More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_02484 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  100 
 
 
326 aa  666  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  99.39 
 
 
326 aa  664  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  6.64381e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  99.39 
 
 
326 aa  663  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  99.08 
 
 
326 aa  660  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 
326 aa  666  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  2.84548e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  99.39 
 
 
326 aa  664  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  100 
 
 
326 aa  666  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
326 aa  666  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  100 
 
 
326 aa  666  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.25368e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  93.25 
 
 
326 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  93.25 
 
 
326 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  93.25 
 
 
326 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  93.25 
 
 
326 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  93.25 
 
 
326 aa  632  1e-180  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  92.33 
 
 
326 aa  622  1e-177  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  85.54 
 
 
325 aa  583  1e-165  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  84.31 
 
 
325 aa  573  1e-162  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  84.31 
 
 
325 aa  573  1e-162  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  84.31 
 
 
325 aa  572  1e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  84.31 
 
 
325 aa  572  1e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  83.08 
 
 
325 aa  566  1e-160  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2850  pseudouridine synthase, RluA family  83.38 
 
 
325 aa  559  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3214  23S rRNA pseudouridine synthase D  83.79 
 
 
327 aa  555  1e-157  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000301584  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  72.01 
 
 
325 aa  484  1e-136  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  71.47 
 
 
325 aa  482  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  69.59 
 
 
321 aa  471  1e-132  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  67.39 
 
 
324 aa  466  1e-130  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  68.57 
 
 
324 aa  462  1e-129  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  67.81 
 
 
322 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.4 
 
 
323 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  4.5802e-07  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.4 
 
 
323 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  67.4 
 
 
323 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.61033e-06  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3915  23S rRNA pseudouridine synthase D  70.16 
 
 
324 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1335  RluA family pseudouridine synthase  64.49 
 
 
327 aa  428  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  2.57398e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  66.46 
 
 
323 aa  428  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1022  RluA family pseudouridine synthase  66.46 
 
 
324 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  2.46501e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1086  RluA family pseudouridine synthase  67.08 
 
 
324 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  7.50012e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1119  RluA family pseudouridine synthase  67.08 
 
 
324 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  3.17979e-06  normal  0.0744871 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1017  RluA family pseudouridine synthase  67.08 
 
 
324 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  4.95395e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3272  pseudouridine synthase, RluA family  67.08 
 
 
324 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  2.67118e-09  normal  0.0414307 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2863  pseudouridine synthase, RluD  65.2 
 
 
324 aa  421  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00218841  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01440  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  65.27 
 
 
327 aa  419  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  64.89 
 
 
323 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0667  pseudouridine synthase, RluA family protein  64.04 
 
 
324 aa  415  1e-115  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0233551  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3166  RluA family pseudouridine synthase  65.2 
 
 
323 aa  411  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.133464  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  63.64 
 
 
323 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2605  pseudouridylate synthase  65.93 
 
 
324 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.83334e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0193  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  60.63 
 
 
319 aa  388  1e-107  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.341047  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  56.65 
 
 
352 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.56 
 
 
324 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2034  pseudouridine synthase, RluA family  60.81 
 
 
340 aa  365  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0680786  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.84 
 
 
320 aa  362  4e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  56.47 
 
 
320 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.35219e-10 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.55 
 
 
325 aa  359  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.553412  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  55.52 
 
 
320 aa  358  5e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3611  RluA family pseudouridine synthase  57.68 
 
 
327 aa  358  6e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.354938  hitchhiker  0.00827113 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  55.84 
 
 
320 aa  357  1e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  55.21 
 
 
320 aa  355  4e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  55.03 
 
 
352 aa  355  4e-97  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  56.19 
 
 
336 aa  355  6e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  55.03 
 
 
352 aa  355  7e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  54.89 
 
 
352 aa  352  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  55.06 
 
 
325 aa  350  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  56.05 
 
 
313 aa  346  3e-94  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  55.05 
 
 
329 aa  345  5e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  53.09 
 
 
333 aa  342  4e-93  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2550  pseudouridine synthase, RluD  52.5 
 
 
319 aa  342  5e-93  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.347335  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  53.92 
 
 
331 aa  342  5e-93  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  54.25 
 
 
327 aa  340  2e-92  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  55.63 
 
 
313 aa  335  5e-91  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  54.87 
 
 
315 aa  335  7e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.55 
 
 
334 aa  335  8e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0771  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.74 
 
 
323 aa  326  3e-88  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.497941  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1194  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.74 
 
 
323 aa  324  1e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.34 
 
 
356 aa  324  1e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  53.5 
 
 
319 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1976  pseudouridine synthase, RluD  53.27 
 
 
318 aa  314  1e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.7 
 
 
321 aa  311  7e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  56.27 
 
 
327 aa  307  2e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  52.15 
 
 
310 aa  307  2e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.79 
 
 
319 aa  307  2e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.23 
 
 
318 aa  305  9e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1286  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  46.52 
 
 
321 aa  300  3e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1287  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (pseudouridylate synthase) (Uracil hydrolyase)  45.89 
 
 
321 aa  298  1e-79  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0810  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50 
 
 
318 aa  292  4e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.043607  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1481  RluA family pseudouridine synthase  48.54 
 
 
400 aa  276  5e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00249005  normal  0.0889319 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  48.84 
 
 
360 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  48.84 
 
 
402 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  48.84 
 
 
402 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  48.51 
 
 
405 aa  274  2e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  48.41 
 
 
389 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  48.41 
 
 
389 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1324  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.41 
 
 
395 aa  274  2e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0224168  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  48.41 
 
 
389 aa  273  2e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2333  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.41 
 
 
395 aa  274  2e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.93917  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1127  pseudouridine synthase, RluD  43.08 
 
 
396 aa  273  2e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.965473 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  48.51 
 
 
407 aa  274  2e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.84 
 
 
402 aa  273  2e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2205  RluA family pseudouridine synthase  48.09 
 
 
395 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  48.55 
 
 
358 aa  273  3e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>