151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1883 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1883  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 108 aa  211  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.230497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0697  DNA polymerase beta subunit  95.83 
 
 		 96 aa  178  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0152  DNA polymerase  52.13 
 
 		 100 aa  94.4  4e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0202  DNA polymerase beta domain protein region  46.3 
 
 		 131 aa  90.1  9e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.368731 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2036  DNA polymerase beta domain protein region  47.42 
 
 		 98 aa  86.7  9e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.18823  normal  0.524072 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0898  DNA polymerase, beta-like region  40.86 
 
 		 103 aa  73.9  0.0000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1968  nucleotidyltransferase  42.71 
 
 		 99 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0053  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 102 aa  71.2  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0582464  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0626  DNA polymerase beta subunit  40 
 
 		 102 aa  71.2  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.717752  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0274  hypothetical protein  35.48 
 
 		 112 aa  70.5  0.000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1879  DNA polymerase beta domain protein region  39.78 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  42.86 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1853  DNA polymerase beta domain protein region  39.78 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0871  DNA polymerase beta domain protein region  39.58 
 
 		 99 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0998  DNA polymerase beta domain protein region  35.11 
 
 		 102 aa  65.5  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.050559 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0479  DNA polymerase, beta-like region  41.94 
 
 		 105 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3135  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 108 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.434644 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2974  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 108 aa  63.9  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2968  DNA polymerase beta domain protein region  28 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.201607  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1806  DNA polymerase beta domain protein region  34 
 
 		 104 aa  63.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.943156  normal  0.843762 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  40.21 
 
 		 100 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1342  DNA polymerase beta domain protein region  39.76 
 
 		 111 aa  62  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 		 169 aa  62  0.000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0033  hypothetical protein  34.41 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4370  DNA polymerase beta domain protein region  35.11 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.541368 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  32 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1789  DNA polymerase beta domain protein region  39.76 
 
 		 109 aa  59.3  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1934  DNA polymerase beta domain protein region  34 
 
 		 104 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.739683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0337  DNA polymerase beta domain protein region  42.03 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.707738 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  45.71 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2366  DNA polymerase beta subunit  41 
 
 		 115 aa  59.3  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.878119  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3907  DNA polymerase beta domain protein region  28.43 
 
 		 109 aa  58.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  45.33 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2453  DNA polymerase beta domain protein region  27.45 
 
 		 109 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.17145 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5548  DNA polymerase beta subunit  43.21 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.861724  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4407  DNA polymerase beta domain protein region  32.35 
 
 		 112 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.622454  hitchhiker  0.00236557 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0258  DNA polymerase beta domain protein region  36.36 
 
 		 97 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1203  DNA polymerase beta domain protein region  42.35 
 
 		 102 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  40.62 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0274  DNA polymerase beta subunit  43.21 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.122937  unclonable  0.00000800451 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2416  DNA polymerase beta subunit  36.73 
 
 		 103 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.606985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  36.56 
 
 		 97 aa  57  0.00000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0142  nucleotidyltransferase  46.27 
 
 		 86 aa  57  0.00000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0886  hypothetical protein  35.96 
 
 		 129 aa  56.6  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0454668  hitchhiker  0.00000000702025 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2462  DNA polymerase beta subunit  45.33 
 
 		 98 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3960  DNA polymerase beta subunit  34.65 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.886641  normal  0.332553 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1075  DNA polymerase beta domain protein region  37.8 
 
 		 97 aa  56.6  0.0000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.796392  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2148  DNA polymerase beta domain protein region  39.56 
 
 		 96 aa  56.6  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.664175  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3484  DNA polymerase beta domain protein region  31.87 
 
 		 115 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.628631 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1408  DNA polymerase beta subunit  39.56 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1637  DNA polymerase beta subunit  43.24 
 
 		 106 aa  55.8  0.0000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1475  DNA polymerase beta domain protein region  35.87 
 
 		 129 aa  55.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125283  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  38.55 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4345  DNA polymerase beta domain protein region  31.37 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  35.8 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  47.3 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0548  nucleotidyltransferase family protein  37.21 
 
 		 93 aa  54.7  0.0000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2452  DNA polymerase, beta-like region  44.12 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219498  normal  0.98292 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3948  DNA polymerase beta subunit  38.75 
 
 		 97 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222602 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1812  DNA polymerase beta subunit  35.56 
 
 		 96 aa  54.7  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.337517  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3299  DNA polymerase beta domain protein region  41.98 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000315403 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50230  DNA polymerase, beta-like region-containing protein  43.37 
 
 		 96 aa  54.3  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0157  DNA polymerase beta domain protein region  34.55 
 
 		 109 aa  54.3  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3457  DNA polymerase beta subunit  36.9 
 
 		 98 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288007 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  36.46 
 
 		 101 aa  53.5  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1113  DNA polymerase beta subunit  37.93 
 
 		 109 aa  53.1  0.000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3447  DNA polymerase beta subunit  33.33 
 
 		 98 aa  53.5  0.000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.665517  normal  0.0889414 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  35.05 
 
 		 96 aa  52.8  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2072  DNA polymerase beta domain protein region  38.27 
 
 		 97 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0110003  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6474  DNA polymerase beta domain protein region  44.44 
 
 		 102 aa  52.4  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0638  nucleotidyltransferase  35.53 
 
 		 101 aa  52.8  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  39.02 
 
 		 96 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  41.94 
 
 		 97 aa  52.8  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4165  DNA polymerase beta subunit  48.21 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0241  DNA polymerase beta subunit  37.18 
 
 		 99 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  36.9 
 
 		 94 aa  52  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3140  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.440273 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2969  DNA polymerase beta domain protein region  40 
 
 		 97 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  32.99 
 
 		 96 aa  51.6  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  39.24 
 
 		 121 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0949  DNA polymerase beta subunit  36.23 
 
 		 102 aa  50.8  0.000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.878884  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0315  DNA polymerase beta domain protein region  39.19 
 
 		 97 aa  50.8  0.000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0889475 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  42.42 
 
 		 101 aa  50.4  0.000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3146  DNA polymerase beta domain protein region  37.5 
 
 		 98 aa  50.4  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.94354 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3557  DNA polymerase beta subunit  41.77 
 
 		 254 aa  50.4  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0409  DNA polymerase beta subunit  37.21 
 
 		 96 aa  50.1  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1766  DNA polymerase beta domain protein region  44.32 
 
 		 100 aa  50.1  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.669718  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4907  DNA polymerase beta domain protein region  34.09 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1790  DNA polymerase beta domain protein region  36 
 
 		 114 aa  50.1  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1652  ISSo9, nucleotidyltransferase domain-containing protein  43.28 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.175672 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1948  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.506279 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1959  DNA polymerase beta domain protein region  34.67 
 
 		 96 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3676  DNA polymerase beta domain protein region  42.25 
 
 		 132 aa  48.9  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.839378  normal  0.137366 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1694  DNA polymerase beta subunit  32.91 
 
 		 97 aa  49.3  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.366424  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  31.33 
 
 		 102 aa  48.5  0.00003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0627  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1104  DNA polymerase beta domain protein region  36.26 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0953254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0052  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0550488  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2288  DNA polymerase, beta-like region  36.56 
 
 		 96 aa  48.1  0.00004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>