More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_1352 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008530  LGAS_1352  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  100 
 
 
299 aa  622  1e-177  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000522959  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  40.82 
 
 
297 aa  202  8e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1360  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.27 
 
 
297 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.93 
 
 
297 aa  199  6e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.86 
 
 
297 aa  197  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  38.8 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  40.14 
 
 
297 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  42.86 
 
 
292 aa  193  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0680  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  38.64 
 
 
299 aa  192  5e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  39.46 
 
 
297 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.46 
 
 
297 aa  191  9e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1255  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  38.44 
 
 
297 aa  188  1e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4086  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  39.56 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  42.17 
 
 
298 aa  182  7e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0916  RluA family pseudouridine synthase  37.71 
 
 
297 aa  181  2e-44  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1158  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.43 
 
 
299 aa  180  2e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  41.77 
 
 
298 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0777  pseudouridine synthase, RluA family  38.33 
 
 
298 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0410  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.95 
 
 
293 aa  174  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.18 
 
 
296 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  37.54 
 
 
301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000115636  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1521  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 
290 aa  169  6e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.9 
 
 
294 aa  166  4e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.11 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.53 
 
 
304 aa  158  1e-37  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1421  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.28 
 
 
298 aa  158  1e-37  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00665782  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  36.79 
 
 
303 aa  155  7e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  39.7 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1288  RluA family pseudouridine synthase  35.79 
 
 
285 aa  151  1e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.543506  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.86 
 
 
303 aa  151  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.58 
 
 
301 aa  151  1e-35  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.47 
 
 
305 aa  150  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0588  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.32 
 
 
284 aa  150  3e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.900058  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.06 
 
 
304 aa  149  4e-35  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  41.9 
 
 
299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  37.97 
 
 
304 aa  146  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  37.8 
 
 
310 aa  147  3e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  42.93 
 
 
306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  32.61 
 
 
305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0386  RluA family pseudouridine synthase  37.45 
 
 
303 aa  145  5e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  41.55 
 
 
304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  42.93 
 
 
306 aa  145  1e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  37.4 
 
 
334 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0803  RluA family pseudouridine synthase  33.22 
 
 
318 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0330464  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  38.78 
 
 
304 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  31.82 
 
 
344 aa  143  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  36.84 
 
 
283 aa  143  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00001732  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.24 
 
 
300 aa  143  4e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  35.33 
 
 
319 aa  142  5e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.47 
 
 
305 aa  142  6e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1025  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
284 aa  142  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0048799  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1006  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
284 aa  142  7e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00919556  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  33.55 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  33.55 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  37.04 
 
 
302 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.6 
 
 
305 aa  141  9.999999999999999e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  32.5 
 
 
299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  36.36 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
310 aa  139  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
302 aa  139  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.36 
 
 
302 aa  139  6e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.36 
 
 
302 aa  139  6e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
302 aa  139  6e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.96 
 
 
312 aa  139  7e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  36.36 
 
 
302 aa  138  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1219  pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 
342 aa  137  2e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  37.92 
 
 
297 aa  137  2e-31  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  35.1 
 
 
305 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.73 
 
 
331 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  35.95 
 
 
302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0593  pseudouridine synthase, RluA family  33.08 
 
 
299 aa  136  4e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000735687  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.29 
 
 
303 aa  136  5e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  39.09 
 
 
309 aa  135  8e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 
308 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  35.56 
 
 
297 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.22 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  32.43 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.83 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.56 
 
 
306 aa  133  3e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.7 
 
 
303 aa  133  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  34.05 
 
 
343 aa  134  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.72 
 
 
276 aa  132  5e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  29.43 
 
 
578 aa  132  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.53 
 
 
311 aa  132  6e-30  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  35.4 
 
 
328 aa  132  6.999999999999999e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0252  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
298 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.995369 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.53 
 
 
311 aa  132  9e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  32.05 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.36 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  37.05 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  29.55 
 
 
347 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1014  RluA family pseudouridine synthase  34.86 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  36.49 
 
 
327 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.62 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  38.18 
 
 
302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0665  hypothetical protein  31.39 
 
 
341 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  33.7 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>