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1392  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.93 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000255119  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
134 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.67 
 
 
154 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3974  tolR protein  35.17 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0054859  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1413  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.17 
 
 
154 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.039355  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  28.93 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
137 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4055  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.89 
 
 
135 aa  56.2  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  33.61 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  32.85 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
143 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.52 
 
 
156 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.65 
 
 
138 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  26.4 
 
 
136 aa  55.1  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51740  TolR protein  35 
 
 
146 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101841  hitchhiker  0.0000169267 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.48 
 
 
158 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  30.08 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2088  tolR protein  31.39 
 
 
145 aa  55.1  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00030908  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4538  TolR protein  35 
 
 
146 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  29.51 
 
 
139 aa  55.1  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.75 
 
 
137 aa  55.1  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
142 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2941  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.77 
 
 
140 aa  55.5  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000159512  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  28.57 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0840  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
137 aa  54.7  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0352738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2226  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
141 aa  54.7  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.267348  hitchhiker  0.000328891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
143 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1855  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
144 aa  54.7  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126112  normal  0.766522 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.72 
 
 
137 aa  54.7  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1522  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.27 
 
 
122 aa  54.7  0.0000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2540  protein TolR  31.62 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000662541  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  29.51 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1744  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000276409  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1740  biopolymer transport TolR  31.62 
 
 
144 aa  54.3  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000388711  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2750  tolr protein  28.57 
 
 
144 aa  53.9  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
152 aa  53.9  0.0000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2442  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
144 aa  53.9  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000689995  normal  0.227653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  30.16 
 
 
140 aa  53.9  0.0000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.08 
 
 
131 aa  53.5  0.0000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4606  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.51 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  28.68 
 
 
141 aa  53.5  0.0000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2942  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.03 
 
 
156 aa  52.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.64 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0277  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.63 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0652382  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0197  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
145 aa  53.1  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.058797  normal  0.711097 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2733  protein TolR  29.85 
 
 
145 aa  52.8  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0139663  hitchhiker  0.0000179602 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0736  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.5 
 
 
143 aa  52.8  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>