87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0839 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 292 aa  601  1.0000000000000001e-171  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  49.48 
 
 		 284 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  32.2 
 
 		 283 aa  97.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  35.56 
 
 		 275 aa  86.3  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 		 270 aa  83.6  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  31.25 
 
 		 271 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  31.82 
 
 		 269 aa  80.5  0.00000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.12 
 
 		 687 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.36 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 		 271 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  32.76 
 
 		 276 aa  79  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.72 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  28.19 
 
 		 288 aa  77.4  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  27.66 
 
 		 273 aa  76.3  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 		 271 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.4 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 		 277 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.99 
 
 		 313 aa  73.2  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.6 
 
 		 266 aa  71.6  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 271 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  31.06 
 
 		 271 aa  70.5  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  29.73 
 
 		 278 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.33 
 
 		 645 aa  69.3  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  30.43 
 
 		 263 aa  69.3  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  28.46 
 
 		 257 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.5 
 
 		 604 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  32.64 
 
 		 277 aa  66.6  0.0000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  26.72 
 
 		 634 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  34.01 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.78 
 
 		 280 aa  65.9  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  32.89 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.92 
 
 		 628 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.92 
 
 		 628 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.24 
 
 		 635 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.31 
 
 		 631 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  27.27 
 
 		 626 aa  63.5  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.31 
 
 		 631 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  26.03 
 
 		 635 aa  63.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.24 
 
 		 635 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.58 
 
 		 615 aa  63.2  0.000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 635 aa  62.8  0.000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  26.88 
 
 		 629 aa  62.8  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  23.41 
 
 		 624 aa  62.8  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.24 
 
 		 635 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.36 
 
 		 638 aa  62.4  0.000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.62 
 
 		 635 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.83 
 
 		 635 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 		 633 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  25.91 
 
 		 634 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.57 
 
 		 627 aa  60.1  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  27.78 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  27.78 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.8 
 
 		 630 aa  60.1  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.51 
 
 		 627 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.42 
 
 		 628 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  25.43 
 
 		 274 aa  58.9  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  28.65 
 
 		 272 aa  58.5  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  29.73 
 
 		 271 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.81 
 
 		 637 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25 
 
 		 627 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  28.44 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.47 
 
 		 633 aa  58.2  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.36 
 
 		 623 aa  56.6  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  30.77 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  27.22 
 
 		 286 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  25.35 
 
 		 270 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.1 
 
 		 632 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.45 
 
 		 632 aa  53.5  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.83 
 
 		 617 aa  53.1  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 624 aa  52.8  0.000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.95 
 
 		 305 aa  50.8  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.07 
 
 		 287 aa  50.4  0.00003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.44 
 
 		 285 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 		 280 aa  50.4  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  23.65 
 
 		 629 aa  49.7  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1698  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  26.25 
 
 		 268 aa  49.3  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.16 
 
 		 615 aa  48.9  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  24.51 
 
 		 621 aa  48.1  0.0002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  24.03 
 
 		 297 aa  48.1  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  24.58 
 
 		 477 aa  47  0.0004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  27.5 
 
 		 285 aa  47  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  26.87 
 
 		 270 aa  46.2  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  23.79 
 
 		 286 aa  46.2  0.0007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  31.68 
 
 		 279 aa  44.3  0.003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  22.61 
 
 		 297 aa  43.5  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>